LAMMPS (23 Jun 2022)/oneapi安装

步骤一：编译LAMMPS

1. 登录E-HPC集群。

登录时，请使用具有sudo权限的用户。具体操作，请参见登录集群。

1. 执行以下命令，下载最新的LAMMPS源码。

   1. 从GitHub下载LAMMPS源码。

git clone -b release https://github.com/lammps/lammps.git mylammps

1. 查看下载的LAMMPS源码文件。

ls -al

预期返回：

...
drwxr-xr-x 15 test users 4096 May 31 16:39 mylammps
...

1. 执行以下命令，加载oneAPI模块。

   1. 将环境变量写入$HOME/.bashrc。

vim $HOME/.bashrc

添加以下内容：

source /opt/intel-oneapi-mpi/oneapi/setvars.sh --force 
source /opt/intel-oneapi-mkl/oneapi/setvars.sh --force 
source /opt/intel-hpckit/oneapi/setvars.sh --force

1. 更新$HOME/.bashrc。

source $HOME/.bashrc

1. 执行以下命令，编译LAMMPS。

   1. 使用2个进程进行编译。

cd /$HOME/mylammps/src
make package-status
make yes-CLASS2
make yes-KSPACE
make yes-RIGID
make yes-MOLECULE
make yes-EXTRA-MOLECULE
make -j 2 intel_cpu_intelmpi

1. 查看当前文件路径下生成的LAMMPS可执行文件。

ll lmp_intel_cpu_intelmpi

预期返回：

-rwxr-xr-x 1 test users 9041824 May 31 16:48 lmp_intel_cpu_intelmpi

1. 执行以下命令，将LAMMPS可执行文件配置为共享命令。

mkdir -p $HOME/bin
mv /$HOME/mylammps/src/lmp_intel_cpu_intelmpi  /$HOME/bin

步骤二：运行LAMMPS

1. 切换到lmp_intel_cpu_intelmpi所在bin目录。

cd /$HOME/bin

1. 执行以下命令创建算例文件，算例文件命名为in.intel.lj。

vim in.intel.lj

内容示例如下：

# 3d Lennard-Jones melt

variable        x index 1
variable        y index 1
variable        z index 1

variable        xx equal 20*$x
variable        yy equal 20*$y
variable        zz equal 20*$z

units           lj
atom_style      atomic

lattice         fcc 0.8442
region          box block 0 ${xx} 0 ${yy} 0 ${zz}
create_box      1 box
create_atoms    1 box
mass            1 1.0

velocity        all create 1.44 87287 loop geom

pair_style      lj/cut 2.5
pair_coeff      1 1 1.0 1.0 2.5

neighbor        0.3 bin
neigh_modify    delay 0 every 20 check no

fix             1 all nve
dump 1 all xyz 100 sample.xyz
run             10000

1. 执行以下命令编写测试脚本，脚本命名为test.pbs。

vim test.pbs

脚本内容如下：

#!/bin/bash
#PBS -N testLmp             #设置作业名称
#PBS -l nodes=2:ppn=2       #向调度器申请2个计算节点，每个计算节点使用两个进程运行该作业 
export I_MPI_HYDRA_BOOTSTRAP=ssh
cd $PBS_O_WORKDIR 
mpirun ./lmp_intel_cpu_intelmpi -in ./in.intel.lj

1. 执行以下命令，提交作业。

qsub test.pbs

预期返回如下，表示生成的作业ID为0.scheduler。

0.scheduler

查看结果

1. 执行以下命令，查看作业状态。

qstat -x 0.scheduler

预期返回如下，当返回信息中S为F时，表示作业已经运行结束。

Job id            Name             User              Time Use S Queue
----------------  ---------------- ----------------  -------- - -----
0.scheduler       test.pbs         test              00:00:00 F workq

1. 执行以下命令，查看日志。

cat log.lammps

预期返回：

...
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 11.75 | 11.75 | 11.75 Mbytes
   Step          Temp          E_pair         E_mol          TotEng         Press     
         0   1.44          -6.7733681      0             -4.6134356     -5.0197073    
     10000   0.69579461    -5.6648333      0             -4.621174       0.7601771    
Loop time of 108.622 on 4 procs for 10000 steps with 32000 atoms

Performance: 39770.920 tau/day, 92.062 timesteps/s
97.0% CPU use with 2 MPI tasks x 2 OpenMP threads

MPI task timing breakdown:
Section |  min time  |  avg time  |  max time  |%varavg| %total
---------------------------------------------------------------
Pair    | 85.42      | 85.632     | 85.844     |   2.3 | 78.83
Neigh   | 13.523     | 13.564     | 13.604     |   1.1 | 12.49
Comm    | 4.4182     | 4.5452     | 4.6722     |   6.0 |  4.18
Output  | 2.1572     | 2.1683     | 2.1793     |   0.7 |  2.00
Modify  | 2.1047     | 2.1398     | 2.175      |   2.4 |  1.97
Other   |            | 0.5734     |            |       |  0.53

Nlocal:          16000 ave       16007 max       15993 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Nghost:          13030 ave       13047 max       13013 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1
Neighs:         600054 ave      604542 max      595567 min
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1

Total # of neighbors = 1200109
Ave neighs/atom = 37.503406
Neighbor list builds = 500
Dangerous builds not checked
Total wall time: 0:01:48