R语言——GSEV可视化

最新推荐文章于 2024-03-22 00:36:09 发布

bobo JLU

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分类专栏： R语言学习及分析文章标签： r语言开发语言

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环境加载

注意这里面一些参数现在我还没有完全运行好，因此需要注意。
# 清空变量
remove(list = ls())

# 加载所需R包
library(clusterProfiler)
library(ggplot2)

加载GSEA结果，以便用于后续可视化

load(file = "data/gsea_result.Rda")

气泡图

########## 气泡图：dotplot ##########
tiff(file="figures/GSEA_GO_dotplot.tiff",
     width = 35,height = 22,units ="cm",
     compression="lzw",bg="white",res=300)
dotplot(gsego, showCategory=30) + ggtitle("dotplot for GSEA")
dev.off()

dotplot(gsekk, showCategory=30)
dotplot(gsegmt, showCategory=30)

网络图

########## 网络图：cnetplot ##########
tiff(file="figures/GSEA_KEGG_cnetplot.tiff",
     width = 35,height = 22,units ="cm",
     compression="lzw",bg="white",res=300)
cnetplot(gsekk, categorySize="pvalue", foldChange=geneList)
dev.off()

cnetplot(gsekk, foldChange=geneList)
cnetplot(gsekk, foldChange=geneList, circular = TRUE