以枸杞为例:
1、在TCMSP(https://www.tcmsp-e.com/,TCMSP - Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform (tcmsp-e.com))检索枸杞的每个成分,确定pubchem ID,copy至表格
2、左键单击下载成分的mol2平面结构,在系统原始命名前加入添加“compound code”,示例:compound code-自动生成名,即GQ001-MOL000131
3、将mol2导入smile转换网站(https://novopro.cn/tools/mol2smiles.html),copy该smile序列至表格
4、在pubchem(PubChem (nih.gov))上检索pubchem ID,借助2D结构及转换的SMILE,确定对应的化合物。
Ps:一般根据网站转换的smile可以快速确定是否为同一个化合物,但pubchem上此处显示为包含异构信息的smile,可以点开查看规范smile序列,具体如下图。
5、将上述三种SMILE序列都填在表格中对应位置,以备后续核对使用
6、下载pubchem上面的3D结构,另存为SDF文件,编辑命名为“compound code-系统生成名”,如GQ001-Conformer3D_CID_5280450