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RSS订阅原创 R语言——GSEV可视化
######### GSEA图：gseaplot、gseaplot2、gsearank ##########加载GSEA结果，以便用于后续可视化。
2022-10-31 21:21:16
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原创 R语言——基于clusterProfiler的GSEV数据分析
在进行差异分析过程中，尤其是食品中一些功能因子的添加可能影响并不在几个基因上，而是对于一系列基因有着一定的影响，这些影响可能集中在某一些通路上面。因此，联合分析某一些通路上，或者某些特定组合上的基因变化，对于寻找差异不是特别明显，但是却有实际作用的基因特别重要。但是为了下一步的数据处理，我们只可以将没有转化成功的予以丢弃，同时把转化成功的数据和对应的logFC值组成下一步处理需要的文献。转化之后，一个严重的问题，在于很多基因名称在转化过程中并没有对应，我们现在不知道原因，转化为需要的数据格式，这里要注意，
2022-10-31 20:59:14
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原创 3. R语言——基于clusterProfiler的可视化过程
在上一步已经做好了GO分析和KEGG分析，记下来要对分析结果进行可视化。加载GO分析和KEGG分析的结果。
2022-10-31 15:31:24
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原创 R语言——基于DESeq2做基因表达差异分析
本记录主要是使用DESeq2 包进行差异包表达分析。R 语言是4.2.0版本，对应的BiocManager是3.15版本。我们采用的是BiocManager安装DESeq2包。检查数据Counts文件与coldata数据是否匹配。注意部分依赖包是由R4.2.1建造，可能会有问题。过滤在所有重复样本中小于1的基因。
2022-10-28 20:11:30
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空空如也
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