跨厂商测试-重测验证沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析（DTI-ALPS）用于评估脑脊液淋巴系统功能

 沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析（DTI-ALPS）方法被提出用于评估脑脊液淋巴系统（GS）功能。然而，很少有研究验证其可靠性和重复性。本研究纳入了来自MarkVCID联盟的50名参与者的DTI数据。使用DSI studio和FSL软件开发了两个用于数据处理和ALPS指数计算的流程。ALPS指数通过双侧ALPS指数的平均值获得，并使用R studio软件测试跨厂商、评分者间和测试-重测可靠性。ALPS指数显示了良好的跨扫描仪重复性（ICC=0.77至0.95，P<0.001），评分者间可靠性（ICC=0.96至1，P<0.001）和测试-重测重复性（ICC=0.89至0.95，P<0.001），为体内评估GS（脑脊液淋巴系统）功能提供了一个潜在的生物标志物。本文发表在Aging and disease杂志。

关键词
沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析（DTI-ALPS）/ 神经流体 / 大脑 / 脑脊液淋巴系统 

引言

      脑脊液淋巴系统（GS）是近期在中枢神经系统（CNS）中发现的一个全脑范围的血管周围液体运输系统。这个系统被认为通过星形胶质细胞血管末足表达的水通道蛋白-4（AQP4）水通道促进的脑脊液（ISF）-脑脊液（CSF）交换来清除大脑中的间质液（ISF）废物。GS（脑脊液淋巴系统）作为大脑的"前端"排水通路，通过脑膜淋巴管、颅神经和大血管与下游淋巴网络相连，用于清除CNS中的废物和过量液体。因此，GS对于维持全生命周期的脑液体稳态至关重要。越来越多的研究表明，脑脊液淋巴运输的损伤与多种神经系统疾病有关，包括脑小血管病（cSVD）、阿尔茨海默病（AD）、脑积水、糖尿病、创伤性脑损伤[和中风。此外，GS（脑脊液淋巴系统）功能障碍与睡眠障碍以及tau蛋白和β-淀粉样蛋白（Aβ）的积累有关，这些是认知障碍和痴呆症发病机制的基础。最近，利用磁共振成像（MRI）对GS进行体内研究的方法获得了发展。动态对比增强（DCE）MRI和T1映射MRI技术允许在体内可视化脑脊液淋巴流通路径，并进一步模拟脑脊液淋巴运输过程，为了解GS功能提供了见解。然而，这些方法需要鞘内注射造影剂，不适合人体使用。

     近年来，提出了一种名为"沿脑血管周围间隙的弥散张量图像分析（DTI-ALPS）"的新方法，使用弥散MRI对GS的清除功能进行非侵入性评估。在这种方法中，通过测量扩散率来评估水分子在血管周围空间方向上的运动。假设血管周围空间与侧脑室体水平的髓质静脉方向相同，垂直于脑室壁。这个左右方向被定义为x轴。在这个区域的平面上，相邻的投射纤维沿头足方向运行，联合纤维沿前后方向运行，它们与血管周围空间的方向正交，分别被定义为y轴和z轴。当血管周围空间方向上出现组织学变化时，它将影响投射纤维和联合纤维的扩散率。因此，ALPS指数被定义为投射纤维区域x轴扩散率（Dxxproj）和联合纤维区域x轴扩散率（Dxxassoc）的平均值与投射纤维区域y轴扩散率（Dyyproj）和联合纤维区域z轴扩散率（Dzzassoc）的平均值之比。

     如今，已有近40项临床研究使用DTI-ALPS方法研究GS功能，涵盖了一系列神经系统疾病，如正常衰老、cSVD、中风、痴呼、TBI、脑积水、癫痫、多发性硬化、睡眠障碍和肿瘤周围水肿。特别是，ALPS指数显示与使用鞘内注射钆基造影剂的传统DCE MRI方法、cSVD的常规MRI生物标志物以及认知障碍的临床评估相关。然而，关于DTI-ALPS方法的跨厂商和测试-重测可靠性的研究还很缺乏。只有一项最近的单中心研究对ALPS指数的重复性进行了评估。本研究旨在使用MarkVCID联盟的队列对DTI-ALPS方法进行跨厂商、评分者间和测试-重测验证。

材料与方法

      本研究使用的MRI数据是作为MarkVCID联盟项目的一部分获得的。MarkVCID联盟的第一阶段包括七个站点：约翰霍普金斯大学医学院（JHU）；拉什大学医学中心/伊利诺伊理工学院（RUSH）；加州大学旧金山分校、戴维斯分校和洛杉矶分校（UCSF/UCD/UCLA）；肯塔基大学（UKY）；新墨西哥大学健康科学中心（UNM）；南加州大学（USC）和圣安东尼奥德克萨斯大学健康科学中心（UTHSCSA，作为基因组流行病学心脏和衰老研究队列[CHARGE]联盟站点的一部分运作）；以及与国家神经系统疾病和中风研究所（NINDS）和国家老龄化研究所（NIA）在合作协议下工作的中央协调中心（马萨诸塞总医院）。

      仪器验证包括：（1）跨扫描仪重复性（同一组个体在3到90天的间隔内在不同站点的不同MRI扫描仪之间的差异），（2）评分者间可靠性（两位评分者分析同一MRI数据集的差异），（3）测试-重测重复性（同一个体和MRI扫描仪在1到14天间隔内获得的两次扫描之间的差异）。七个站点使用的3T MRI扫描仪包括两个西门子系统（TIM Trio和Prisma），一个飞利浦系统（Achieva）和一个通用电气（GE）系统（750W）。

    本研究纳入的参与者年龄范围为54至89岁（71±9岁，14名男性，36名女性）。排除了有不稳定的主要医疗疾病、主要原发性精神疾病、MRI评估时有明显中风或其他可能混淆扩散率分析的神经系统疾病的参与者。参与者的Fazekas脑室周围白质（PVWM）评分为0至3分（2.0±0.8），Fazekas深部白质（DWM）评分为0至3分（1.8±1.0），临床痴呆评定量表（CDR）评分为0至1分（0.6±1.0），蒙特利尔认知评估（MoCA）为10至30分（25±4）。所有参与机构的机构审查委员会批准了这项研究，受试者或其法定代表人提供了书面知情同意。

图1. DSI Studio流程的DTI数据处理工作流程

MRI采集

      MarkVCID的弥散张量成像（DTI）采集协议使用单壳层，b值为1000s/mm2，40个方向，体素大小为2.0x2.0x2.0 mm3，以及六个b=0 s/mm2。40个方向数据集的相位编码（PE）方向选择为"PA"，另外还有一个较短的数据集（两个b=0扫描，六个b=1000扫描），其PE方向反转为"AP"。反向PE极性数据用于估计和校正图像失真。MarkVCID序列在不同MRI扫描仪（飞利浦Achieva，西门子Prisma和Trio，GE 750W）上的成像参数之前已有描述，在此总结如下：视野（FOV）= 256x256 mm2，矩阵 = 128x128，分辨率=2x2 mm2，切片厚度 = 2mm，80个切片，重复时间（TR）/回波时间（TE）= 9014/75ms（飞利浦Achieva），8600/68 ms（西门子Prisma），9800/84ms（西门子Trio），14453/75 ms（GE 750W），b值为0和1000 s/mm2，40个方向。

DTI数据处理协议

      一般的DTI数据处理包括：（1）使用反向PE卷对DTI图像进行相位失真校正，随后进行涡流和头部运动校正；（2）生成彩色编码的分数各向异性（FA）图和x轴（右-左；Dxx）、y轴（前-后；Dyy）和z轴（下-上；Dzz）方向的扩散图；（3）使用线性和非线性变换将重建图像或FA图转换到模板空间，并将变换矩阵应用于所有扩散图；（4）在侧脑室体水平的投射和联合纤维区域放置感兴趣区（ROIs）。缺少反向PE数据或没有b=0图像的DTI数据跳过TOPUP校正。我们使用DSI Studio图形用户界面软件版本10.15（图1）和FMRIB软件库版本6.0（FSL；牛津大学功能性MRI中心，英国牛津）（图2）实现了这些处理步骤。处理流程描述如下。

DSI Studio流程

     在这个流程中，所有处理步骤都使用DSI Studio GUI完成。首先将4D DTI体积DICOM文件转换为SRC文件，然后使用TOPUP/EDDY和运动程序对图像进行预处理，以校正相位失真、涡流和运动，使用Q空间微分同胚重建（QSDR）方法进行重建，这是广义Q采样成像（GQI）的MNI版本，可以自动将图像转换到MNI空间并标准化到ICBM152_adult模板。随后，估算并输出彩色编码的FA图和x、y、z轴扩散图。在彩色编码的FA图上识别投射和联合纤维，并在侧脑室体水平的双侧投射和联合纤维区域手动绘制球形ROI（直径12像素[≈9.4 mm]）。ROI的中心坐标如下：左侧投射纤维（53,47,40），左侧联合纤维（59,47,40），右侧投射纤维（25,47,40），右侧联合纤维（19,47,40）。总共4个ROI分别放置在每个受试者的彩色编码FA图和扩散图上。然后获取双侧投射和联合纤维的Dxx、Dyy和Dzz扩散值，用于ALPS计算（图1）。

FSL流程

      使用MRIcroGL图形用户界面将4D DTI体积DICOM文件转换为NIFTI文件。我们创建了一个内部bash脚本，使用DTI图像作为输入，包含FSL和MRtrix3命令来计算ALPS指数。DTI图像使用Marchenko-Pastur主成分（MP-PCA）去噪算法和Gibbs去环进行伪影校正，分别使用MRtrix3命令行"dwisenoise"和"mrdegibbs"。使用FSL命令行"topup"和"eddy"完成了易感性引起的畸变、涡流和运动的校正。使用FSL命令行"dtifit"生成FA图和x、y、z轴扩散图。使用FSL命令行"flirt"将每个受试者的FA图配准到JHU-ICBM-FA模板，并将变换矩阵应用于所有扩散图。根据JHU-ICBM-DTI-81-白质标记图谱，在侧脑室体水平的投射和联合纤维被识别为上放射冠（SCR）和上纵束（SLF），并在双侧SCR和SLF区域自动定义为直径5mm的球形ROI，应用于所有受试者的扩散图。ROI的中心坐标如下：左SCR（116,110,99），左SLF（128,110,99），右SCR（64,110,99）和右SLF（51,110,99）JHU-ICBM-FA模板。双侧SLF和SCR的Dxx、Dyy和Dzz扩散值被自动输出用于ALPS计算（图2）。

图2. FSL流程的DTI数据处理工作流程

ALPS指数计算

      ALPS指数定义为双侧ALPS指数的平均值（平均ALPS指数），它是投射纤维区域x轴扩散率（Dxxproj）和联合纤维区域x轴扩散率（Dxxassoc）的平均值与投射纤维区域y轴扩散率（Dyyproj）和联合纤维区域z轴扩散率（Dzzassoc）的平均值之比，计算如下：

      ALPS指数用于分别验证DSI Studio和FSL流程的可靠性和重复性。

统计分析

     扫描仪间重现性：使用一致性组内相关系数（ICC）评估四个扫描仪之间ALPS指数的扫描仪间重现性。它使用双向随机效应模型，采用单一测量和一致性形式，记为ICCc，计算如下：

     其中MSR = 行（即参与者）的均方，MSE = 误差均方，k = 评分者数量。使用R studio软件（版本2022.07.02 + 576.pro12）计算每对扫描仪之间的成对ICCc，显著性水平定义为P<0.05。

     评分者间可靠性：为评估两名独立分析同一DTI数据集的评分者之间ALPS指数的评分者间可靠性，我们使用双向随机效应模型，采用单一测量和绝对一致性形式计算ICC，记为ICCAA，计算如下：

     其中MSc = 列（即评分者）的均方，n = 受试者数量。ICCAA在不允许系统误差的情况下估计测量之间的一致性。使用R studio计算评分者之间的成对ICCAA，显著性水平定义为P<0.05。

     测试-重测重复性：为评估ALPS指数的测试-重测重复性，我们使用上述描述的双向随机效应模型，采用单一测量和绝对一致性形式，计算同一个体在同一MRI扫描仪上14天内获得的两次扫描会话之间的ICCAA。使用R studio计算测试和重测之间的成对ICCAA，显著性水平定义为P<0.05。

图3. DSI Studio流程的扫描仪间重现性结果的Bland-Altman图。
 

图4. DSI Studio流程的扫描仪间重现性结果的散点图。

      为了可视化扫描仪间重现性、评分者间可靠性和测试-重测重复性分析的结果，使用R studio创建了Bland-Altman图。ICC值<0.5定义为差，0.5到0.75之间定义为中等，0.75到0.9之间定义为好，>0.9定义为优秀。

表1 扫描仪之间、评分者之间和测试-重测会话之间平均ALPS指数的组内相关系数。

结果

扫描仪间重现性

      共招募了15名参与者进行扫描仪间研究，每名参与者在四个MarkVCID站点的MRI扫描仪上进行扫描，包括Philips Achieva、Siemens Trio、Siemens Prisma和GE750W，最终样本量为60个ALPS指数测量（4台扫描仪 × 15名受试者）。Bland-Altman图和散点图展示了使用DSI Studio流程和FSL流程分别分析的15名参与者ALPS指数在每对扫描仪之间的ICCc结果（图3、图4、图5和图6）。成对ICCc均具有显著性（P<0.001）：Philips-GE为0.91（95%CI [0.74;0.97]）（DSI studio流程）和0.84（95%CI [0.58;0.94]）（FSL流程），Philips-Siemens_Prisma为0.95（95%CI [0.86;0.98]）（DSI studio流程）和0.93（95%CI [0.80;0.98]）（FSL流程），Philips-Siemens_Trio为0.81（95%CI [0.52;0.93]）（DSI studio流程）和0.80（95%CI [0.51;0.93]）（FSL流程），GE-Siemens_Prisma为0.90（95%CI [0.74;0.97]）（DSI studio流程）和0.84（95%CI [0.60;0.94]）（FSL流程），GE-Siemens_Trio为0.87（95%CI [0.65;0.95]）（DSI studio流程）和0.77（95%CI [0.44;0.92]）（FSL流程），Siemens_Prisma-Siemens_Trio为0.81（95%CI [0.53;0.93]）（DSI studio流程）和0.81（95%CI [0.51;0.93]）（FSL流程）（见表1）。

图5. FSL流程的扫描仪间重现性结果的Bland-Altman图

评分者间可靠性

      扫描仪间研究中的15名受试者也用于评分者间可靠性研究。两名评分者（X.L.和G.B.，分别有10年和7年的扩散MRI数据分析经验）使用DSI Studio和FSL流程独立分析了来自四台MRI扫描仪（Philips Achieva、Siemens Trio、Siemens Prisma和GE750W）的15名受试者的DTI图像，以计算ALPS指数。Bland-Altman图和散点图展示了使用DSI Studio和FSL流程分别分析的15名参与者ALPS指数在评分者之间的ICCAA结果（图7A、图7B、图8A和图8B）。评分者之间的整体成对ICCAA为0.96（95%CI [0.94;0.98]）（DSI studio流程）和1（95%CI [1;1]）（FSL流程）（P<0.001）（见表1）。

表2 DSI Studio流程和FSL流程之间的差异。

图6. FSL流程的扫描仪间重现性结果的散点图

测试-重测重复性

     共有35名参与者在MarkVCID联盟的7个参与站点进行了两次MR扫描，两次扫描间隔不超过14天，这些参与者被纳入测试-重测重复性研究。Bland-Altman图和散点图展示了使用DSI Studio和FSL流程分别分析的15名参与者ALPS指数在测试和重测之间的ICCAA结果（图7C、图7D、图8C和图8D）。测试和重测之间的整体成对ICCAA为0.89（95%CI [0.79;0.94]）（DSI Studio流程）和0.95（95%CI [0.90;0.97]）（FSL流程）（P<.001）（见表1）。

图7. 评分者间可靠性和测试-重测重复性结果的Bland-Altman图

     （A和B）DSI Studio流程和FSL流程的评分者间可靠性结果。（C和D）DSI Studio流程和FSL流程的测试-重测重复性结果。

图8. 评分者间可靠性和测试-重测重复性结果的散点图。

     （A和B）DSI Studio流程和FSL流程的评分者间可靠性结果。（C和D）DSI Studio流程和FSL流程的测试-重测重复性结果。

讨论

      据我们所知，这是首次针对DTI-ALPS方法进行的多中心、跨供应商测试-重测验证研究。我们对来自MarkVCID联盟的DTI数据集进行了这项研究，并报告了使用两种分析流程的仪器验证结果，包括扫描仪间重现性、评分者间可靠性和测试-重测重复性。预计这些DTI-ALPS分析流程将在未来的多中心临床验证研究中实施，作为评估神经系统疾病（特别是cSVD）中GS清除功能的新型影像生物标志物。在本研究中，我们使用ALPS指数进行仪器验证，发现ALPS指数在四种扫描仪（Philips Achieva、Siemens Trio、Siemens Prisma和GE750W）之间具有良好的一致性，优秀的评分者间可靠性，以及测试和重测之间的高度一致性。

    在先前的DTI-ALPS研究中，通常使用左侧ALPS指数，考虑到招募的受试者为右利手，且纤维束足够粗大以放置ROI。ALPS指数是由双侧ALPS指数的平均值计算得出，这一方法最初由Zhang W等人提出，并应用于研究cSVD患者的脑脊液清除功能。作者报告ALPS指数具有优秀的评分者间和评分者内可靠性（ICC = 0.930和0.937）。此外，他们发现ALPS指数与使用鞘内注射钆对比剂的DCE MRI评估的脑脊液清除功能显著相关，并与cSVD的MRI生物标志物（包括白质高信号、腔隙数量、微出血和扩大的血管周围腔）相关。

     另一项研究通过多元回归模型验证了ALPS指数、左ALPS指数和右ALPS指数与正常老龄受试者的人口统计学特征和血管风险因素的相关性。作者发现，与左ALPS指数或右ALPS指数相比，ALPS指数与人口统计学特征和血管风险因素（包括年龄、性别、高血压和DMV评分）相关。然而，在这项研究中，ALPS指数、左ALPS指数和右ALPS指数与cSVD影像标志物之间未发现显著关联。

     尽管DTI-ALPS方法已被广泛用于研究各种病理条件下的脑脊液清除功能，但缺乏评估DTI-ALPS方法可靠性和重现性的研究。最近，Taoka T等人进行了一项名为"多条件采集实验中ALPS指数的变化（CHAMONIX）"的研究，这是一项单中心研究，评估了各种MRI扫描参数对ALPS计算的影响。此外，该研究还评估了扫描仪间（两台3T MRI扫描仪，即Vantage Centurian和Siemens Magnetom Prisma）可靠性和测试-重测重复性（1周内重复扫描4次）。作者发现ALPS指数具有相似的良好扫描仪间重现性（ICC范围0.775-0.828）和测试-重测重复性（ICC = 0.87）。作者还发现，成像平面、头部位置和扫描参数（如TR/TE）的改变在很大程度上影响了ALPS指数的重现性。

    在本研究中，我们注意到Siemens_Trio扫描仪与其他三台扫描仪（Philips Achieva、Siemens Prisma和GE750W）之间的扫描仪间一致性相对较低。可能有两个原因：1）一些在Siemens_Trio扫描仪上获取的DTI数据缺少反向PE图像和b=0图像，因此无法进行TOPUP畸变校正。2）Siemens Trio的TE（TE=84ms）比其他扫描仪的长，这可能会影响DTI测量的可靠性，正如CHAMONIX研究所建议的那样。我们的结果表明，DTI数据采集和处理步骤也是可能影响ALPS计算的因素之一。

     在本研究中，我们应用了两种DTI数据处理流程：DSI Studio和FSL流程，这两种流程在现有的DTI-ALPS研究中常用。DSI Studio和FSL流程之间存在几个差异:（见表2）。

     首先，DSI Studio提供了一个用户友好的图形界面，能够执行TOPUP畸变、涡流和运动校正、从原始空间到标准空间（如MNI）的线性和非线性归一化，以及用于估计各种DTI指标的重建，而FSL流程由基于FSL命令的自制bash脚本组成，可以作为批处理执行，用于大型数据集的并行处理。

     其次，FSL流程中包含了额外的伪影校正，包括通过MRtrix3命令进行的MP-PCA降噪和Gibbs去振铃。MP-PCA减少了由电子或离子运动（即热噪声）引起的信号波动。Gibbs去振铃减少了通常在锐利边缘附近观察到的Gibbs振铃伪影，提高了估计DTI指标的准确性。MP-PCA降噪和Gibbs去振铃被推荐作为DTI处理流程的第一步，并已在之前的DTI-ALPS研究的处理流程中使用。

      第三，在DSI Studio流程中，ROI是手动绘制的（直径12像素[≈9.4 mm]），并放置在转换到ICBM152_adult模板的个体受试者的彩色编码FA图上的双侧投射纤维和联合纤维区域；而在FSL流程中，ROI被定义为直径5mm的球体，放置在JHU-ICBM-FA模板上的双侧投射纤维（SCR）和联合纤维（SLF）区域。SCR和SLF是基于JHU-ICBM-DTI-81-白质标记图谱识别的。

     第四，DSI studio允许用户手动校正个体受试者扩散图像到模板空间的自动配准，在某些情况下这是需要的，而FSL流程中对自动配准的结果没有进行手动校正。

     尽管使用DSI Studio流程和FSL流程计算的ALPS指数都表现出良好的扫描仪间重现性、评分者间可靠性和测试-重测重复性，但与DSI Studio流程相比，FSL流程分析的ALPS指数在评分者之间和测试-重测会话之间显示出更好的一致性，但扫描仪之间的一致性略低。哪些处理步骤会影响验证结果需要进一步研究。

    在Taoka等人的原始DTI-ALPS论文中，作者提出血管周围腔在侧脑室体水平与髓质静脉运行方向相同，而联合纤维和投射纤维与血管周围腔方向正交。随后的研究应用磁敏感加权成像（SWI）来识别髓质静脉，并将FA图和扩散图转换到SWI空间，以便在联合纤维和投射纤维中定义ROI的位置。这种方法需要在未来的验证研究中进行评估。在我们的研究中，ROI的放置仅基于根据彩色编码FA图或JHU-ICBM-DTI-81-白质标记图谱识别联合纤维和投射纤维，这是本研究的主要局限性。

总结：

     总之，本研究发现ALPS指数具有良好的扫描仪间重现性、评分者间可靠性和测试-重测重复性，为评估神经系统疾病（特别是cSVD）中的GS（脑脊液淋巴系统）清除功能提供了一个稳健的潜在生物标志物。此外，本研究提供了两种用于DTI-ALPS计算的处理流程。需要在多中心临床研究中进一步验证这两种ALPS处理流程。

Cross-Vendor Test-Retest Validation of Diffusion Tensor Image Analysis along the Perivascular Space (DTI-ALPS) for Evaluating Glymphatic System Function