BAM转VCF的方法对比

1 使用GATK HaplotypeCaller

#java -jar gatk.jar HaplotypeCaller --native-pair-hmm-threads 4 -R xx.fa -I xx.bam -O xx.vcf

--native-pair-hmm-threads用来设置多线程，默认为4线程

2 samtools + bcftools的组合

#samtools mpileup -gSDf ref.fa xx.bam > xx.bcf
#bcftools view -cvNg xx.bcf > xx.vcf

该方法虽然没有多线程设置，然而同一个样本单线程要比方法1四线程下速度快

3 bcftools

该方法仅支持比较新的版本，早期的bcftools是没有mpileup和call命令的，需从官网下载bcftools和htslib后手动安装

#bcftools mpileup -Ou -f ref.fa xx.bam | bcftools call -Ou -mv | bcftools filter -s LowQual -e '%QUAL<20 || DP>100' > xx.vcf

 

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