Elastix配准工具使用入门

Elastix介绍

首先根据Elastix官方手册上所写：

elastix. The software consists of a collection of algorithms that are commonly used to solve medical image registration problems. A large part of the code is based on the Insight Toolkit (ITK).The modular design of elastix allows the user to quickly test and compare different registration methods for his/her specific application. ——elastix_manual_v4.7

Elastix是一个基于ITK开发的处理医学图像配准问题的工具。关于什么是医学图像配准，我会再做其他介绍，这里就认为找到Elastix的人都已经有所了解。Elastix提供了很方便的命令行使用方式以供使用者进行配准应用。
同时Elastix是开源的，并且采用模块式构成。可以根据源代码进行开发，或者添加新的模块。使用Elastix的源码需要遵循一些开源的规则，如果有使用需求，可以进行了解。

通过Elastix官方网站可以下载到Elastix的程序、源码、使用手册以及一些相关的文献。并且网站上还说明了当使用Elastix时，已经认为引用了一些参考文献。

Elastix的使用

Elastix使用起来非常方便。在Elastix下载可以下载到Elastix的资源。其中Manual是使用手册（推荐阅读）、Example_of_usage是一个使用的小例子、Source code是源代码，其余的几项分别是不同系统环境下的可执行程序。

作为简单例子，我们可以首先下载Example_of_usage和基于自己系统环境的可执行程序。我的操作系统是64位win8，所以我下载了Windows 64 bit binaries版本。

• 下载完成后是两个压缩文件，可将可执行文件解压到任何地方（如D:\Elastix），解压后有4个文件。其中elastix.exe是进行配准的程序，transformix.exe是根据配准所得结果对图像进