使用linux命令行语句对一系列sequence进行反向互补

最新推荐文章于 2025-05-17 15:25:47 发布
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文章标签： linux 前端
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sed 's/^/> sequence /; s/\(> sequence .*\)/\1\n/' sgrna.txt > ssgrna.txt
sed 's/ce/&\n/g' ssgrna.txt > output.txt

crewkickse
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生信（二）反向互补序列
生信了
10-23 9295
关键词：reverse; complement; sequence; **如何得到一段基因序列的反向互补序列？**这是基因测序领域经常遇到的问题。其实答案很简单，许多现成的软件都有这个功能。但是作为一个生信人，当然可以自己实现一个了。 首先想到的也是最基础的方法就是利用**多个if…else…**的语句进行判断选择。这种方法太笨拙，写出来的代码很不好看。今天我们分享几种好一点的方法。 Shell版...
R/BioC序列处理之二：Biostrings序列的基本操作
R语言与生物信息学
04-23 1万+
还是先获取随机DNA序列和其他序列对象： library(Biostrings) rndSeq function(dict, n) { paste(sample(dict, n, replace = T), collapse = "") } set.seed(0) # 用mapply和rndSeq函数获取5条序列（字符串）： DNA.raw mapply(rndSeq, list(DNA_
Shell脚本获得核酸反向互补序列
Neptuneyut的博客
10-24 4541
DNA作为生物的遗传物质，由2条互补的链按照A-T,C-G碱基配对方式形成双螺旋结构。在生物信息处理时，常常需要得到已知序列的反向互补序列（反向是由于学术界约定俗成序列方向为5端到3端，因此只互补配对得到的是3端到5端的配对序列，还需要再反向一次变成5端到3端），诸如Python和其他专门的小工具都可以实现，但是这里尝试用Shell来解决问题。 问题： 获得fasta格式核酸序列的反向互补配对...
【Linux】序列化和反序列化
gangaue的博客
06-01 527
这篇文章给大家带来序列化和反序列化的学习！！！
seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...
热门推荐
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
03-15 5万+
写在前面通过我几天的学习，我发现，seqkit十分好用，将序列的各种操作都囊括进去，加入多线程，我个人认为这将是非常好的胶水，在处理无论是基因组还是其他组学。定是一个必学神器。注意一下教程...
在命令行获取标准输入序列的反互序列，pep序列和长度信息
薛猫_柳叶刀
09-30 1591
最近对序列文件处理的比较多，时常要看一些核酸序列的反向互补序列，长度，可能的翻译序列。以前我常常使用seqBuider 来查看，如果能在命令行直接查看，想必是极好的。 这是一个perl脚本，不过我把它的执行路径写入环境变量后，就可以当linux命令直接使用了，很方便的。 这个脚本有四个参数。【-i -r -p -l 】 其中 -i 是必要的参数，用来接收标准输入； -r 是获得一段序列的
常用Linux命令
修罗神的海岛
05-05 892
grep 案例一：统计fasta文件中序列的条数； grep -c ">" gene.ffn 案例二：输出满足条件的序列； grep -A 2 "3 gi 29732 34486" lastz.axt 案例三：筛选出不满足条件的内容； ps -fx | grep -v "S" 不输出进程状态为S的任务。 sed 案例一：输出固定的行 sed -n '1307p' seq.fna #输出文件第1307行； sed -n '100,200' ...
计算机算法常用术语中英对照（分为两部分 其中一部分表格形式 ）
weixin_30488085的博客
06-25 5299
第一部分 Data Structures 基本数据结构 Dictionaries 字典 Priority Queues 堆 Graph Data Structures 图 Set Data Structures 集合 Kd-Trees 线段树 Numerical Problems 数值问题 Solving Linear Equations 线性方程组 B...
R/BioC序列处理之一：Biostrings常量与序列容器
R语言与生物信息学
04-23 9044
序列说到底就是文本/字符串类型的数据，你完全可以用纯纯的R base函数来处理，只是太麻烦，而且效率很低。BioC的IRanges包从数据结构和运算规则等角度对生物序列做了很细致的定义，是使用R高效处理生物序列数据的基础。但是IRanges包定义的类和方法（函数）实在太多了，学习起来很乏味，有空自己啃吧。我们从Biostrings包开始。 一、用R base的函数来处理序列 先写一个用于产生随机D
数据库应用+SQL优化+Git
weixin_55817753的博客
06-25 5214
数据库应用1.1 概念1.1.1 什么是数据库1.1.2 关系型和非关系型1.1.3 关系型数据库1.2 Mysql数据库1.2.1 MySQL数据存放在哪里？1.2.2 MySQL服务端1.2.3 MySQL客户端1：DOS窗口1.2.4 MySQL客户端2：可视化工具1.3 数据库的结构1.3.1 数据库结构1.4 SQL语句1.4.1 定义1.4.2 分类1.5
perl实现序列反向互补
little^raccoon
03-23 3559
#!/usr/bin/perl -w print"Input sequence:\n"; chomp(my $seq = <STDIN>); $ seq =~ tr/atcguATCGU/tagcaTAGCA/; print “Reverse complement sequence:\n” print scalar reverse $seq; #或者使用下面这种形式输出，因为reve...
生物信息脚本练习（2）求反向互补序列
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07-30 3173
这是一个简单的生信脚本练习，对一段碱基序列切片，然后求反向互补序列。注意其中join 函数的用法#求反向互补序列 lll = [] with open("Program1.txt","r") as f: seq = f.readlines() seq = seq[1] print(seq) print("\n") seq = seq[50:101] pr
linux提取fasta文件的id,FASTA序列文件处理一网打尽
weixin_33093403的博客
05-14 5766
推荐两个地方：地方一都是小脚本，但实用，大伙也可以自己练习写。地方二成熟软件SeqKit，也很实用。一、小脚本大家可以在这里下载以下脚本：https://github.com/jorvis/biocode/tree/master/fasta各脚本作用信息如下：|--append_to_fasta_header.py每个序列ID添加后缀|--check_for_embedded_fasta_he...
linux中fq格式转fa,fasta/fq文件处理万能工具——Seqkit学习记录
weixin_29800175的博客
05-12 6421
shenwei爪哥开发的处理Fasta/Fastq文件的万能工具。之前处理fq/fa文件时花时间写的一些脚本发现在seqkit里直接能一行命令就解决。实在是提升效率，整合流程中十分好的工具。本文是对Seqkit官方介绍(https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/)的学习，参考学习的过程中可以对照着官方文档中的例子进行操作学习。熟练的运用关键还是需要多练习，搭建分...
linux分析测序数据,[转]如何分析测序结果
weixin_39866874的博客
05-14 1190
测序结果的分析测序都是从5'端进行的，正向和反向测序是指对DNA的两条互补链分别测序，通常两个方向测序结果经校读后完全一致才能认为得到可靠结果。生工测序结果一般都提供两个文档，一个是TEXT的序列文档，一个是用Chromas软件打开的ABI文档。1.寻找引物在DNAMan上进行比对，看引物能不能比对上(一个不变，一个反向互补)，如果比不上，那可能就不是你要的序列，如果能比上，上游以引物第一个为分界...
linux合并fa文件_与你分享生信好用的单行命令
weixin_28949049的博客
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刘小泽记录于 2019.5.10将Turner写的一些好用的单行命令与大家分享，原文还有许多可以去看https://github.com/stephenturner/onelinersAbout Fastq/fastafastq sequences length distribution => 得到fq文件中序列长度的分布$ zcat file.fastq.gz | awk 'NR%4 ==...
深入剖析 Linux 进程的睡眠与唤醒机制
Cheese_Y的博客
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Linux 进程的睡眠与唤醒机制是操作系统实现高效资源管理和任务调度的基石。从基本概念到实现机制，再到实际应用与调试，这一机制贯穿于系统运行的各个环节。深入理解并熟练掌握这一机制，不仅有助于优化系统性能，还能在面对进程阻塞、资源争用等问题时快速定位和解决问题。随着 Linux 内核的不断演进，睡眠与唤醒机制也在持续优化，以适应日益复杂的应用场景和硬件环境。以上详细阐述了 Linux 进程睡眠和唤醒的相关内容。若你对其中某部分还想深入了解，或有其他技术方向想探讨，欢迎随时和我说。
【Linux笔记】——Linux线程封装
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本文介绍了在Linux环境下基于pthread库的线程封装类，旨在简化多线程编程的复杂性。该封装类提供了线程的创建、启动、终止、分离和回收等功能。核心功能包括通过Start()方法创建并启动线程，Stop()方法终止线程，Detach()方法将线程设置为分离状态，以及Join()方法回收线程资源。封装类通过静态成员函数routine和this指针的巧妙结合，解决了线程函数与类成员函数的兼容性问题。源码展示了线程类的实现细节，包括线程ID、状态标志、线程名称和回调函数的封装。该封装类为多线程编程提供了简洁高效
命令行生成序列图：sequence-diagram-generator项目解析
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