分子动力学模拟学习——VMD基础操作学习（1）

基本操作

1、Coloring method

1、ResType——白色：非极性残基；Blue:basic residues; acidic residues:red; polar residues:green

显示方式

CPK为球棍模型，cartoon最常用，tube可看清整个结构；VMD——范德华力模型

selected atoms:

OR ——例如同时显示helix和sheet就可以输入helix or sheet，点击apply
and——例如显示距离蛋白分子3埃的水分子 water and within 3 of protein
resname lys ——显示所有的lys
protein——Shows the Protein
resid 1——The first residues
(resid 1 76) and (not water) ——The first and last residues
(resid 23 to 34) and (protein) ——The α helix

对蛋白不同或相同部分采用不同的显示模式

通过Create Rep可以同时选择不同的显示模式。