RNA数据下载

Aspera 下载和应用

Aspera 的下载

在Linux上安装Aspera，方便的还是直接通过conda进行安装(已经安装了Anaconda），在需要安装的环境下输入以下命令进行安装：

conda install -c hcc aspera-cli -y

## 查看是否安装成功：
# 有输出帮助文档则安装成功
$ ascp -h

查找密钥（下面使用会用到）
$ which ascp # 输出下面内容，不同环境不一样，根据自己的来
~/software/miniconda3/envs/test/bin/ascp

# 把bin及bin后面的内容换成etc/asperaweb_id_dsa.openssh
# 可以用ls验证一下是否存在。

# 目前在服务器中我们的秘钥是 
 /home/labsever_0/miniconda3/envs/RNAseq/etc/asperaweb_id_dsa.openssh

Aspera 的使用语法

基本语法如下，[OPTION] 是参数设置，SRC 是远程资源路径，DEST是文件保存路径。若SRC为多个文件，则保存在DEST目录下。

ascp  -l 100M -P 33001 -QT -k 2 -i /home/labsever_0/miniconda3/envs/RNAseq/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz ./test.fq.gz

# 此处我尚不清楚fasp@ 后面的语句含义，需要以后详查。

项目	Value
-l	最大传输速率
-i	密钥地址，自己安装都是：~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh ，conda安装参照上面内容
-P	-P33001，分开合起作用都是一样。设成其他可能会要输密码。Set the TCP port used for fasp session initiation. (Default: 22)
-Q	Enable fair transfer policy
-k -k2	分开合起作用都是一样,异常中断可以重启。Enables fatal transfer restarts.
-T	禁止加密。Disable encryption for maximum throughput.
SRC	位置参数，源文件地址，类似era-fasp@fasp.sra.ebi.ac.uk:/vol1/fastq/SRR576/004/SRR5760814/SRR5760814.fastq.gz
DEST	./test.fq.gz， 保存地址