nipype 笔记

nipype 笔记

什么是nipype？

• 功能

  • 提供多种脑影像处理软件的统一接口（SPM, FSL, FreeSurfer, AFNI, ANTS, Camino, MRtrix, MNE, Slicer等）
  • 允许使用任何软件包创建由多个处理步骤组成的工作流
  • 通过并行执行插件来优化计算

• 组成（主要部分）

  • 接口（interfaces）：一个可以调用外部package的模块
  • 工作流（workflow engine）：
    • 节点（Node/MapNode）：包装（wrap）在工作流中调用的接口
    • 工作流（workflow）：连边是数据流的图
  • 执行插件（execution plugins）：描述工作流如何执行

接口

运行code的核心部分

帮助函数 xx.help # xx–>命令

• 解释
• 输入参数
• 输出参数

错误提示

节点

• 以合理的顺序执行多个接口，可以更高效的分析——需要把接口放到节点中。

• 每个节点执行一个确定的函数，包括：
  1、节点名；
  2、接口类别；
  3、至少一个输入数据；
  4、至少一个输出数据。

• 设置节点的基本格式

  nodename = Nodetype(interface_function(), name='labelname')
  # nodename --> python环境中，节点的变量名
  # Nodetype --> 创造的节点类型：Node，MapNode，JoinNode【这几个类型有啥区别？】
  # interface_function -->节点执行的具体函数，可以是用户自定义的，也可以是接口调用的
  # labelname --> 工作流环境中，节点的标签名
  

• 示例

  from nipype.interfaces.fsl import BET
  # Import BET from the FSL interface 
  from nipype import Node
  # Import the Node module
  
  bet = Node(BET(frac=0.3), name='bet_node') 
  # Create Node --> bet是节点名，Node是节点类型，BET是调用的接口函数，name是工作流中的标签名
  
  bet.inputs.in_file = '/data/ds000114/sub-01/ses-test/anat/sub-01_ses-test_T1w.nii.gz'
  bet.inputs.out_file = '/output/node_T1w_bet.nii.gz'
  # Specify node inputs --> 定义输入数据和输出文件名
  
  res = bet.run()
  # 运行并输出结果
  

工作流

• 每一个节点按一定的顺序联系起来（上一个节点的输出作为下一个节点的输入）形成工作流。

• 安排串行和并行，根据每个节点（嵌入了接口）的输入和输出，决定哪些节点是串行的哪些是并行的。

• 对数据进行修改时，不涉及修改的部分会直接输出上个run的结果，可以节省计算时间

• workflow中可以嵌入sub-workflow

• 示例：创建一个simple workflow

  from nipype import Node, Workflow
  from nipype.interfaces import fsl
  # Import Node and Workflow object and FSL interface
  from os.path import abspath
  
  in_file = abspath("/data/ds000114/sub-01/ses-test/anat/sub-01_ses-test_T1w.nii.gz")
  # 此处使用绝对路径，与工作流base文件夹路径设置有关 For reasons that will later become clear, it's important to