在Linux上配置Jupyter Notebook

下载并安装conda

下载Miniconda3

conda下载地址

# 从conda网页复制地址并下载
wget -c "https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh"

安装conda

# 可以选择安装在指定目录下
bash Miniconda3-py39_4.12.0-Linux-x86_64.sh -p ./miniconda3

配置jupyter notebook

# 启动conda base环境
source ./miniconda3/bin/activate
# 创建jupyter_notebook环境
conda create -n jupyter_notebook python=3.9 #可以自选python版本
# 进入jupyter_notebook环境
conda activate jupyter_notebook
conda install jupyter -y

# start jupyter,使用30001端口
nohup jupyter notebook --port=30001 --no-browser &

# 找到token
less nohup.out
# or
$ perl -nle '{print $1 if /token\=(.*?)$/}' nohup.out |uniq |tail -1
8cbc4467a2*****f353a0f9f #这个是token

在浏览器上访问jupyter notebook，这里以windows为例

# 在powershell中
ssh -N -f -L localhost:30001:localhost:30001 zhengzx@192.168.1.168 -p 22

这里192.168.1.168为你服务器的IP地址
然后打开浏览器输入:http://localhost:30001
第一次进入需要输入token，把前面的token复制进去，回车即可，下次进入就可以不用输入token了
不过jupyter重启之后又要重新输入token。

在环境中安装python库

# 平常装python包
source ./miniconda3/bin/activate jupyter_notebook #要先进入该环境

# conda
conda install numpy -y
conda install pandas -y
conda install pandas-datareader -y
conda install pysam==0.19.1 -y
conda install scikit-learn -y

# pip方式
pip install pyecharts
pip install openpyxl

# 退出jupyter_notebook/base环境
source ./miniconda3/bin/deactivate

在环境中配置R内核

# 配置R内核
conda install r-ggplot2 -y #顺带把R语言也安装了
conda install r-irkernel
$ R #进入R的交互界面
install.packages(c('repr','IRdisplay','evaluate','crayon','pbdZMQ','devtools','uuid','digest'))

R包和python库的安装类似

.condarc配置

当默认配置的下载速度较慢时候，可以使用国内的镜像源试试

#add 配置
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes