生物信息学Bioinformatics学习笔记（四）- Data analysis-16sRNA

Data analysis-16sRNA

常用V3V4区域进行扩增子测序

Basic analytical procedure

1.原始数据处理

·去除接头序列，并将双端测序序列拼接成单条序列。
·根据测序barcode序列区分不同的样本序列。
·过滤低质量序列和无法比对到16s rDNA数据库的序列。

2.OTU（可执行操作单元）分类和统计

·以97%的序列相似度将所有序列进行同源比对并聚类成OTUs (QIIME -ucluster)
·与数据库GreenGenes比对 (uclust)http://greengenes.lbl.gov/cgi-bin/JD_Tutorial/nph-16S.cgi·对每个OTUs进行reads数目统计

3.样品构成丰度分析

随着测序量增加，逐渐达到平台期

4. Alpha多样性(样本内多样性)

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5.Beta多样性(样品间差异分析)

PCoA分析、NMDS分析、PCA分析

6.物种进化树的样本群落分布图

7.物种相关性分析

8.聚类分析

9.环境因子分析