2.2 生物信息-数据分析技术
文章平均质量分 72
Candle_light
目前研究生在读,本科至今生物信息学 (计算机与生物的交叉学科)
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宏转录组测序数据菌株层面的分析软件总结
tools for metagenomics data based Strain level analysis原创 2022-12-24 18:24:27 · 567 阅读 · 0 评论 -
【代谢组学入门1】学习资源收集
大家好,最近博主将持续更新在代谢组学数据处理方面的学习笔记,作为代谢组学的入门选手,欢迎各位同学一起交流 ????根据前段时间的调研,我感觉中文的代谢组学数据分析的教程和学习资料比较少,因此这里展示的收集资料大多数是英文的????中文教材脂质组学(韩贤林)代谢组学:方法与应用(许国旺)我买的是这两本教材,感觉看着还可以(请买最新版),对入门选手较为友好了解什么是质谱和色谱因为代谢组学所用到的质谱/色谱这些仪器 实际是涉及分析化学领域了,因此建议先看看慕课上关于质谱和色谱的原理介绍,我看的是原创 2020-07-16 22:45:27 · 2407 阅读 · 0 评论 -
个人学习_GWAS数据分析 (一)_数据格式处理+提交plink命令
备注:以下是记录自己在学习GWAS数据分析时的一个过程,所以处理的数据具有个人色彩,不一定都适用所有人。1.数据格式一共有两份数据,我需要从以下两份数据中通过它们共同的id ,挑选出每份id 所对应的FID ,IID ,以及相应的特征数据(一):数据(二):数据一中,第一列是img_id 可以忽略,第二列是img_原创 2017-10-07 15:13:03 · 13080 阅读 · 2 评论 -
RNA_seq(1)植物转录组实战(上)之salmon进行索引建立和转录组定量
RNA_seq植物实战Author : yujia 目录: 概述 salmon工具完成索引建立和生物学定量 subread工具完成序列比对和定量 DESeq2差异基因分析 总结 一、 概述 练习数据:数据来源于拟南芥,共16个样本,处理分为4组(0day,1day,2day,3day) 练习目的:熟悉两套RNA-seq差异基因...原创 2018-08-22 23:44:46 · 6951 阅读 · 3 评论 -
RNA_seq(1)植物转录组实战(中)之subread工具进行序列比对和转录组生物学定量
三、subread工具完成序列比对和生物学定量刚才我们用salmon工具完成了生物学定量,现在我们来看看另一款生物学定量工具,subread. subread是一个能快速进行序列比对和转录组定量的工具,我们使用它进行转录组定量一共需要三个步骤:1.建立索引 2.序列比对 3.使用featureCounts进行定量 。代码流程如下:First step:对基因组建立索引subread建...原创 2018-08-22 23:49:35 · 5273 阅读 · 0 评论 -
RNA_seq(1)植物转录组实战(下)之DESeq2进行差异基因分析
四、DESeq2差异基因分析获得reads-counts之后,我们就可以开展差异基因分析了。我们以subread中的featureCounts工具得到的counts_id.txt为例,来进行后续的差异基因分析。 目前常见的差异基因分析工具有DESeq2、limma包等等,此处以DESeq2为工具来进行差异基因的筛选。First step:获取表达矩阵和分组信息进行差异基因分析之前,首...原创 2018-08-22 23:58:07 · 11440 阅读 · 6 评论 -
转录组拼接软件Trinity使用安装报错锦集
由于要做无参转录组分析,所以就要使用trinity来做reads的拼接。但是自己安装trinity时遇见了一堆问题,最终一一解决,解决方案分享在下面。最开始我去github看Trinity的wiki,它给出直接编译的方案来安装trinity,但是很不幸,我使用cmake的时候,系统报错缺cmake,而且我没有root权限装很麻烦,所以我就换了一个方法,用conda装。conda instal...原创 2018-11-06 17:18:42 · 7010 阅读 · 12 评论