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2.3 生信进阶练习1000days
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目前研究生在读,本科至今生物信息学 (计算机与生物的交叉学科)
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【生信进阶练习1000days】day1-Bioconductor的一些补充小用法与Working with Genomic Ranges
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html#introduction-to-bioconductor文章目录学习章节1. Bioconductor的一些补充小用法2. Working with Genomic Ranges2.1 imp...原创 2019-05-22 08:48:30 · 1569 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day13-GEOquery
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html文章目录学习章节学习目标需要预先准备的R包1. GEOquery1.1 Overview of GEO1.2 GEOquery的使用案例:MDS plot of cancer data1.3 Accessin...原创 2019-06-10 09:33:13 · 950 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day11&day12-GEO data mining
GEO数据挖掘文章目录GEO数据挖掘0. 安装并加载包1. 下载GSE数据和探针注释1.1 下载GSE数据1.2 下载探针注释数据1.3 将表达矩阵中的探针id 转换为 基因symbol1.4 表达矩阵检验2. 差异基因表达分析2.1 设计分组信息2.2 差异分析2.3 绘制火山图2.4 绘制热图待续0. 安装并加载包if (!requireNamespace("BiocManager", ...原创 2019-06-10 09:29:38 · 1012 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day10-vcf format
文章目录学习材料1. VCF(Variant Calling Format)学习材料https://docs.gdc.cancer.gov/Data/File_Formats/VCF_Format/1. VCF(Variant Calling Format)VCF文件是常见的文本格式,它包含三个主要内容:meta-information lines(元信息)a head line...原创 2019-06-10 09:27:42 · 380 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day15-SRAdbV2包
文章目录学习来源1.Sequence Read Archive(SRA)1.1 Scroller提供两种方法来存取数据2. Query syntax3. Using the raw API without R/Bioconductor学习来源https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioco...原创 2019-06-19 10:24:06 · 573 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day7-RSQLite的使用
学习来源:https://cran.r-project.org/web/packages/RSQLite/vignettes/RSQLite.html文章目录1. 创建一个新的SQLite数据库2. Loading data (加载数据)3. Queries (查询)4. Batched queries5. Multiple parameterised queries6. Satements参...原创 2019-05-29 10:35:27 · 755 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day6-OrganismDb packages
文章目录OrganismDb packagesOrganismDb packagesOrganisamDb packages是汇总了相应物种的OrgDb, TxDb和 GO.db的元数据包,它允许各个包之间的交叉查询。我们可以使用之前提到的函数 select(), mapIds,transcripts等等 对包中注释内容进行提取library(Homo.sapiens)Homo.sapi...原创 2019-05-29 10:24:54 · 248 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day9-BSgenome和AnnotationHub
文章目录1. BSgenome packages2. AnnotationHub2.1 查询AnnotationHub2.2 AnnotationHub Data providers, Data classes, Species, Data sources2.3 AnnotationHub query2.4 AnnotationHub exercises2.5 AnnotationHub使用的报错...原创 2019-05-31 09:26:58 · 1004 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day8-OrganismDb.dplyr包
文章目录学习章节1. OrganismDb.dplyr 包1.0 基础用法1.1 获取TxDb对象中的启动子1.2 Extract a table from the underlying database1.3 执行一个复杂查询 Make a complex query between tables in the underlying database1.4 Organism.dplyr 练习学...原创 2019-05-30 09:08:20 · 293 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day3-Bioconductor annotation resources
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/introduction-to-bioconductor-annotation-resources.html文章目录学习章节1. Introduction to Bioconductor annotation resources1.1 本次练习所使用到的R包1.2 学习目的2. Annotatio...原创 2019-05-23 09:11:32 · 658 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day5-TxDb等注释包的使用
文章目录1. 各种常用注释包简介1.1 TXDb1.2 EnsDb packages1.3 不常规使用示例2. GRanges,Ranges2.1 GRanges2.2 GRangesList2.3 其它用于注释包中选取信息的函数3. TxDb包相关小练习1. 各种常用注释包简介1.1 TXDbTxDb包,包含位置信息。包里的注释内容,可以通过包名来判断。包名的格式是:TxDb.Speci...原创 2019-05-27 09:59:38 · 4419 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day4-Annotation包中mapIds函数的使用
文章目录1. The mapIds function1.1 multiVals的使用1.2 小练习1. The mapIds function**mapIds()函数与select()**函数功能相似,但它可以对数据中出现的重复元素进行清理mapIds与select函数在参数上的不同之处在于:columns 参数,只能选择一个columnkeytype 参数必须指定mapIds 包含...原创 2019-05-27 09:57:40 · 5351 阅读 · 1 评论 -
【生信进阶练习1000days】day2-学习summarized experimental data与Down stream analysis
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/r-and-bioconductor-for-everyone-an-introduction.html#working-with-summarized-experimental-data文章目录学习章节1. Working with summarized experimental data1.1...原创 2019-05-22 14:25:25 · 1424 阅读 · 0 评论 -
【生信进阶练习1000days】day14-GenomicDataCommons(GDC)
学习章节https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html#genomicdatacommons文章目录学习章节1. GenomicDataCommons2. Quick start2.1 安装包&检查数据库连接状态2.2 查找数据2.3 下载数据2.4 Met...原创 2019-06-10 09:35:40 · 1326 阅读 · 0 评论