ovito对lammp后处理
dabaicai_520
这个作者很懒,什么都没留下…
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判断第0 frame下原子间所形成的键随着时间变化,继续存在或者已经改变的情况
4. 不同frame中的成键信息与第0 frame进行对比,判断那些键依然存在,那些键随着时间推移已经断裂、不在成键。1.首先在一个文件夹下不同frame下的、该体系内的不同种类的原子的成键信息。5. 将不同frame与第0frame的对比情况(第4步),写入到文件之中。3.将第0 frame下的原子成键信息导入到数组中。2.利用python安装numpy、numba包。原创 2023-05-17 21:39:30 · 188 阅读 · 0 评论 -
利用python ovito中的Createbondsmodifier对导入的体系中的不同种类的原子之间创建化学键,并导出bond topology以及相对应的particle identifier
此外由于lammps导入的dump文件,每一帧下的topology所对应的particle identifier并不唯一,所以要将该frame下的topology换成对应的particle identifier。注意:Topology.A 以及Topology.B不是该frame下对应的particle identifier。如下图所示,若Topology.A == 848,则它对应的Particle identifier == 25。1.预先安装相对应的模块:ovito、numpy、numba。原创 2023-05-17 21:17:08 · 1084 阅读 · 0 评论 -
计算需要的原子对之间的Time-averaged RDF
参考ovito官方网站python中相关部分。原创 2023-03-14 21:00:33 · 247 阅读 · 0 评论 -
利用ovito计算某一方向上(例如x方向)上某一种原子的原子密度
利用ovito计算某一方向上(例如x方向)上某一种原子的原子密度原创 2023-02-05 16:35:46 · 2283 阅读 · 0 评论 -
python ovito模块计算某一类原子的MSD均方位移
此文是关于计算多种原子体系下其中的一种原子的均方位移MSD原创 2023-02-05 16:18:43 · 2587 阅读 · 3 评论