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RSS订阅转载 AnnData.raw对象
可以通过检查 AnnData 对象的数据矩阵中是否存在非零负值来判断它是否已经被对数化。如果数据矩阵中存在非零负值，那么可以推断 AnnData 对象已经进行了对数转换。1.如何判断Scanpy 的 AnnData 对象是否已经被对数化？
2024-01-11 20:37:52
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原创 记录一下莫名其妙登录不上网页端R stusio的经历
某天下午当我正在服务器运行R时，忽然R崩溃了，并且我关闭当前session后就再也登录不上去了，报错信息如下：在linux运行rstudio-server status显示active(running)，但在网页端打开rstudio server并且显示报错：Couldn't connect to R session on R studio server ,Unable to connect to service(1）。
2023-08-10 21:54:36
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原创 从SRA生成fastq文件中碰到的一些问题
在单细胞RNA测序中，通常使用双端测序技术，其中每个细胞的mRNA转录本被逆转录成cDNA，并通过Illumina测序仪进行两次测序，分别获得Read 1和Read 2的测序数据。Cell Ranger的输入是原始的双端测序的FASTQ文件，因此你应该使用`fastq-dump`命令生成的R1和R2文件，这两个文件包含了双端测序数据的配对读取（read）。通过生成这三个文件，可以保留并处理SRA文件中的所有测序数据，包括配对的读取（read）和未配对的读取（read），以便进一步的分析和处理。
2023-07-04 11:27:33
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原创 samtools各种flag的含义
所以在bam文件中的第二列，即flag列的值代表这条序列符合上述所有条件的值的和，所以根据这个flag我们可以确定这条序列究竟是read1 还是read2。256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的。8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上。上面的这几个标签都是2的n次方，这样的数列有一个特点，就是随机挑选其中的几个，它们的和是唯一的，比如。
2023-07-03 13:27:37
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原创 使用EBI下载SRA/fastq文件
中搜索GSE号等信息（如：GSE154290），找到所需的项目，点击项目号进入看到Read files栏目，勾选所有需要下载的fastq文件，点击上面的Get download script可以获得项目对应wget命令的.sh脚本.在linux中输入命令如nohup bash 20230617-0453.sh & 即可后台下载。
2023-06-17 13:00:30
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原创 从SRA数据下载开始学习ATACseq数据分析
第2行储存的是序列信息，正常情况都是用ATCG四个字母表示，但是当测序仪无法准确分辨该位置的序列信息时，会以N来代指此处的序列信息；第4行存储的就是第2行每一个碱基的测序质量信息，其中的每一个符号所对应计算机的ASCII值是经过换算的phred值，而phred值等于33-10*logP，这里的P代表该位置测序发生错误的概率，简单来说，如果某个位置测得的序列十分可信，那么意味着该位置发生错误的概率极小，所以phred值就很大，即该值越大，说明测序的质量越好。明码标价之ATACseq｜生信菜鸟团。
2023-06-17 11:25:19
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空空如也
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