利用VARNA来画tRNA的二级结构

本文介绍了转运RNA(tRNA)的结构与功能,并详细讲解了如何下载安装VARNA,一个用于绘制tRNA二级结构的Java程序。内容包括Java环境的设置,解决VARNA安装时的报错问题,以及软件的运行方法。用户可以借助此指南使用VARNA配合tRNAscan-SE或ARWEN进行tRNA结构预测。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1 tRNA的结构与功能

  转运RNA(Transfer RNA),简称为tRNA,是由70~90个核苷酸组成的单链,tRNA的一级结构就是核苷酸的排列顺序,通过折叠形成二级结构,三叶草状。它是在细胞核中一小部分DNA上合成的,罗伯特·W·霍利在1965年提出了tRNA的三叶草模型,三叶草有三个褶皱,四个臂,即反密码子臂(anticodon arm),D臂(d arm),TΨC臂(tc arm)和氨基酸受体臂(amino acid acceptor arm)。除了这四个臂,还有一个可变臂(variable arm),呈弓形。

tRNA的二级结构

2 软件简介

  VARNA是一个绘制tRNA二级结构的java程序。官方网址如下:http://varna.lri.fr/。

在这里插入图片描述

3 下载安装

3.1 Java环境的下载安装

  进入官网后,点击左上方的Downloads,如果电脑还没有安装java的话,可以点击当前页面的

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