分子动力学模拟——VMD轨迹及宏

最新推荐文章于 2024-09-14 15:17:55 发布
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分类专栏： 分子动力学模拟
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导入psf文件

操作如前 可以在file窗口加载
也可以

mol new name #创建新的分子

向psf文件加载dcd文件——轨迹

选中窗口中的psf文件，右键load data to
找到文件中的dcd文件。

加载后会看到轨迹的最后一个Frame
graphic中选择protein，tube
创建Rep，选择water，Drawing 为lines
双击该Rep ，隐藏

宏（macros）

TK中执行

atomselect macro bstrand1 {protein and resid 2 to 6} #选中蛋白中的resid 2 到6个氨基酸，第一条beta 链,按照这种方法 创建其他几条beita链的选择宏。

返回到selection 能看到自己创建的宏

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分子动力学基本分析-数密度二维云图及一维分布计算
Rockyoung
07-14 506
分子动力学基本分析-数密度二维云图及一维分布计算
基于VMD的分子动力学建模（2）
2301_81713206的博客
04-28 385
TIP3P水模型→TIP3P/Fs水模型，即修改电荷量，最好再检查一下分子ID，一个水分子里面有3个原子，这三个原子的分子ID一致。1、用atom打开脚本“script_to_build_h2o”，修改x、y、z的取值范围尺寸。2、在VMD内实用source命令，运行并读取脚本“script_to_build_h2o”4、可视化“魔法一下”，觉得合适再回步骤3修改电荷量，修改水分子模型。3、打开生成的lammps文件，改边界盒子的尺寸，拖拉进ovito。
VMD 可视化Amber top和crd文件
发呆的比目鱼的博客
03-05 2670
VMD 可视化Amber top和crd文件
Amber学习记录--VMD可视化amber轨迹
最新发布
handsome213的博客
09-14 339
接第一天的学习，今天对肽段MD后的轨迹进行分析，主要用到WSL的VMD可视化界面，关于如何在WSL中使用VMD可视化界面，参考。注：此时有可能报错problem reading crd file，是因为轨迹文件是netcdf，解决办法参见。加载文件. 然后选择Amber参数和拓扑文件。加载文件. 选择Amber轨迹文件。2 可视化肽段的轨迹。. 将文件类型设置为。. 将文件类型设置为。该图为不显示水的肽段。
分子动力学模拟学习——VMD基础操作学习（1）
cananxiang的博客
12-05 4638
基本操作 1、Coloring method 1、ResType——白色：非极性残基；Blue:basic residues; acidic residues:red; polar residues:green 显示方式 CPK为球棍模型，cartoon最常用，tube可看清整个结构；VMD——范德华力模型 selected atoms: OR ——例如同时显示helix和sheet就可以输入he...
md-analysis-tools:使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本
06-03
md-分析工具 使用 VMD 分析分子动力学轨迹的脚本 描述 脚本将在给定 .gro 和 .xtc/.trr 文件的情况下运行分析。 （它期待 GROMACS 输出，但可以轻松调整其他类型的 MD 包输出）。 大多数分析目录（比如local-rmsd ）都有一个关联的 tcl 文件（比如local-rmsd.tcl ）=，它实际上是通过 vmd 传递的，这会产生大量难以理解的输入。 local-rmsd.py然后处理此输入并以人类（和“R”）可读格式将其吐出。 可以使用每个目录中的run-me.sh脚本对多个文件运行分析。 分析目录有时具有关联的.R文件，用于绘图和/或进行进一步分析。
VMD导入GRMOCAS生成的轨迹文件
sinat_31687035的博客
06-05 1656
gromacs轨迹文件导入VMD详细步骤
分子动力学模拟-轨迹处理-求平均结构
hdpai2018的博客
06-08 1506
利用amber的cpptraj求动力学轨迹的平均结构（蛋白核酸复合物）： 先导入轨迹 然后有下面三种叠合（align）方式 rms first mass @所有蛋白核酸复合物的骨架原子 rms first rms first mass @所有核酸骨架原子（没有蛋白的骨架原子）图中红色复合物构象（对应方法1）最扁，深蓝色的（方法2）次之，浅蓝色（方法3）的是正常的，说明三种叠合方式里面方法3最为可信一点。 叠合之后的步骤是： average abc.pdb pdb —> 得到平均结构
用CPPTRAJ模块对分子轨迹做主成分分析(PCA)
基博的博客
06-30 4041
练习amber教程，对模块cpptraj的一些操作
神经网络
02-11
纳米复合材料 纳米复合材料是一种使用退火MD循环构建复杂性不断提高的纳米复合材料的计算工具。 使用纳米复合材料创建的结构的一些示例位于： nanocomposite是免费使用的，我们唯一的要求是确认以下出版物： 热塑性和碳纳米管纳米复合材料的力学表征和诱导结晶。 ER Cruz-Chu，GJ Villegas-Rodriguez，T。Jager，L。Valentini，N。Pugno，K。Gkagkas，F。Grater。 NPJ计算材料。 2020 （6）。 在新闻中。 DOI：10.1038 / s41524-020-00420-5 nanocomposite已集成到TCL软件包中，可与一起使用。 它使用VMD插件PSFGEN和VOLMAP分别创建网格结构和排除网格。 它还准备配置文件，以使用分子动力学（MD）程序进行各种MD模拟。 因此，为了使用纳米复合材料，需要具有VMD和N
药物设计与分子动力学模拟
Z674525的博客
11-07 970
分子动力学模拟是分子模拟中最接近实验条件的模拟方法，能够从原子层面给出体系的微观演变过程，直观的展示实验现象发生的机理与规律，促使我们的研究向着更高效、更经济、更有预见性的方向发展
linux的gromacs模拟分子运动,GROMACS分子动力学模拟技术与应用
weixin_34043312的博客
05-15 618
该楼层疑似违规已被系统折叠隐藏此楼查看此楼“GROMACS分子动力学模拟技术与应用”课 程 内 容分子动力学模拟基础 1 分子模拟入门理论——对分子动力学模拟原理介绍1.1统计力学基本假设1.2统计概率1.3配分函数的定义1.4系综简介和选择1.5分子动力学的概念1.6主要算法介绍：最速下降法、共轭梯度法1.7积分步长的选取1.8温度和压力控制1.9周期性边界条件1.10分子动力学模拟流...
LAMMPS分子动力学模拟技术与应用 第一性原理计算方法及应用
weixin_45811152的博客
10-29 8530
** 关于举办“分子动力学模拟及第一性原理计算方法与应用”系列培训班的通知 各有关单位: 分子动力学模拟、第一性原理计算被广泛用于生命科学、化学工程、物理、医药、材料科学、电子学等领域。由于传统实验需要大量的人力物力而且耗时，而计算机模拟的方法省时省力，能有效提高科研效率；分子动力学模拟、第一性原理计算能在很大程度上进行预测指导实验，在各领域的研究中发挥越来越重要的作用，相关的理论与计算方法...
Gromacs分子动力学蛋白模拟、药物开发溶剂筛选
pang0416的博客
02-21 852
分子模拟基础理论、GROMACS程序入门、生物体系建模与TOP文件构建、高级进阶模拟分子自由能计算实践、SCI论文复献等
AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程
recher_He1107的博客
04-01 1万+
标题转载来源于 san’s note 来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大 本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用，介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。 一、介绍 可视分子动力学（VMD），可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得，它是一种功能强大且...
拆分整合轨迹CatDCD
Phd丨jay的博客
06-04 3090
CatDCD - Concatenate DCD files查看轨迹eq01.dcd和eq02.dcd 有多少帧 catdcd -num eq01.dcd eq02.dcd   拆分轨迹文件 catdcd -o eq_first.dcd -first 1000 -last 2000 -stride 10 eq01.dcd  -o 输出文件 -first 起始帧 -last 最后一帧 -stride...
如何用VMD将轨迹文件制作动画（转载）
weixin_30732487的博客
05-12 5363
转载自：http://blog.sina.com.cn/s/blog_63f794950101dtte.html 很多同学想从dcd(NAMD)或者trr(gromac)文件提取一段轨迹文件做成动画。我们接下来看看该怎么做。这里拿Gromacs举例，NAMD也差不多。 第一步：提取轨迹。 往往轨迹文件很大，建议先提取其中的一段，或者把步长放大，提取完整的也行。利用指令：trjconv -f...
MMD中的VMD文件格式详解
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周航的专栏
09-23 1万+
MMD中的VMD文件格式详解MMD中的VMD文件格式详解header MMD中的VMD文件格式详解 VMD是一个二进制流的文件。 header VMD有两个版本，你可以认为是v1跟v2。 前30个字节是版本描述。ASCII编码 v1是"Vocaloid Motion Data file" v2是"Vocaloid Moti
VMD读取trr轨迹的方法
小木的博客
04-26 5995
如果直接把gromacs的结果导入vmd，那么空空如也，我们需要点击如下按钮： 接着输入：molload gro nvt.gro trr nvt.trr 其中nvt.gro以及nvt.trr文件需要换成你们自己跑的结果文件。 然后我们就会看到读取成功啦。 ...
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