判断第0 frame下原子间所形成的键随着时间变化，继续存在或者已经改变的情况

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该代码段是用Python进行的原子成键信息分析。首先，它读取一个文件夹中不同帧(frame)下原子的成键信息。接着，利用numpy和numba库处理数据。然后，代码将第0帧的数据与后续帧进行对比，找出键的断裂和持续存在的情况，并将结果分别写入两个不同的文件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

思路：

1.首先在一个文件夹下不同frame下的、该体系内的不同种类的原子的成键信息

2.利用python安装numpy、numba包

3.将第0 frame下的原子成键信息导入到数组中（本例为二维数组）

4. 不同frame中的成键信息与第0 frame进行对比，判断那些键依然存在，那些键随着时间推移已经断裂、不在成键。

5. 将不同frame与第0frame的对比情况（第4步），写入到文件之中

import numpy as np

from numba import jit
import os

# 文件保存路径

path = "E:/MSD/Hbonds/CAOtest/cao"
path1 = "E:/MSD/Hbonds/CAOtest/repeat"
path2 = "E:/MSD/Hbonds/CAOtest/norepeat"
path_list = os.listdir(path)
path_list.sort(key=lambda x: int(x[0:10]))      # 对文件进行排序，确保按照顺序进行读写
# path_list.sort(key=lambda x: int(x.split("_")[1][:-5]))
print(path_list)
# path_list1 = [path_list[i] for i in range(10, len(path_list), 10)]
# 读入第0 frame下的成键情况
datao = np.genfromtxt(os.path.join(path, "0"), dtype=None)  # 将文件中数据加载到data数组里
data0 = np.array(datao.tolist()).astype(int)    # data0为二维数组
Ca0 = data0[:, 0]
O0 = data0[:, 1]
# print(Ca0)
# print(O0)

for filename in path_list:
    data = np.genfromtxt(os.path.join(path, filename), dtype=None)  # 将文件中数据加载到data数组里
    data1 = np.array(data.tolist()).astype(int)

    Ca = data1[:, 0]
    O = data1[:, 1]


    @jit(nopython=True)
    def cao():
        repeat = []
        # norepeat =[]
        for i in range(len(Ca0)):
            for j in range(len(Ca)):
                if Ca0[i] == Ca[j]:
                    if O0[i] == O[j]:
                        repeat.append([Ca0[i], O0[i]])

                if Ca0[i] == O[j]:
                    if O0[i] == Ca[j]:
                        repeat.append([Ca0[i], O0[i]])

        print((len(repeat)))

        return repeat


    t = cao()
    np.savetxt(os.path.join(path1, filename), t)    #将仍然存在的键写入到文件中
    # print(t1)
    t = np.array(t)

    # np.savetxt(os.path.join(path2, filename), np.setdiff1d(t,data0),fmt='%s')
    # print(np.setdiff1d(t,data0))
    norepeat = []
    for i in range(len(data0)):
        if (data0[i]==t).all(1).any():
            continue
        else:
            norepeat.append(data0[i])



    print(len(norepeat))
    np.savetxt(os.path.join(path2,filename),norepeat)  # 将已经改变的、断裂的键写入到文件中