samtools各种flag的含义

做ATACseq时正好碰到了samtools的各种用法，整理备忘

1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序

2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有插入缺失

4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上

8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上

16：代表这个序列比对到参考序列的负链上

32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上

64 ： 代表这个序列是R1端序列， read1;

128 : 代表这个序列是R2端序列，read2；

256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的

512： 代表这个序列在QC时失败了，被过滤不掉了（# 这个标签不常用）

1024: 代表这个序列是PCR重复序列（#这个标签不常用）

2048: 代表这个序列是补充的比对（#这个标签具体什么意思，没搞清楚，但是不常用）

上面的这几个标签都是2的n次方，这样的数列有一个特点，就是随机挑选其中的几个，它们的和是唯一的，比如

65 只能是1 和 64 组成，代表这个序列是双端测序，而且是read1

所以在bam文件中的第二列，即flag列的值代表这条序列符合上述所有条件的值的和，所以根据这个flag我们可以确定这条序列究竟是read1 还是read2

##可以查看flag 代表的所有含义
samtools flags 99
0x63	99	PAIRED,PROPER_PAIR,MREVERSE,READ1