从SRA生成fastq文件中碰到的一些问题

nohup fastq-dump --gzip --split-files SRR18505384 SRR18505385 SRR18505386 SRR18505390 2>&1 &

使用--split-3参数不管用，无法将SRA文件分为双端fastq（不知道为什么），改用--split-files管用了，但是生成了3个fastq文件，我懵逼了，问了一下机器人，得到解答如下：

在使用`fastq-dump`命令处理SRA文件时，生成的3个FASTQ文件对应于原始SRA文件中的不同部分。这三个文件分别是：

1. **Read 1（R1）文件**：此文件包含测序实验的第一条读取（read）的测序数据。在Illumina测序中，它通常包含DNA片段的前端序列。这个文件的名称通常以"_1.fastq"或"_R1.fastq"结尾。

2. **Read 2（R2）文件**：这个文件包含了测序实验的第二条读取（read）的测序数据。在Illumina测序中，它通常包含DNA片段的反向互补序列。这个文件的名称通常以"_2.fastq"或"_R2.fastq"结尾。

3. **Unpaired文件**：这个文件包含了在测序实验中无法匹配到配对序列的读取（read）的测序数据。在Illumina测序中，由于测序错误或片段长度不足等原因，可能会出现一些读取无法与其配对的情况。这个文件的名称通常以"_unpaired.fastq"结尾。

通过生成这三个文件，可以保留并处理SRA文件中的所有测序数据，包括配对的读取（read）和未配对的读取（read），以便进一步的分析和处理。

对于下游的Cell Ranger分析，你应该使用前两个文件，即Read 1（R1）文件和Read 2（R2）文件。

Cell Ranger是10x Genomics开发的分析流程，用于处理单细胞RNA测序数据。在单细胞RNA测序中，通常使用双端测序技术，其中每个细胞的mRNA转录本被逆转录成cDNA，并通过Illumina测序仪进行两次测序，分别获得Read 1和Read 2的测序数据。

Cell Ranger的输入是原始的双端测序的FASTQ文件，因此你应该使用`fastq-dump`命令生成的R1和R2文件，这两个文件包含了双端测序数据的配对读取（read）。

请注意，如果你使用的是单端测序数据，只有一个FASTQ文件，你应该使用该文件进行Cell Ranger分析。但是，对于双端测序数据，你需要提供两个配对的FASTQ文件（R1和R2）作为Cell Ranger的输入。