利用VMD计算RDF以及coordination number (lammps)

（1） 文件导入

        一般情况下，单个模型喜欢使用.pdb 文件导入

        对于轨迹文件，利用lammps运行得到的dump.xxx 先改成dump.lammpstrj，然后VMD就会自动识别成为 LAMMPS Trajectory 文件格式。

（导入到VMD中的模型会自动生成键，若要去除，则在命令行窗口输入 topo clearbonds, 然后回车，自动生成的键则会被删除）

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（2）关于Radial Pair Distribution Function g(r) 

        VMD main --> Extensions --> Analysis -->  Radial Pair Distribution Function g(r)，打开是这个样子：

        1) Use Molecule  后面的（none）框，点击选择导入的模型文件或者轨迹文件

        2） Frames 则是选择相应的轨迹帧数，默认为第一帧

        3）Histogram Parameters: delta r为横坐标精度，越小则输出的点的数据越多；max r则是横坐标长度范围。

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 （3) 关于 Selection 部分

        Selection 输入的参数和 VMD main --> Graphics --> Graphic Representations --> Selection 中的一致。（红框中）

        若计算两类原子之间的RDF和coordination number 则在Selection 1、Selection 2中相应的输入相应的原子类型，如下图所示：

 

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  (4) 计算RDF和Coordination number

        点击Compute g(r) ，则对应两个Selection 原子之间的RDF如下图所示：

        若勾选Display Int(g(r) 则相对应的Coordination number即可获得：

        若想要在其他软件作图，勾选save to File,保存至相应的路径即可。

        文件有三列，对应 r, g(r), and the number integral over g(r).

g(r) GUI Plugin, Version 1.3 (uiuc.edu)

径向分布函数求解配位数？ - 第一性原理 (First Principle) - 计算化学公社 (keinsci.com)

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