R语言基于ggpubr包绘制棒棒糖图

棒棒糖图有些类似我们传统的柱状图，由一根线条和一个圆形组成，比传统柱状图能表达更多信息。特别是在分类数目比较多的时候，如基因表达等，棒棒糖图更能很好的展示数据。今天我们使用R语言ggpubr包来绘制棒棒糖图，ggpubr包为ggplot的增强包，据说这是个为SCI而生的包，可以绘制出许多非常专业的SCI绘图，而已自带了很多期刊的配色方案，能做出编辑都称赞的图和配色，今后的我们将一一介绍。

今天，我们继续使用之前的肉类数据（关注公众号回复：肉类数据可以获得该数据），在既往文章中，我们已经对该数据进行了K均值聚类分析，我们以分析后的数据来绘制棒棒糖图。
先导入数据

library(ggpubr)
library(reshape)
bc<-read.csv("E:/r/test/roulei1.csv",sep=',',header=TRUE)
head(bc)
names(bc)

数据有5个参数，energy代表食物能量（卡路里），protein蛋白质，fat脂肪，calcium钙含量，iron铁含量，x1,是编号，x是是各种肉的名字，我就不一一解释，kmeans1.cluster是上次我们进行的一个肉类分类，我们把肉类分成了3类。

导入数据后，我们要对数据进行一下稍微的整理，先给部分列改个名字，kmeans1.cluster要转换成因子变量，不然后面没法弄。

bc<- rename(bc,c(X.1= "id",X="name",kmeans1.cluster="kind")) 
bc$kind<-factor(bc$kind)

整理好数据后（如上图）就可以开始作图了，假如我们想知道肉类之间的能量关系，以name和energy来作图
先来一个最基础的

ggdotchart(bc, x = "name", y ="energy",
           ggtheme = theme_bw())

然后可以进行分组表示，也有叫这个为克利夫兰点图，相对于棒棒糖图就是没有竖线，其中代码rotate = T为竖直方向，改为F就是水平方向

ggdotchart(bc, x = "name", y = "energy",
           group = "kind", color = "kind",
           palette =c('#999999','#E69F00','#56B4E9'),
           rotate = T,                                    #更改方向
           sorting = "descending",
           ggtheme = theme_bw(),
           )

进一步添加竖条和修改图形，palette为修改颜色

ggdotchart(bc, x = "name", y = "energy",
           color = "kind",                                # 按照kind填充颜色
           palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), # 修改颜色
           sorting = "ascending",                        #升序排列
           add = "segments",                             # 添加线条
           ggtheme = theme_pubr(),                        # 主题名称
           xlab="")

如果不想自己修改颜色，R包给自带多种期刊配色方案，palette =进行选择就可以了，注意选择了配色方案后，自行改颜色的代码就要去掉，不然会配色冲突

ggdotchart(bc, x = "name", y = "energy",
           color = "kind", size = 3,
           add = "segment",
           add.params = list(color = "lightgray", size = 1.5),   #修改线条参数
           position = position_dodge(0.3),                      #调整位置
           palette = "jco",                                     #使用内部自带的调色板
           ggtheme = theme_pubclean())

还可以给修改圆圈的大小和给竖线标上数字，这样更加清晰明了

ggdotchart(bc, x = "name", y = "energy",
           color = "kind", size = 6,
           palette = c("#00AFBB", "#E7B800", "#FC4E07"), # 修改颜色
           add = "segment",
           add.params = list(color = "lightgray", size = 1.5),   #修改线条参数
           position = position_dodge(0.3),                      #调整位置
           label = round(bc$id),                              #添加数字
           font.label = list(color = "white", size = 9, 
                             vjust = 0.5),               # 设置label参数
           ggtheme = theme_pubclean())