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我写的R包
文章平均质量分 76
介绍我自己写的R包相关
天桥下的卖艺者
4个R包的编写者。发布关于SPSS、R语言、stata等相关科研的文章。今后的方向聚焦于:1.机器学习和深度学习 2.各种模型算法研究 3.各种科研图形绘制 4.R语言编程和R包编写 5.数据挖掘
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我写的全部R包和函数,持续更新中
最开始写了逻辑回归和线性回归的,后面又写了cox回归的。用于nhanes数据(复杂调查数据)的一键生存交互效应表(P for interaction)这个函数写了2套,相乘的模型。目前据我所知,目前尚未有专门的nhanes数据匹配的函数或者R包,应粉丝的要求,开发了svypm2函数,目前只能做2组分类的倾向评分匹配,3组分类的倾向评分匹配的还要等一等。应很多的粉丝的要求,编写了新版本的亚组交互函数(P for interaction),支持多个亚组参照比较,此函数还在进一步升级中。目前最新是2.0版本。原创 2024-08-19 11:12:58 · 689 阅读 · 0 评论 -
首发,nhanes数据(复杂调查数据)倾向性评分匹配函数(PSM)svypm2发布
目前据我所知,目前尚未有专门的nhanes数据匹配的函数或者R包,应粉丝的要求,开发了svypm2函数,目前只能做2组分类的倾向评分匹配,3组分类的倾向评分匹配的还要等一等。给大家多一种选择,仅此而已。最后我总结一下,所谓匹配,就是找到相似的数据,因此协变量越多的话你的卡钳应该尽量的小,因此匹配得到的数据也会比卡钳大的数据小。这里我解释一下参数,data是你的数据,x是你需要进行分组匹配的变量,Y是你研究的结局变量,必须是分二类变量,covs是你要调整的协变量,design这里填入咱们的调查函数。原创 2024-08-13 09:09:27 · 628 阅读 · 0 评论 -
NHANES数据(复杂调查数据)亚组交互函数2.2版(P for interaction)发布---用于一键生成交互效应表
我来解释一下data是数据,必须数据框形式,x是你研究的目标变量,y是你的结局变量,Interaction是你的分层变量,这个必须是分类变量并转成因子,cov是你的协变量,在我的设定中cov是要包含Interaction的,这也符合我们的习惯,但是你也可以使用contain=F把它关掉。本次发布的2.2函数版本,构架变动挺大的,除了修正了前面版本的一些小问题,之前1.6版本的结果和手动验证还是有点差别,新版本改进了算法,并且增加了线性回归的森林图绘制,下面我来演示一下。先来个X是连续变量Y是分类变量的。原创 2024-07-31 09:53:51 · 733 阅读 · 0 评论 -
新版亚组交互效应函数(P for interaction)newscitb5 1.3版本发布--用于一键生成交互效应表
什么是亚组,通常就是特殊类型人群,比如男女,种族等,就是说你的数据放入特殊人群中结果还可靠吗?在第二个表格进行了另外一种方式对数据的处理,等于是把数据分层了8个亚组,女性Q1组,女性Q2组,女性Q3组,女性Q4组,男性Q1组,男性Q2组,男性Q3组,男性Q4组,以女性女性Q1组为参考,其他数据和它进行了参考。生成数据,data就是你的数据,x就是你研究的变量,y就是你的结局变量,结局变量必须是分类变量,Interaction就是你的分层变量,cov就是你的协变量,family="glm"这里是固定的。原创 2024-07-09 09:39:51 · 1101 阅读 · 0 评论 -
ggrcs包4.0版本发布—重新对密度图宽度进行了设计
目前本人写的ggrcs包新的4.0版本已经在CRAN上线,目前支持逻辑回归(logistic回归)、cox回归和多元线性回归。第二个就是线性回归中因为宽度问题导致绘图不美观的问题,使用我的臭氧数据来演示这个情况(公众号回复:臭氧数据,可以获得这个数据)第一个是有柱子在负轴的问题,既往偶有柱子在负轴的问题,我用一个粉丝的数据来演示一下,代码不解释了,可以看我既往的文章。绘制出的这个图不怎么美观是因为宽度没有控制好,新版本对宽度重新进行自动计算后,还是原来的代码。需要的可以使用代码安装。原创 2024-07-05 09:12:11 · 456 阅读 · 0 评论 -
关于目前ggrcs包的报错解决方案
我查看了一下,目前报错来源于新版本后的RMS包,主要是预测函数的报错,这个只能等R包作者来修复这个错误。目前需要急用的话,我提供了一个方案,请看下面视频操作。目前有不少粉丝私信我说使用ggrcs包出现如下错误。关于目前ggrcs包的报错解决方案。原创 2024-06-10 09:25:52 · 1853 阅读 · 9 评论 -
NHANES数据(复杂调查数据)COX回归亚组交互函数1.8尝鲜版(P for interaction)发布
在SCI文章中,交互效应表格(通常是表五)能为文章锦上添花,增加文章的信服力,增加结果的可信程度,还能进行数据挖掘。我来解释一下data是数据,必须数据框形式,x是你研究的目标变量,y是你的结局变量,Interaction是你的分层变量,这个必须是分类变量并转成因子,cov是你的协变量。可以看到DMDMARTL=0的时候,HR是0.99,P值是0.203,DMDMARTL=1的时候HR是1.01,P值是0.141,和咱们算出来是非常接近的,所以可靠性是没有问题的。下面我来介绍一下,咱们先导入数据。原创 2024-06-07 09:05:31 · 1199 阅读 · 0 评论 -
ggscidca包2.3版本发布, 10分钟让你成为决策曲线高手
age表示年龄,pathsize表示病理肿瘤大小(厘米),lnpos表示腋窝淋巴结阳性,histgrad表示病理组织学等级,er表示雌激素受体状态,pr表示孕激素受体状态,status结局事件是否死亡,pathscat表示病理肿瘤大小类别(分组变量),ln_yesno表示是否有淋巴结肿大,time是生存时间,后面的agec是我们自己设定的,不用管它。值得注意的是,如果是多个时间点的决策曲线,时间的个数和模型的个数还有数据的个数必须一致,因为是一个个的对应跑模型的,下面我来示范一个错误的。原创 2024-05-29 09:14:51 · 1089 阅读 · 0 评论 -
R语言使用 ggscidca包优雅的绘制支持向量机决策曲线
数据变量很多,我解释几个我等下要用的,HBP:是否发生高血压,结局指标,AGE:年龄,是我们的协变量,BMI肥胖指数,FEV1肺活量指标,WEIGHT体重,“SBP”,“DBP”:收缩压和舒张压。进行分析前还需对数据进行预处理,如果你是多分类的,并且数据差异大,可以使用分层抽样,尽量是数据匹配一下,方法详见我既往文章《R语言两种方法实现随机分层抽样》,我这里是二分类,我就不弄了。最后向大家汇报一下,多模型的决策曲线和混合模型的决策曲线已经写好,下周上传,到时我再出个视频介绍一下。定义一个标准化的小程序。原创 2024-05-17 09:23:11 · 503 阅读 · 0 评论 -
scitb5函数2.1版本(交互效应函数P for interaction)发布----用于一键生成交互效应表、森林图
数据解释如下:low 是否是小于2500g早产低体重儿,age 母亲的年龄,lwt 末次月经体重,race 种族,smoke 孕期抽烟,ptl 早产史(计数),ht 有高血压病史,ui 子宫过敏,ftv 早孕时看医生的次数,bwt 新生儿体重数值。加下来说一个包含的问题,在既往函数中,我要求协变量COV是要包含分层变量,不然就会报错,但也有些粉丝说这样有时候不够灵活,新版本中这个包含规则也是可以关掉的,我重新设置一下协变量h额分层。生成结果,这里的Y是连续变量,所以是线性回归。导入我们的早产数据和函数。原创 2024-05-08 11:51:57 · 814 阅读 · 0 评论 -
生存分析亚组交互函数scitb5.coxph 1.6尝鲜版(P for interaction)发布----用于一键生成交互效应表、森林图
然后一句话代码就可以生成表格,data是你的数据,必须是数据框形式,x是你研究的目标变量,y是你的结局变量,time是你的时间变量,Interaction是你的分层变量,这个必须是分类变量并转成因子,cov是你的协变量,family="cox"这个是固定的。Cox回归也是可以一键生成森林图的,既往森林图黑色我觉得有点单调,改成蓝色了。加下来说一个包含的问题,在既往函数中,我要求协变量COV是要包含分层变量,不然就会报错,但也有些粉丝说这样有时候不够灵活,新版本中这个包含规则也是可以关掉的,比如以下情况。原创 2024-05-07 09:04:27 · 827 阅读 · 1 评论 -
R语言使用 ggscidca包优雅的绘制竞争风险模型决策曲线
对于不同的结果, ggscidca包的结果是根据决策曲线发明者大佬AndrewVickers博士提供的stdca.R函数生成结果的,stdca.R函数其实是可以进行竞争风险模型分析的,但是stdca.R单独生成结果有点小问题(其实不算问题,应该认知不同),我稍微修改了一点,让它更易于分析竞争风险模型(核心代码没有动),我反复比对了stdca.R的代码原理和数据生成的结果,认为没有错,那只能是dcurves包错了。这步不做就没法分析,你原先就是0,1,2形式的不用改,直接下一步就行。原创 2024-04-03 09:09:16 · 1043 阅读 · 0 评论 -
R语言使用 ggscidca包优雅的绘制随机森林决策曲线
DCA(Decision Curve Analysis)临床决策曲线是一种用于评价诊断模型诊断准确性的方法,在2006年由AndrewVickers博士创建,我们通常判断一个疾病喜欢使用ROC曲线的AUC值来判定模型的准确性,但ROC曲线通常是通过特异度和敏感度来评价,实际临床中我们还应该考虑,假阳性和假阴性对病人带来的影响,因此在DCA曲线中引入了阈概率和净获益的概念。应粉丝的要求在,在新版本ggscidca包添加了虚线功能,你可以在阈值的两点添加虚线,加上线条也是可以的,线条还可以改颜色,线型和大小。原创 2024-03-20 09:09:31 · 638 阅读 · 2 评论 -
NHANES数据(复杂调查数据)亚组交互函数1.7(P for interaction)发布-纠正了目前的一个问题
大家好,有粉丝私信我说NHANES数据(复杂调查数据)亚组交互函数1.版本交互函数有点问题,我查看了一下,有个代码调用失效了。就是下面这个,本来我是这样调用数据的。应该是由于R版本或者survy包升级后导致这个调用代码失效了,导致了调查数据没有加权,给您带来不便敬请见谅。原创 2024-03-08 11:42:44 · 497 阅读 · 0 评论 -
首发ggscidca包,来来来---绘制个不一样的决策曲线,让你审稿人眼前一亮
上图这个图形我考虑过ggplot2包的多个函数,如geom_bar,geom_raster,geom_col等,其中geom_col本来最满意,可以绘制出渐变风格的区域条形图,但是geom_col不好嵌入字体(应该是我技术水平还不够,以后水平高了再重新写一下),后面刚好看到其他博主使用geom_rect来复现这个图片,复现得还挺不错的,后面就参考了一部分他的方法,geom_rect主要的有点是灵活多变,可以应对不同的情况。生成图形后,如果你想对这个条形图进行调整,也是可以的,要关注函数生成的2行信息。原创 2024-03-05 09:08:08 · 1135 阅读 · 0 评论 -
ggrcs包3.8版本发布—增加了密度曲线,X轴截断和字体设定
本次主要增加了3个内容,1是增加了单组的密度曲线图,2是增加了X轴的截断和限制功能3是增加了字体的设置功能。这个图目前只能做单组,因为双组的话rms包会把两个数据重组分布,然后经过从新缩放,双组的话两个密度曲线会叠加一起,这个涉及到了绘图的核心逻辑,目前没什么好办法。绘制成这个样子主要是因为数据不是正态分布,分布范围太广了,除了改成单纯RCS曲线,咱们可以改成密度曲线。除了字体,字的大小也可以改的,这里分为刻度的字体和标签的字体都可以调整。下面我来演示一下,先导入数据和R包,直接使用R包自带的吸烟数据。原创 2024-02-19 09:05:34 · 889 阅读 · 10 评论 -
R语言阈值效应函数cut.tab2.0版发布(支持线性回归、逻辑回归、cox回归,自定义拐点)
在既往我们在文章《cox回归RCS阈值效应函数cut.tab1.3发布》发布了自写的阈值效应函数1.3版本,反应还不错,不过1.3版本只能支持cox回归,本次发布了新的2.0版本,支持线性回归、逻辑回归、cox回归, 还有自定义拐点功能。泊松回归还不支持,目前正在开发中。接下来使用cuttab函数生成拐点数据,这里注意一下,新版本和旧版本不同的是这里是cph生成生存模型,cuttab重点是没有点这个符号的。接下来咱们还要建一个新的fit1和原来的fit稍微有点不一样的,这个是没有rcs函数的。原创 2024-02-05 11:28:24 · 2411 阅读 · 3 评论 -
代码+视频,PM3包进行3组倾向评分匹配并绘制smd图
在观察研究中,由于种种原因,数据偏差(bias)和混杂变量(confounding variable)较多,倾向评分匹配的方法正是为了减少这些偏差和混杂变量的影响,以便对实验组和对照组进行更合理的比较。我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。目前,本人写的第二个R包pm3包的1.8版本已经正式在CRAN上线,用于3组倾向评分匹配,只能3组不能多也不能少。原创 2024-01-29 09:54:25 · 654 阅读 · 0 评论 -
代码+视频--NHANES数据(复杂调查数据)亚组交互函数1.6尝鲜版(P for interaction)发布---用于一键生成交互效应表
在SCI文章中,交互效应表格(通常是表五)能为文章锦上添花,增加文章的信服力,增加结果的可信程度,还能进行数据挖掘。什么是亚组,通常就是特殊类型人群,比如男女,种族等,就是说你的数据放入特殊人群中结果还可靠吗?在既往文章《NHANES数据(复杂调查数据)亚组交互函数1.4尝鲜版(P for interaction)发布—用于一键生成交互效应表》中,咱们发布了svy.scitb5函数,反响还不错,基本没啥大问题,有个小问题是下载到的NHANES数据需要整理一下,不能直接拿来分析,比如像这种带连接符的数据。原创 2024-01-16 10:40:41 · 1607 阅读 · 3 评论 -
代码+视频,手把手教你R语言使用scitb包绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差图
我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。绘制倾向性评分匹配后的标准化平均差(Standardized mean difference SMD)可视化图,vars这里填入你所有的基线资料的变量,Unmatchdata这里填入未匹配前的数据,matchdata这里填入匹配后的数据。我们需要先看一下这个数据的基线情况,先要定义全部变量,分类变量,分层变量。原创 2024-01-03 08:34:33 · 2162 阅读 · 2 评论 -
代码+视频,手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析
ggrcs包用于绘制限制立方样条图,目前ggrcs包已经升级到3.5版本了,本人出一个规范的教程和视频,包含有代码,供大家参考。代码+视频,手把手教你R语言ggrcs包绘制限制立方样条图+阈值效应分析。原创 2023-12-28 09:20:41 · 2501 阅读 · 11 评论 -
scitb包1.6版本发布,一个为制作专业统计表格而生的R包
数据解释如下:low 是否是小于2500g早产低体重儿,age 母亲的年龄,lwt 末次月经体重,race 种族,smoke 孕期抽烟,ptl 早产史(计数),ht 有高血压病史,ui 子宫过敏,ftv 早孕时看医生的次数,bwt 新生儿体重数值。假设咱们想race为研究目标,因为它是分类变量,咱们最好把它转成因子,因为scitb包有一定对数据类型的判定能力,如果你的分类变量类别大于5个,而你不转成因子的话,它可能自动判定为连续变量,处理方式不一样的,所以这里最好自己设定一下。可以使用以下代码安装。原创 2023-12-07 08:45:32 · 843 阅读 · 0 评论 -
scitb包1.5版本发布—增加了统计值的结果和自动判断数据是否正态分布的功能
scitb包1.5版本修正了上个版本的一些小错误,根据粉丝的建议,增加了两个新功能,一个是返回了统计值的结果,因为咱们国内的论文投稿的时候经常需要上报一些卡方值,F值等什么的,其实scitb包计算的时候已经生成这个值了,只是没有列出来,这次增加了这个功能,还有一个是增加了自动判断数据是否是正态分布,然后根据是否是正态分布返回相应的结果,如果不是正态分布的话返回的是中位数和四分位数表示,P值也是使用秩和检验计算出来。我们可以看到前两个不是正态分布,而bwt是明显的正态分布,算得还是比较准的。原创 2023-11-10 09:08:11 · 498 阅读 · 0 评论 -
ggrcs包3.5版本发布—增加了大家喜闻乐见的P for overall和主题色彩定制
这次更新据上次有一段时间了,这次的改版主要增加了两个内容,一是增加了一些曲线色彩代培主题,有大佬说我的曲线色彩太单调了,不是红就是绿,没有高级感,这次我也花了点时间研究了下色彩搭配,设置了5个色彩搭配风格,增加了更加多的调整参数,二是应粉丝要求,增加了P for overall的结果输出,我还是挺听劝的。我把柱子的透明度增加了,这样看起来淡一点,颜色没有这么浓了,是不是高级感突出了一点。我也增加了调节透明度的参数histalpha这个是用来调节柱子透明度的,linealpha这个是用来调节线条透明度的。原创 2023-11-08 09:19:23 · 937 阅读 · 10 评论 -
首发scitb包,一个为制作统计表格而生的R包
有时候我在想已经有tableone包这么优秀的基线表R包了,我还需要费劲再写一个吗?假设咱们想race为研究目标,因为它是分类变量,咱们最好把它转成因子,因为scitb包有一定对数据类型的判定能力,如果你的分类变量类别大于5个,而你不转成因子的话,它可能自动判定为连续变量,处理方式不一样的,所以这里最好自己设定一下。对比两个结果,一模一样,所以大家可以完全放心,我可没有抄袭tableone包,虽然结果一样,但是我们的算法构架完全不一样的,它是使用lapply()函数来跑结果的,而我是使用for循环的。原创 2023-11-03 09:53:59 · 1237 阅读 · 0 评论 -
scitb5函数1.7版本(交互效应函数P for interaction)发布----用于一键生成交互效应表、森林图
在既往文章《scitb5函数1.6版本(交互效应函数P for interaction)发布----用于一键生成交互效应表》中,我发布了本人编写的scitb5函数1.6版本,反应还不错,没有发现很大的问题,本期发布最新的1.7版本scitb5函数,1.7版本修复了1.6版本的一些小问题,最主要的一个是当结果变量Y是连续变量时,生成的表格应该是β而不是OR,虽然结果没错,但是列名没有改,1.7版本修复了这个问题。导入我们的早产数据,这里提一下,把数据转成CSV格式,按我的方法导入,可以减少R报错。原创 2023-10-16 11:32:33 · 528 阅读 · 0 评论 -
pm3包1.8版本发布----一个用于3组倾向性评分的R包
1.8版本修正了前面版本的一些错误,主要修正了两个问题:1是1.4版本的X变量如果是数字的话必须是1,2,3 ,1.8版本对变量进行了重编码,只要X是3分类就行,字符变量或者数字都可以,不在对数字有要求。我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。OK,新版本改动其实在构架来说还是蛮大的,但是做起来应该更简单了,如果有什么问题或建议,欢迎你来告诉我。原创 2023-06-12 10:40:15 · 1073 阅读 · 14 评论 -
scitb5函数1.6版本(交互效应函数P for interaction)尝鲜版发布----用于一键生成交互效应表
生成表,和1.4版本一样data是你的数据,必须是数据框形式,x是你研究的目标变量,y是你的结局变量,Interaction是你的分层变量,这个必须是分类变量并转成因子,cov是你的协变量,在我的设定中cov是要包含Interaction的,这也符合我们的习惯。数据解释如下:low 是否是小于2500g早产低体重儿,age 母亲的年龄,lwt 末次月经体重,race 种族,smoke 孕期抽烟,ptl 早产史(计数),ht 有高血压病史,ui 子宫过敏,ftv 早孕时看医生的次数,bwt 新生儿体重数值。原创 2023-06-01 09:56:57 · 1139 阅读 · 3 评论 -
scitb5函数1.4版本(交互效应函数P for interaction)发布----用于一键生成交互效应表
scitb5函数我来解释一下data就是你的数据,必须是数据框形式,x是你的目标变量,目前必须是连续变量,y是你的结局变量,Interaction输入:交互变量,cov输入:协变量,family定义你的模型,逻辑回归就定义为logit。接下来我们就是要定义交互也就是分层变量,cov1表示在你模型出现的协变量,Interaction表示你要交互也就是分层的变量,我在函数中设定交互变量必须包含在协变量中,不然会报错。所以说,如果你的数据不多,分层变量中分为太多类型,会导致建模失败,不能进行分类。原创 2023-05-12 13:23:18 · 1130 阅读 · 2 评论 -
ggrcs包2.9版本发布----增加了绘制单独rcs曲线(限制立方样条)的singlercs函数
部分粉丝私信给我说并不需要直方图这个密度函数,期望能出一个单独画rcs的函数,因此在2.9版本增加了singlercs函数,single就是单独单纯的意思,就是单纯画RCS,画法基本和ggrcs一样,就是没有直方图和左轴。逻辑回归和线性回归的做法也是一样的,值得一提的是,因为不需要画密度图,singlercs函数画线性回归的rcs比ggrcs画得好,如果使用ggrcs做线性回归rcs曲线不理想,可以考虑一下使用singlercs函数。这样也是挺方便的把,还方便您对线条的样式进行修改,灵活机动。原创 2023-04-18 09:21:00 · 3274 阅读 · 22 评论 -
R语言dlnm包在时间序列数据的分布滞后线性和非线性模型的应用(1)
Crossbasis函数我来解释一下,第一个参数x是用来指定矢量序列的,这里填入bc$pm10,lag这里表示的是滞后天数,填入15天,argvar and arglag这两个函数会把数据传递给一个onebasis的函数,生成预测的矩阵,这里假设pm10对结局的影响是线性的,使用fun=“lin”,后面采用多项式函数fun=“poly”,自由度设置为4。滞后曲线表示在某一天PM10增加10 µgr/m 3后,未来每一天的风险增加,或者说是过去每一天的PM10增加对某一天的风险的贡献。原创 2023-03-21 17:59:42 · 4426 阅读 · 8 评论 -
pm3包1.4版本发布----一个用于3组倾向性评分的R包
我们这里是race,y是你要比较的结局变量,covs是协变量的意思,填入你模型模型中的协变量,也就是你要匹配的基线指标,包括连续的和分类的,factor填入变量后会把你数据中的分类变量转成因子,CALIP是卡钳的意思,不填的话默认是0.5.下面我继续以R包自带的早产数据来演示一下,先导入R包和数据。我们的回顾性研究都是过去的数据,很难像RCT一样进行严格的筛选出两组患者基线相近的基础资料,但我们可以通过倾向评分匹配把回归性的数据进行筛选,把基线资料相近的患者进行匹配,得到近似RCT的效果。原创 2023-03-17 10:07:44 · 957 阅读 · 2 评论 -
首发,pm3包,一个用于多组(3组)倾向评分匹配的R包
这句代码我来解释一下,因为我们是靠逻辑回归模型生成评分的,所以要定义一个回归模型的变量:data就是你的数据,x就是你要比较的变量,我们这里是race,y是你要比较的结局变量,covs是协变量的意思,填入你模型模型中的协变量,包括连续的和分类的,这里是"age",“lwt”,“ptl”,最后factor是定义你数据中的分类变量,这里有个小问题,factor你要是没有可以不填,填的话最少要填两个,不然会报错,这个问题在后期版本修正。原创 2023-03-04 10:41:57 · 3869 阅读 · 20 评论 -
ggrcs包2.8版本发布—处理了画面细节,增加了修改标签功能
目前本人写的ggrcs包新的2.8版本已经在CRAN上线,目前支持逻辑回归(logistic回归)、cox回归和多元线性回归。2.8版本对双组做图细节做了进一步处理,增加了修改标签功能。图片的质量明显明显高于原来,有网友问左边的group的标签可以修改吗?除此之外,也增加了修改边框颜色功能,让你的图形更加有个性,这里我们改成黄色边框。,新功能修正了一些双组变量绘图的细节,增加了修改变量名称的标签。这样就可以升级到最新版本了,新版本,既往的功能我就不介绍了。先导入R包和数据,这里使用R包自带的吸烟数据。原创 2023-03-02 15:27:18 · 564 阅读 · 0 评论 -
ggrcs包2.6版本已经上线,增加了绘制多元线性回归RCS(限制立方样条图)模块
数据中有七个变量,ozon每日臭氧水平为结局变量,Inversion base height(ibh)反转基准高度,Pressure gradient (mm Hg) 压力梯度(mm Hg),Visibility (miles) 能见度(英里),Temperature (degrees F) 温度(华氏度),Day of the year日期,vh我也不知道是什么,反正就是一参数,这里所有的变量都是连续的。OK,演示完毕,其他操作同前两个模型一样,我就不演示了,有兴趣的可以看我的既往文章。原创 2022-12-01 10:51:44 · 1709 阅读 · 1 评论 -
ggrcs 包2.4绘制RCS(限制立方样条图)实际操作演示(1)
第一个问题非常好处理,这个问题是RMS包的报错,主要是数据格式必须是data.frame,不是这个格式容易报错,我们导入数据的时候最好以csv格式读入,这个格式比较稳定,不容易出错,如果你是其他格式导入的,可以使用as.data.frame()把它进行强制转换就可以了,在后面的版本中我也会对它进行强制转换。造成这个原因是数据造成的,这个不是正态分布,而是泊松分布,分布过于集中所致,我们只要对它的x变量取个对数,转换一下,让它变成正态分布,从新做图,变成如下。对x变量取对数以后,做图如下(代码就不贴了)原创 2022-11-28 09:01:44 · 2079 阅读 · 2 评论 -
ggplot在直方图上添加核密度图及关于ggrcs包绘制直方图的说明
近期一些朋友私信我说使用ggrcs包绘制不出来直方图,或者绘制得很难看,怀疑直方图密度图绘图代码是错误的,本来这个问题我不想回答的,但是问的人多了,还是说一说把。由于密度曲线的Y值很小(曲线下的面积总和为1),如果你把它叠加在直方图上,几乎看不到它。画双坐标轴图稍微复杂一点,使用到数据等比例转换,但是原理就是上图的基础代码。曲线下的面积总和为1),如果你把它叠加到直方图上,几乎看不出来。ggrcs包绘制直方图的代码为,就是使用核密度来表示直方图,QQ群已经满人了,加不进去的各位抱歉了。原创 2022-10-27 17:38:18 · 1668 阅读 · 0 评论 -
ggrcs包2.4版本上线: 一个用于绘制直方图+限制立方样条+双坐标轴图的R包
细节都差不多,想详细了解请看文章《首发: ggrcs包,一个用于绘制直方图+限制立方样条+双坐标轴图的R包》,如果你对结果不放心,想了解绘图原理,请看文章《R语言ggplot绘制直方图+限制立方样条+双坐标轴图》。这样就可以升级到最新版本了,新版本修正了一些前期的错误和增加了一些新功能,如绘制双组分类的RCS图形,增加了P值的自动生成,待我一一道来。可以进行一些细节的设置,详细的可以看我上一遍文章《首发:ggrcs包,一个用于绘制直方图+限制立方样条+双坐标轴图的R包》,这里主要讲下新功能。原创 2022-09-06 11:22:25 · 2457 阅读 · 0 评论 -
首发: ggrcs包,一个用于绘制直方图+限制立方样条+双坐标轴图的R包
Fit就是你的模型,目前只支持cox回归和logistic回归,因为依托于RMS包的rcs函数支持,所以模型的格式是lrm和cph,等下我会演示怎么操作。Histbinwidth直方图宽度,默认是0.8,histcol直方图颜色,默认是绿色,linetype:RCS的线型,linesize:RCS的线条大小,忘记加入调整线颜色的函数了,后期改进。Ribalpha:可信区间透明度,ribcol可信区间颜色,默认是红色,xlab,ylabX轴和Y轴的标签,title标题。柱子很稀疏,不够美观,增加柱子宽度。..原创 2022-08-16 09:37:32 · 4008 阅读 · 17 评论