恒定PH值分子动力学模拟

自然界中往往存在一些对PH值敏感的蛋白，当我们想要探究这些蛋白在不同PH条件下构象变化时自然离不开MD的辅助。遗憾的是Gromacs暂不支持恒定PH条件下的模拟，因为这涉及到了蛋白表面残基质子化状态需要时刻改变。一种折衷的方法是：用propka等预测工具预测蛋白极性/可质子化残基的pka值（因为实际蛋白表面的pka值可能受到邻近残基的影响而发生偏移），然后根据想要模拟的PH环境，自主确定各个可质子化残基质子化状态（比如某个残基pKa=4，pH环境为7，那么这个残基自然是处于离去质子的解离状态）。然后修改对应pdb文件中的残基名，比如脱去质子的CYS改名为CYM（这个问题文末有提及）。这种方法存在的最大缺点在于：质子化状态一但设定好就会一成不变，这和实际情况显然是不符的。因此我们今天不介绍这种方法，而是介绍在Amber中的实现方法。

1. 准备结构

有这样一张表(下图所示)，罗列了常见质子化残基，包括ASP、GLU、HIS、CYS、LYS、TYR. 第三列数据对应它们各自的pKa值。第二列对应它们在恒定PH环境模拟时Amber识别的名字，如果想让Amber在模拟时对某个残基上面的质子化状态"多多关照",总得披上"马甲"好让Amber认识它吧。比如我想要模拟PH=7的环境，查看下表可以看出ASP、GLU、HIS在此条件下质子会发生解离，那么就把pdb文件中它们的名称改成对应的"马甲"。ASP→AS4、GLU→GL4、HIS→HIP

本次就以11个氨基酸长度的小肽test.pdb在pH为7的环境下模拟为例：

• 第一步，修改pdb文件

首先修改需要更换“马甲”的残基名，这里我们做了ASP→AS4、GLU→GL4修改，由于没有HIS残基，所以就不做考虑。此外该分子种有两个距离较靠近的CYS，我们想让他们之间成二硫键，所以修改做出修改：CYS→CYX。修改后的文件名为test_fix.pdb

#用pdb4amber不加氢，补全缺失原子，连接二硫键
pdb4amber -i test_fix.pdb --nohyd -o test_fix2.pdb
#不知道什么原因pdb4amber除氢总是失败，只能用下条