samtools各种flag的含义

最新推荐文章于 2024-10-06 13:29:17 发布
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文章标签： linux 学习
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本文链接：https://blog.csdn.net/crewkickse/article/details/131513734
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文章详细介绍了在ATACseq分析中，samtoolsflag用于表示序列比对信息的二进制编码方式，包括PE双端测序、序列匹配状态、链信息、读段标识等，以及如何根据这些flag来判断序列特性。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

做ATACseq时正好碰到了samtools的各种用法，整理备忘

1 ： 代表这个序列采用的是PE双端测序

2： 代表这个序列和参考序列完全匹配，没有插入缺失

4： 代表这个序列没有mapping到参考序列上

8： 代表这个序列的另一端序列没有比对到参考序列上，比如这条序列是R1,它对应的R2端序列没有比对到参考序列上

16：代表这个序列比对到参考序列的负链上

32 ：代表这个序列对应的另一端序列比对到参考序列的负链上

64 ： 代表这个序列是R1端序列， read1;

128 : 代表这个序列是R2端序列，read2；

256： 代表这个序列不是主要的比对，一条序列可能比对到参考序列的多个位置，只有一个是首要的比对位置，其他都是次要的

512： 代表这个序列在QC时失败了，被过滤不掉了（# 这个标签不常用）

1024: 代表这个序列是PCR重复序列（#这个标签不常用）

2048: 代表这个序列是补充的比对（#这个标签具体什么意思，没搞清楚，但是不常用）

上面的这几个标签都是2的n次方，这样的数列有一个特点，就是随机挑选其中的几个，它们的和是唯一的，比如

65 只能是1 和 64 组成，代表这个序列是双端测序，而且是read1

所以在bam文件中的第二列，即flag列的值代表这条序列符合上述所有条件的值的和，所以根据这个flag我们可以确定这条序列究竟是read1 还是read2

##可以查看flag 代表的所有含义
samtools flags 99
0x63	99	PAIRED,PROPER_PAIR,MREVERSE,READ1

 

crewkickse
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安装Samtools
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### 不同操作系统上的 Samtools 安装方法 #### Linux 系统下的安装过程 在 Linux 环境下，可以通过编译源码的方式完成 Samtools 的安装。以下是具体操作： 1. **下载并解压源码包** 首先访问官方 GitHub 仓库或其他可信资源站点获取最新的 Samtools 版本文件，并将其解压缩到目标目录中[^2]。 ```bash wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.19/samtools-1.19.tar.bz2 tar jxf samtools-1.19.tar.bz2 cd samtools-1.19/ ``` 2. **依赖库准备** 如果尚未安装必要的开发工具链以及 HTSlib 库，则需提前通过包管理器解决这些前置条件。例如，在基于 Debian 或 Ubuntu 的发行版上运行如下命令来安装所需组件： ```bash sudo apt-get update && sudo apt-get install -y build-essential zlib1g-dev libbz2-dev liblzma-dev git cmake ``` 3. **执行构建脚本** 进入解压后的 Samtools 文件夹后依次调用 `make` 命令完成程序的本地化组装工作。 ```bash make ``` 4. **验证路径设置有效性** 将生成可执行二进制放置于系统 PATH 中以便全局调用。可通过修改 `/etc/profile` 添加永久生效环境变量实现此目的[^5]。 ```bash echo 'export PATH=$PATH:/path/to/samtools/bin' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc which samtools ``` 5. **测试功能正常性** 输入以下指令确认版本号无误即表明部署完毕。 ```bash samtools --version ``` #### macOS 下的安装流程 对于苹果 Mac OS 用户而言，推荐借助 Homebrew 工具简化整个流程： 1. 执行单条语句即可自动拉取最新稳定分支并妥善安置至默认位置。 ```bash brew install samtools ``` 2. 同样地，利用内置机制校验成果是否符合预期标准。 ```bash samtools view --help ``` #### Windows 平台解决方案 由于原生支持有限，建议采用 WSL（Windows Subsystem for Linux）或者 Cygwin 来模拟类 Unix Shell 层面交互体验从而间接达成同等效果；当然也可以直接选用预打包好的图形界面客户端替代品如 Tablet 软件作为备选方案之一[^3]。 ```python import subprocess def check_samtools_version(): try: result = subprocess.run(['samtools', '--version'], stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE, text=True) if "Version:" in result.stdout: print(f'SAMtools installed successfully with version {result.stdout.splitlines()[0]}') else: raise Exception('Failed to detect SAMtools installation.') except FileNotFoundError as e: print(e) check_samtools_version() ```
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