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RSS订阅转载 windows C++问题汇总
1 error C2146 error C4430 error c2061 error c2535 说明：这几类问题经常同时出现，多数是由于头文件互相包含引起的，找到互相包含的地方 有时可在在CPP的最前面包含 windows.h即可解决问题（注意 windows.h一定放在cp...
2019-08-08 09:19:00
243
转载 cypress API测试程序调试
一 驱动安装、cyapi.lib库的使用 1 接入开发板，安装驱动程序：在设备管理器中选中未识别的USB设备->更新驱动程序->选择驱动程序所在目录 2 安装Cypress SDK（下载地址：http://dlm.cypress.com.edgesuite.net/akdlm...
2019-07-30 16:21:00
1060
转载 BAM转VCF的方法对比
1 使用GATKHaplotypeCaller #java -jar gatk.jar HaplotypeCaller --native-pair-hmm-threads 4 -R xx.fa -I xx.bam -O xx.vcf --native-pair-hmm-threads用来...
2019-07-17 17:59:00
3780
转载 BCFTools安装
1 缺少bzlib.h：sudo apt-get install libbz2-dev 2 缺少lzma.h：sudo apt-get install liblzma-dev 安装时需同时具备bcftools和htslib工程，在bcftools文件夹中执行 #make #sud...
2019-07-17 16:40:00
526
转载 bcftools使用总结
使用bcftools进行SNP calling bcftools也可以进行SNP calling。在之前的版本中，通常都是和samtools的mpileup命令结合使用, 命令如下 samtools mpileup -uf ref.fa aln.bam | bcftools view -...
2019-07-16 17:15:00
7798
转载 samtools使用总结
1. view view命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文件进行的，因而当输入为sam文件的时候，不能进行该操作)；最后将排序或提取得到的数据输出为bam或sam（默认的）格式。 ...
2019-07-15 18:22:00
616
转载 GATK之HaplotypeCaller
GATK的主要功能其实就是识别变异位点，其他功能都是锦上添花。所以这一次学习GATK寻找变异位点的工具。 在GATK的文档中，与变异位点识别相关的有9个工具，分别是： Name Summary ApplyRecalibrat...
2019-07-15 18:12:00
8853
转载 Fastq2VCF传统流程
1.序列QC： 去除低质量reads，和连续的低质量片段，去掉接头序列。QC统计reads数量及测序质量。 2.Mapping： 由于bwa能准确，快速的将短序列比对到基因组上，而且软件持续更新和说明文档完备，是外显子捕获测序的首选。 3.Sam到bam转换： Samtools ...
2019-07-15 16:08:00
1236
转载 ubuntu 手动释放缓存 (清理内存cache)
/proc是一个虚拟文件系统，我们可以通过对它的读写操作做为与kernel实体间进行通信的一种手段。也就是说可以通过修改/proc中的文件，来对当前kernel的行为做出调整。那么我们可以通过调整/proc/sys/vm/drop_caches来释放内存。操作如下： 1. 切换到管理员权限 ...
2019-06-17 15:23:00
507
转载 top命令详解
第一行： 10:01:23 — 当前系统时间 126 days, 14:29 — 系统已经运行了126天14小时29分钟（在这期间没有重启过） 2 users — 当前有2个用户登录系统 load average: 1.15, 1.42, 1.44 — load average后面的三个数分别...
2019-06-17 15:14:00
94
空空如也
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