3. R语言——基于clusterProfiler的可视化过程

bobo JLU

于 2022-10-31 15:31:24 发布

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分类专栏： R语言学习及分析文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/codyliu_bo/article/details/127616393

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本文介绍了如何利用R语言中的clusterProfiler包进行生物信息学分析结果的可视化，包括柱状图、气泡图、网络图、热图和Venn图的绘制，详细阐述了每个图表的生成过程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

背景知识

在上一步已经做好了GO分析和KEGG分析，记下来要对分析结果进行可视化。

加载环境

# 加载软件包
library(clusterProfiler)
# 此处出现载入程辑包：‘clusterProfiler’
# 
# The following object is masked from ‘package:stats’:
#   
#   filter
# 我的解决办法是点一下stats包，让系统不预先加在stats包，等clusterProfile加载完成后
# 再重新加载stats包

library(org.Hs.eg.db)
library(ggplot2)
library(cowplot)

加载GO分析和KEGG分析的结果。

load(file = "clusterProfiler_result.Rda")
dir.create('figures') #创建图片存储结果文件夹

柱状图

########## 柱状图 ########## 
tiff(file="figures/clusterProfiler_GO_barplot.tiff",#创建一个tiff图片
     width = 35,height = 22,units ="cm",#宽和高，单位为厘米
     compression="lzw",bg="white"