安装R语言扩展包diveRsity-1

最新推荐文章于 2024-04-21 12:55:44 发布
最新推荐文章于 2024-04-21 12:55:44 发布
阅读量1.5k 收藏
点赞数
文章标签： r语言 嵌入式 markdown
原文链接：http://www.cnblogs.com/pxy7896/p/6033241.html
版权
本文介绍了如何在R语言中安装diveRsity扩展包，详细列举了依赖包的安装过程，并探讨了Shannon多样性指数的计算方法，包括设置工作路径、读取文件、转换数据格式以及使用vegan包中的diversity函数进行计算。
摘要由CSDN通过智能技术生成

 

今天去了学院的运动会呢～扮熊本熊超开心～写完这篇我补上我的图么么哒

××××××××××××文末高能预警！！！！！这个包的安装并不是本周的任务！！！！！我真是萌萌哒××××××××××××××

×××××××××××××××××××××××××××我是熊本分割线××××××××××××××××××××××××××××××××××××××××

安装diveRsity:

好吧，回看官网，说的是

那么。。那几个包都要装了啊。。

Rcpp直接装，

ggplot2需要装digest，gtable，MASS，plyr，reshape2（stringr(stringi，magritti)），scales(RColorBrewer，dichromat，munsell(colorspace)，labelling)

shiny需要装<

最低0.47元/天 解锁文章
dengleize6745
关注
LLM - 理解 多模态大语言模型(MLLM) 的 指令微调(Instruction-Tuning) 与相关技术 (四)
Mystra
09-14 1008
预训练(Pre-Training) 是 对齐不同模态和学习多模态的世界知识。指令(Instruction) 就是对于任务的描述，指令微调，教会模型更好地，理解用户的指令，并且完成所需的任务。通过这种方式调优，大语言模型(LLM) 可以通过跟随新的指令，泛化到未见过的任务，从而提高 零样本(Zero-Shot) 性能。
【NLP】第 1 章 语言处理和 Python
sikh_0529的博客
09-24 8375
现在您只需键入一个简短的名称，而不是一行或多行完整的 Python 代码，您可以随意重复使用它。. 下载器上的Collections选项卡显示了包是如何分组到集合中的，您应该选择标有book的行以获取本书中示例和练习所需的所有数据。尽管文本是随机的，但它重用了源文本中的常用单词和短语，并让我们对其风格和内容有所了解。是单词的形式或拼写，与它在文本中的具体出现无关——也就是说，单词被认为是词汇中的一个独特项目。您可以生成该图，如下所示。在下一章中，您将学习如何访问更广泛的文本，包括英语以外的其他语言的文本。
Diversity
03-14
Diversity
R语言入门：vegan包diversity()、simpson.unb()、fisher.alpha()、specnumber函数
泥木的博客
04-16 2193
Shannon, Simpson, and Fisher diversity indices and species richness. 3、参数解释 3.1 diversity() 3.2 simpson.unb()3.3 fisher.alpha()代码来自于：[Package vegan version 2.6-4 Index]，在Rstudio中可找到这个代码。这里对生态数据集BCI进行了一系列生物多样性分析，并进行了一些统计计算和绘图，以了解不同栖息地之间的物种多样性和差异。 Run e
FDiversity Manual.pdf
12-19
FDiversity为功能多样性计算软件，上传资料为该软件英文使用说明手册。该软件依赖于R语言环境，与R软件绑定后才可使用，该软件的安装过程较为负责，国内相关研究人员对它的掌握较少。
R语言中常用的生物多样性指数的计算（Alpha,Beta,Gamma,功能多样性,系统发育多样性）
热门推荐
weixin_45803246的博客
04-14 2万+
library(vegan) ##加载群落数据分析常用的包 data(BCI) ##vegan包中自带的群落数据 shannon <- diversity(BCI,MARGIN = 1) ## Shannon 多样性指数， MARGIN=1 计算行的多样性 ，一般的群落数据表行名为样方名，列名为物种名 index默认为“shannon” simpson <- diversity(BCI,index = “simpson”,MARGIN = 1) ## Simpson多样性指数 SR
用R做群落α、β多样性分析
qq_35823062的博客
03-06 2万+
做完抽平以后就是我们最关心的多样性分析，其实所有过程都能在qiime2里面做。但是，当我们只看群落中某一科的多样性变化时，我发现qiime2就不再那么灵活。 α多样性是指一个特定区域或生态系统内的多样性，是反映丰富度和均匀度的综合指标。 α多样性主要与两个因素有关：一是种类数目，即丰富度；二是多样性，群落中个体分配上的均匀性。α多样性主要关注局域均匀生境下的物种数目，因此对它的分析也是最直观。平时在分析多样性时，通常是先分析α多样性，如果没有显著差异，我们在分析β多样性，或者将二者结合分析。 ###α
【mantel test R 语言实现】
weixin_46587777的博客
04-21 2715
左边4个点表示4个分组，注意：点虽然只有一个，但表示的是矩阵数据！右边每个理化因子之间做相关性热图，颜色表示相关系数在通过manlel test，将左边矩阵与每个理化因子相关联注意：左边可以是一个大矩阵，也可以采用某些方法划分成若干小矩阵中间连线部分的宽窄和颜色分别代表r的统计量和显著性p值1.如果你有三个物种的数据和环境理化因子数据，你想知道哪些理化因子分别对三个物种影响最大？（当然也不一定要物种数据，可以换成其它）2.探索不同环境中的酶活性与理化因子间的关系。
用R语言做β多样性分析但是不用betapart包
05-05
1. 安装vegan包 ```R install.packages("vegan") ``` 2. 载入数据 假设你已经有了一个物种丰富度矩阵，可以使用以下代码读取它： ```R data <- read.csv("data.csv", header=TRUE, row.names=1) ``` 3. 计算β...
formality软件使用教程
weixin_43755290的博客
03-25 1万+
（参考：https://mp.weixin.qq.com/s/XznSbJBlAdZvtAIpyzajAA） 一、formality简介 在现在的数字集成电路设计流程中，有很多步骤都需要进行验证。随着数字集成电路的规模、复杂度，以及在验证过程中需要的仿真矢量的不断增加，用传统的仿真器进行验证越来越成为整个设计过程中的瓶颈之所在。 所谓形式验证，就是通过比较两个设计在逻辑功能上是否等同的方法来验证电...
R语言并行计算 deviation of null beta diversity（beta多样性零偏差）
微生物生态学分析
02-07 3822
群落构建分析是微生物生态学分析的重要组成部分，成为目前文章发表的热点技术。之前我们介绍了计算beta-NTI（beta nearest taxon index）来进行群落构建分析。|beta-NTI| >2说明决定性过程主导，其中beta-NTI >2说明OTU的遗传距离发散，为生物交互作用主导，beta-NTI < -2则说明OUT的遗传距离收敛为环境选择主导。|beta-NTI|
R语言社区发现算法检测心理学复杂网络：spinglass、探索性图分析walktrap算法与可视化
大数据部落
12-08 1420
原文链接:http://tecdat.cn/?p=24613 原文出处：拓端数据部落公众号 我们在心理学网络论文中看到的一个问题是，作者有时会对其数据的可视化进行过度解释。这尤其涉及到图形的布局和节点的位置，例如：网络中的节点是否聚集在某些社区。 下面我将详细讨论这个问题，并提供一个关于如何识别网络中项目社群的基本R教程。非常欢迎在下面的评论部分提出反馈。 节点部署和 Fruchterman-Reingold 算法 我们创建一个例子。首先，我们拿一些数据，估计一个正则化的偏相关网络，其..
R语言计算生物多样性指数
weixin_44128257的博客
03-10 1万+
R语言计算生物多样性指数 计算生物多样性 rm(list = ls()) setwd("D:/R Working Directory"） getwd() library(readxl) library(vegan) library(reshape2) fyzw <- read_excel("C:/Users/Administrator/Desktop/LQ20200104.xlsx", ...
r语言中出现unused argument怎么办
weixin_42598278的博客
01-04 1万+
如果在使用 R 语言时出现 "unused argument" 的错误提示，通常是因为在调用函数时传入了多余的参数。为了解决这个问题，你需要检查你的代码，确保你只传入了函数所需的参数。 例如，如果你调用的函数只有两个参数，但你却传入了三个参数，那么 R 会报出 "unused argument" 的错误提示。在这种情况下，你需要检查你的代码，确保只传入了两个参数。 如果你仍然无法解决问题，可以尝试...
R计算功能多样性— functional diversity (FD)
rainforestist的博客
07-03 1万+
一般植物功能特征被划分为3类：一是植物形态特征, 包括生长型、生活型、植株高度等；二是植物生殖特征,包括传粉方式、扩散方式、种子重量等；三是植物生理特征, 如植物固氮能力等[30]. 为研究中包括的每个物种创建一个定性和/或定量性状的矩阵；使用R中的FD包来计算你选择的性状的种间Gower距离。Gower距离矩阵可用于绘制树状图，描述物种间的相似性/不相似性，然后你可以使用R中的FD或BAT或其他软件包，以类似于计算系统发育多样性（PD）的方式，总结连接每个物种库中的物种的分支长度。 参考：https://
alpha多样性计算
weixin_42480153的博客
08-26 5947
library(picante) alpha <- function(x, tree = NULL, base = exp(1)) { est <- estimateR(x) Richness <- est[1, ] Chao1 <- est[2, ] ACE <- est[4, ] Shannon <- diversity(x, index = 'shannon', base = base) Simpson <- diversity(...
给你的R语言再次提速
医学和生信笔记的博客
08-08 822
包的作者是一位人类遗传学的博士生，需要处理的数据都是量级非常大的，但是作者非常喜欢用R语言，众所周知，R语言很慢！所以作者才开发了这个包解决自己的实际需求！R包bigstatsr提供了大规模矩阵数据进行快速统计分析的函数。主要是使用了FBM（filebacked big matrices）和内存映射（memory-mapping）技术。不光是生物信息学的数据，其他的类似数据都可以使用这个包进行处理哦！注意：此包的多数算法都不能处理缺失值！...
2021.07.17【R语言】丨扩增子课程学习——α多样性简介
07-17 6034
目录α多样性简介R语言的安装R依赖包及需要命令数据导入数据导入注意事项数据塑形Alpha多样性指数的计算-计算和储存数据可视化可视化-数据导入可视化-数据塑形（合并）可视化-箱线图可视化-添加字母显著性标记可视化-图片的修饰可视化-图片保存总结 α多样性简介 α多样性描述的是样本内的多样性，主要有两个维度 种类数量（丰富度） 种类数量的均匀度 种类数量越多，种类间的分布越均衡，α多样性指数越高 Observed species指数：指样本中实际测定得到的OTU数量，亨利OTU丰富度指数 chaol指数：预测
hill diversity number 在R语言中急么计算和可视化
最新发布
10-09
Hill多样性指数（Hill numbers）是一种生态学统计量，用于衡量物种多样性和丰富度。在R语言中，我们可以使用vegan包来计算和可视化这些指标。vegan库提供了一系列函数来处理物种数据集，并分析多样性。 1. 计算Hill指数： - `diversity()` 函数可以计算多种多样性指数，包括Shannon-Wiener指数（通常表示为`H`）和Simpson多样性指数等。例如，对于一个名为`species_table`的数据框，其中包含物种名称和它们在样地的频数，你可以这样做： ```R library(vegan) H <- diversity(species_table, index="shannon") ``` 2. 可视化多样性： - 使用`plot()`或`hexbin()`函数可以创建多样性地图或热力图，展示样地之间的多样性差异。比如，绘制Shannon多样性与某个环境变量的关系： ```R plot(H$H, species_table$environment_variable, xlab="Shannon Index", ylab="Environment Variable") ``` 或者使用`vegdist()`对样地进行距离矩阵计算后，再用`dendrogram()`创建分类树（Dendrogram）： ```R distance_matrix <- vegdist(species_table, method = "bray") dend <- as.dendrogram(hclust(distance_matrix)) plot(dend) ```
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值