1080:Human Gene Functions：带权LCS解决基因组最大匹配

题目大意

给两个不同的字符串由A,C,G,T组成，可以给任意字符串填充-符号，求两个字符串匹配结果的最大值：
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思路分析

看到题目比较容易想到dp，不过对于本孱弱而言，推导公式的过程简直不要太艰辛这么菜可咋办啊

其实本身就是lcs问题，我们在任意一点dp[i][j]的情况无非三种（以s1,s2表示输入的字符串，a表示上面的矩阵）

• 直接让s1[i],s2[j]进行匹配，此时的值位dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+a[s1[i]][s2[j]]
• 给s2补上-符号，此时的值应该为dp[i][j]=dp[i-1][j]+a[s1[i]][-]，dp[i-1][j]也就是我们用s1的前i-1个字符和s2的前j个字符进行匹配，那么到dp[i][j]的时候，s2的前j个字符已经用光了，所以此时s1[i]必须和-进行匹配。
• 给s1补上-符号，此时的值应该为dp[i][j]=dp[i][j-1]+a[-][s2[j]]
• 当然不存在-,-匹配的情况，这不是多此一举嘛，用两个-,-只是徒增消耗。
• 取上述三种情况的最大值，不断向下dp就可以了。

同时需要注意第一列和第一行需要初始化，全部视为用-进行匹配来初始化。

#include<iostream>
#include<vector>
#include<algorithm>
#include<cmath>
#include<string>
#include<string.h>
#include<map>
using namespace std;

#define ll int
#define MAX 105

map<char, ll>m;
ll a[5][5] = { 5,-1,-2,-1,-3,-1,5,-3,-2,-4,-2,-3,5,-2,-2,-1,-2,-2,5,-1,-3,-4,-2,-1,0 };
ll dp[MAX][MAX];

int main() {
	m['A'] = 0, m['C'] = 1, m['G'] = 2, m['T'] = 3, m['-'] = 4;
	ll N; cin >> N;
	for (int i = 0; i < N; i++) {
		ll l1, l2; string s1, s2;
		cin >> l1 >> s1 >> l2 >> s2;
		dp[0][0];
		for (int i = 1; i <= l1; i++) dp[i][0] = dp[i - 1][0] + a[m[s1[i - 1]]][m['-']];
		for (int i = 1; i <= l2; i++) dp[0][i] = dp[0][i - 1] + a[m[s2[i - 1]]][m['-']];
		for (int i = 1; i <= l1; i++) {
			for (int j = 1; j <= l2; j++) {
				ll mm = m[s1[i - 1]], nn = m[s2[j - 1]];
				dp[i][j] = max(dp[i - 1][j - 1] + a[mm][nn], max(dp[i - 1][j] + a[mm][4], dp[i][j - 1] + a[4][nn]));
			}
		}
		cout << dp[l1][l2] << endl;
	}
}

既然做到这里了，复习一下lcs吧，两种解法，最简单的，和上述不同，上题不需要分情况，每个位置i,j都是三种情况，只要取最大值即可。而lcs问题是不同的，只有当两个元素匹配的时候，才有dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+1;，否则max(dp[i-1][j],dp[i][j-1])

for(int i=1;i<=n;i++)
{
	for(int j=1;j<=m;j++)
	{
		if(a[i]==b[j]) dp[i][j]=dp[i-1][j-1]+1;
		else dp[i][j]=max(dp[i-1][j],dp[i][j-1]);
	}
} 
 
cout<<dp[n][m]<<endl;

当字符串长度非常长的时候，这样写可能会死掉，我们发现其实lcs每次更新只不过是用到了上一行和左侧的元素，再加上我们可以任选一个字符串作为行的长度，因此是可以优化到$O(min(|s1|,|s2|))$的。如果我们使用一行来做，那么dp[j]在没有改变的时候，其实就是上一行的dp[i-1][j]，而dp[j-1]就是dp[i][j-1]，此时只需要我们每次使用一个变量save保存dp[i-1][j-1]的值即可。

操作方案：
因为我们每次都会将新的结果覆盖到之前的一维数组之上，所以说，我们在进行计算当前的dp[j]的时候，必须提前将我们的$dp[j-1]$(dp[j]的对角线的元素)记录下来（save）,我们最后要计算的就是这么几个情况：

1. 当前匹配：dp[i]=save+1;
2. 当前不匹配：dp[i-1]（刚计算完的）和dp[i]取最大值即可
   所以说，我们这里的最核心的要点就是保存save变量

for(int i=1;i<=la;i++)
		{
			save=dp[0];
			for(int j=1;j<=lb;j++)
			{
				int k=dp[j];   //提取当前值 
				if(a[i]==b[j]) dp[j]=save+1;
				else dp[j]=max(dp[j-1],dp[j]);
				save=k;     //save记录 
			}
		}
		cout<<dp[lb]<<endl;  //注意这里要对应好