【深度学习入门_2】MRI图像的预处理

已于 2023-10-25 10:43:07 修改
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于 2023-10-20 21:56:54 首次发布
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本文探讨了如何将MRI图像的nii格式转换为2D，以及2D和3D分割算法在医学影像中的应用。涉及Pytorch和Unet等深度学习工具在脑部和肝部MRI分割中的实践，以及多模态医学图像数据集的使用。同时介绍了使用SimpleITK进行基础图像操作的方法。

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1.MRI图像切片：nii转成2D

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3.读取nii或nii.gz文件中的信息即输出图像操作

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4.医学分割项目

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【深度学习入门到精通系列】医学图像预处理—CLAHE变换代码
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import cv2 mri_img = cv2.imread('./images/cla.png') lab = cv2.cvtColor(mri_img, cv2.COLOR_BGR2LAB) lab_planes = cv2.split(lab) clahe = cv2.createCLAHE(clipLimit=10,tileGridSize=(8,8)) lab_planes[0] = clahe.apply(lab_planes[0]) lab = cv2.merge(lab_pla
第6篇：深度学习入门——神经网络基础
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加入“Super Entity”，与全能开发团队共探AI智能体与数字人项目，开启前沿技术之旅。
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神经网络是深度学习的基础，广泛应用于各种复杂任务。通过TensorFlow和Keras，我们可以轻松搭建和训练神经网络模型，并通过调整模型结构和参数来优化性能。数据预处理、激活函数选择和正则化是提升模型性能的关键。希望本文的代码示例和注意事项能帮助你更好地理解和应用神经网络。接下来，我们将深入探讨卷积神经网络（CNN）及其在图像识别中的应用。
[3DUNet-MRI图像预处理1]校正偏差域+裁剪patch+归一化
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使用Python进行核磁数据预处理
xhlo521的博客
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随着医学与人工智能技术的快速崛起，伴随算法算力、数据等关键要素的积累和突破，人工智能技术在精准医学领域的科研应用也随之飞快增长，相关科研成果和学术论文数量逐年激增，医学影像人工智能涉及的技术如图像分割、病灶识别、病灶自动勾画、影像组学、深度学习模型构建和临床信息解析越来越趋于分析流程化，模块化，帮助越来越多的医生在临床科研实践中获得突破性的进展。根据具体的应用和数据类型，你可能需要调整或添加额外的步骤。对于更高级的处理，如图像分割或NMR数据的复杂处理，你可能需要查阅更专业的文献或使用更专业的软件工具。
毕业设计一深度学习之MRI数据集预处理（合并，裁剪以及重命名等操作）-附件资源
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System.out.println(“菜鸟的升级之路”）
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目录 一，MRI简介 二，MRI数据集获取 三，MRI数据集预处理 四，实现用Keras来构建基于MRI的网络结构 一，MRI简介 核磁共振成像（英语：NuclearMagneticResonanceImaging，简称NMRI），又称自旋成像（英语：spin imaging），也称磁共振成像（MagneticResonanceImaging，简称MRI），台湾又称磁振造影，...
MRI图像预处理流程
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最近在学习医学影像处理，主要是基于sMRI，记录一下一些预处理过程，希望对一些人有帮助。 首先是ACPC校准： 前连合(anterior commissure, AC)后缘中点 至 后连合(posterior commissure, PC)前缘中点 的连线，又称AC-PC线。脑立体定向手术和X-刀、Y-刀治疗多以此线为准，故脑立体定位断层解剖研究多以此线为基线。 选用的MATLAB下的SPM12工具，在网上找的批处理代码：参考文章——ACPC 看一下效果，原图为： 原始数据 ACPC校准：
MRI数据预处理--使用FSL-BET轻松去头骨，提取脑组织
Tina姐的博客
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许多脑成像分析工作流程中的第一个处理步骤是从颅骨内部提取脑组织。该过程叫 Brain extraction(大脑提取) or skullstripping（颅骨剥离） 机器扫描的图像不仅包含大脑，还包含我们在研究大脑结构和功能时并不真正需要的其他组织（骨骼、皮肤、脂肪、空气）和解剖结构（颈部、上脊髓、眼睛、嘴巴）。 因此，提取与大脑相关的组织，以便我们可以在未来的所有分析步骤中使用它。如用于后续的大脑疾病分类和分割等。 本文中，使用FSL-bet工具提取脑组织 要使用 FSL 执行大脑提取，您可以使用图形
MRI多序列，多中心数据集预处理--使用FSL-Flirt 配准数据
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FLIRT（FMRIB 的线性图像配准工具）是用于线性（仿射）模态内和模态间脑图像配准的全自动稳健且准确的工具。 什么是配准 在这两张图片上，很容易看出它们没有对齐，左边相对右边倾斜，虽然我们人类视觉系统还是能把对应的解剖关系连系在一起，但是我们使用计算机分析时确不能够 因此，我们希望相同的解剖结构对齐，用坐标表示的话，希望他们在相同的坐标上。如下图 对齐这些解剖结构的过程就叫做配准（register） 因此，配准的目的也是使相同的解剖结构在同一个位置，便于分析。可以将CT和MRI配准，看同一结构在两个
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切片_nii_nii.gz切片_nii切片_nii图像切片_mri切片多少钱_
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基于python实现的深度学习磁共振超分辨率图像重建源码.zip
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深度学习图像训练指南：数据质量、数量与增强技巧
qq_17827079的博客
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本博客专为深度学习新手提供关于图像训练数据的全面指南，着重探讨数据质量与数量在深度学习模型训练中的关键作用。文章深入分析数据质量的重要性，探讨不同深度学习模型对高质量数据的需求，并解释数据数量如何影响模型的性能和泛化能力。同时，本文还介绍了实际策略，包括数据增强技术和处理工业数据的局限性，以及学术界、竞赛和商业领域在数据处理上的不同。读者通过本博客将获得对于如何评估、准备和优化训练数据的深入见解，为其深度学习旅程打下坚实基础。
介绍一款 MRI&CT 图像预处理强大工具--FSL
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FSL 是什么？ 全名是： FMRIB’s Software Library FMRIB 是 英国牛津大学脑功能磁共振成像中心，FSL 则是他们开发的一个软件库。 由 Stephen Smith 教授开发，发布于 2000年 适用于所有操作系统 用于结构 MRI、功能 MRI（任务、静息）、扩散 MRI的分析 MRI, CT数据的预处理和分析 MRI, CT数据的查看 具体地，可以分为以下4类功能 1 结构 MRI 配准: linear (FLIRT) & non-linear (FNIRT)
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prefix_warped.nii 是 ori.nii 朝 target.nii配准后的新文件，prefix_inversewarped.nii 是 target.nii 朝 ori.nii配准的新文件。在配置过程中遇到任何问题一般都可以从现有博客中找到解决方案，如果在git clone的时候一直连接不上，可以选择把。ANTs提供了官方示例，具体每个参数是什么含义可以去官方文档查询，无脑使用的话就把对应图像路径换掉就行。先下载一个没有颅骨的模板数据，可以下载ANTs中的。整个下载下来，放到对应目录下就行。
MRI脑影像分析从哲学到技术：一文搞懂VBM预处理基本原理（全网最详细解析）
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   分析大脑解剖学差异最常用方法之一是基于体素的形态学方法（voxel-based morphometry, VBM）。 VBM的基本思想是测量大脑组织，尤其是灰质的局部浓度的差异。在大脑的每个体素处进行操作，然后在两个或多个实验组之间进行统计比较，从而在受调查的组之间建立特定大脑区域中脑组织浓度的统计学显着差异。 VBM分析基于（高分辨率）MRI脑部扫描，涉及大量处理步骤，主要是空间归一化，分割，平滑和统计分析，最终结果是统计图，显示了各组之间组织类型明显不同的区域[^1]。 参考 [^1] ..
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