分子动力学模拟学习——VMD安装

最新推荐文章于 2024-04-28 14:07:23 发布
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分类专栏： 分子动力学模拟 文章标签： VMD安装
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本文链接：https://blog.csdn.net/cananxiang/article/details/103387547
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本文介绍了如何安装分子动力学模拟软件VMD，详细讲述了参照昌南何许人教程进行下载和安装的过程，特别提到在遇到sudo make install无法运行的问题时，通过make install解决提示并重复sudo make install完成安装。同时，作者还分享了使用相同方法下载并解压NAMD的体验。
摘要由CSDN通过智能技术生成

下载VMD

参考的是昌南何许人的教程

sudo apt-get instal csh libstdc++5

wget http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/vmd-1.9.3/files/final/vmd-1.9
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我不吃土豆
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专栏目录
VMD软件安装方法
09-14
linux下VMD软件安装方法，英文描写
NAMD和VMD在Windows下的安装（分子动力学模拟）
yolo_2的博客
05-11 4179
分子动力学模拟用到的工具NAMD和VMD的下载和安装
基于VMD的分子动力学建模（2）
最新发布
2301_81713206的博客
04-28 270
TIP3P水模型→TIP3P/Fs水模型，即修改电荷量，最好再检查一下分子ID，一个水分子里面有3个原子，这三个原子的分子ID一致。1、用atom打开脚本“script_to_build_h2o”，修改x、y、z的取值范围尺寸。2、在VMD内实用source命令，运行并读取脚本“script_to_build_h2o”4、可视化“魔法一下”，觉得合适再回步骤3修改电荷量，修改水分子模型。3、打开生成的lammps文件，改边界盒子的尺寸，拖拉进ovito。
LINUX系统非ROOT用户安装VMD教程
skyfall999的博客
07-19 987
根据自己需求下载，此处我下载的版本为vmd-1.9.4a57.bin.LINUXAMD64-CUDA102-OptiX650-OSPRay185.opengl.tar.gz。保存后退出,source以下。输入vmd便可直接调用啦！
linux 版本_linux版本vmd安装方法
weixin_39946798的博客
11-27 1847
做计算模拟，免不了要用到vmd这款非常强大的工具，为了避免在win和linux两个系统之间来回切换，可以直接安装linux版本的vmd，在命令窗口直接运行vmd**.gro 等类似命令，即可打开可视化文件。下面是安装方法。1. 下载安装包下载地址:http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/选择适合自己系统的安装包。(我下载的安装包是：vmd-1.9.1...
2023 10月最新Vmd 下载安装教程，Windows&Linux
weixin_46483785的博客
10-24 7737
直接双击安装，连点两次直接装在了C盘（此处我没看到更改路径的步骤，所以我选择在LINUX中重新安装）1.直接下载好安装包（与windows版本不同，此处是压缩包），然后复制到LINUX中。注：点击后会出现输入用户名和密码，由于我已注册，界面不见了，所以直接描述一下。又可能make时显示没有make包，按照命令安装即可。2.在压缩包目录下，右键打开终端，输入。点击左下角download VMD。6.查看是否安装成功|运行。以下命令分开输入敲回车。
linux vmd添加路径,VMD默认工作路径经验和迷惑（win10）
weixin_33573857的博客
05-07 1067
本帖最后由 jluZ 于 2021-2-26 14:42 编辑VMD使用长期困扰我的一个问题就是路径上的问题。使用了everything定位文件后解决了一些不变，但是还是希望看到本贴的有经验的老师和同学能够指点一二。首先这是我的VMD安装路径D:\Program Files (x86)\VMD安装.png (94.14 KB, 下载次数: 1)2021-2-26 14:11 上传最开始发现是sou...
【生物信息学】蛋白质结构预测与可视化方法，VMD的使用入门教程
qq_43337249的博客
02-22 8241
今天是2022年2月22日，正月二十二星期二，在这百年最有“爱”的日子，继续前一问题的探讨。 场景1： A同学想要从对蛋白结构影响的角度说明 自己发现 的 患者（病人）携带的DNAH1 突变（如 p.Val131Ala）对蛋白结构的影响，通过SWISS-Model自己构建了 正常情况下的蛋白结构，又同时构建了突变情况下的蛋白结构，如何对它们进行展示 以用于文章中的图呢？ 文章中关于这个结果的描述：in silico analysis The location of the two variants is
vmd.rar VMD分子动力学模拟
10-25
一个强大的应用程序，旨在提供一种手段的看着生物分子系统进行分子分析或类似模拟的任务 分子分析或生物系统的可视化可能听起来很复杂的活动，而事实是，他们实际上是相当复杂的。通常情况下，只有专家和那些研究...
分子动力学模拟及其LAMMPS实现-讲义.pdf
05-21
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08-19
MMTK（Molecular Mechanics Toolkit）是一款基于Python和C语言的开源分子动力学模拟软件包，其版本号为2.7.9。这款软件是为研究人员和开发者提供了一个强大的平台，用于进行分子系统的动力学模拟和分析。在分子动力...
VMD教程中文版
08-02
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VMD软件安装包.zip
04-12
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VMD软件教程(分子模拟)
07-26
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最全VMD分子模拟资料整理
02-10
VMD，全称为Visual Molecular Dynamics，是一款强大的分子动力学可视化软件，广泛应用于生物物理、化学、材料科学等领域。本资料整理包含了对VMD的全面学习和应用，旨在帮助用户深入理解和掌握这款工具。 首先，VMD...
分子动力学模拟软件___下载.zip
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VMD可视化软件远程安装 VMDStore安装 插件安装 Linux Windows 展示
GHZ2443063059的博客
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VMD 是一款免费的分子可视化软件，可以实现以多种模式展示分子结构、制作动态动画以及分析分子运动轨迹等操作。VMD 专为生物系统（例如蛋白质、核酸、脂质双层组件等）的建模、可视化和分析而设计。它可用于查看更一般的分子，因为 VMD 可以读取标准蛋白质数据库 (PDB) 文件并显示所包含的结构。VMD 提供了多种对分子进行渲染和着色的方法：简单的点和线、CPK 球体和圆柱体、甘草键、骨干管和丝带、卡通图画等。VMD 可用于动画和分析分子动力学 (MD) 模拟的轨迹。
VMD的安装
bobo531的博客
12-30 6018
系统:ubantu16.04 vmd版本:1.9.4 官网下载VMD, 解压文件 修改installbindir和install_bin_dir和installb​ind​ir和install_library_dir, 打开终端,运行以下命令: ./configure LINUXAMD64 ./configure cd src make install 配置环境变量export PATH =/home/bob/Downloads/vmd-1.9.4a43/bin:$PAT
windows版本VMD安装
计算之道的博客
11-04 358
结论：一般情况下使用v1.9.3即可。如果抗锯齿是灰色的，可以在NVIDIA控制面板强制中把显示性能调至最高，或者单独把VMD程序的性能调高即可（此时即使VMD显示窗口中抗锯齿是灰色的，真实显示时候也是经过抗锯齿处理的）。2. 在用户变量框里选 新建(N) 变量名设：VMDNOOSPRAY 值设：1。解决办法：1.打开 》win10我的电脑--属性--高级系统设置--环境变量。#版本1.9.4a53安装后无法打开。

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