分子动力学模拟——VMD轨迹及宏

导入psf文件

操作如前 可以在file窗口加载
也可以

mol new name #创建新的分子

向psf文件加载dcd文件——轨迹

选中窗口中的psf文件,右键load data to
找到文件中的dcd文件。

加载后会看到轨迹的最后一个Frame
graphic中选择protein,tube
创建Rep,选择water,Drawing 为lines
双击该Rep ,隐藏

宏(macros)

TK中执行

atomselect macro bstrand1 {protein and resid 2 to 6} #选中蛋白中的resid 26个氨基酸,第一条beta 链,按照这种方法 创建其他几条beita链的选择宏。

返回到selection 能看到自己创建的宏

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