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黑符石笔记集

整理十余年来技术汇总,包括各种坑和自我的创想。

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原创 【翻译】人脸表情识别工具包,附个人总结:AFFDEX SDK: A Cross-Platform RealTime Multi-Face Expression Recognition Toolkit

脸部是最丰富的表达渠道之一。它既传达情感,又传达社交信号。面部动作编码系统(Facial Action Coding System, FACS)[3]是面部行为编码最全面、使用最广泛的客观分类法。面部动作单元 (AU) 是面部表情的组成部分。手动编码FACS非常费力和耗时。此外,对于任何实时或扩展的应用程序来说,这是不切实际的。过去,由于训练数据的可用性有限,面部表情的自动编码系统受到限制。使用类似于[6]的基于Web的框架,我们收集了数十万人的视频。

2024-05-23 19:47:52 873

原创 【跳坑日记】暴力解决Ubuntu SSH报错: Failed to start OpenBSD Secure Shell server

服务器环境:Ubuntu 20.04。Ubuntu SSH无法连接,报错:Failed to start OpenBSD Secure Shell server。暴力解决方案。

2024-05-23 16:00:56 2444

原创 【技术笔记】Ubuntu下VirtualBox不能识别USB解决办法(手把手解决)

解决Ubuntu中VirtualBox无法选择USB的问题。

2024-04-07 19:30:40 972

翻译 【深度学习】多模态生理数据评估飞行员状态文章

使用多模态深度学习网络对飞行员的心理状态进行分类检测飞行员多样化心理状态的自动化系统是一项极其重要和必不可少的技术,它可以防止飞行员认知状态降低导致的灾难性事故。各种类型的生物信号被用于开发该系统,因为它们伴随着与精神状态转变相对应的神经生理变化。在这项研究中,我们旨在研究基于多模态生物信号(即脑电图、心电图、呼吸和皮电活动)和多模态深度学习(MDL)网络的飞行员精神状态(即分心、工作负荷、疲劳和正常)的鲁棒检测系统的可行性。为此,我们首先利用飞行模拟器构建实验环境,以诱导不同的心理状态并收集生物信号。

2023-12-17 21:21:41 878 1

原创 【生物医学】应激(应激反应)全身适应综合征

整理了应激反应的发生机制脑图,供大家使用。

2023-08-08 17:54:22 249

原创 【快速开始】一个简单的Flask-SocketIO应用,完成后端推送消息接收与关闭

这是一个 Flask-SocketIO 基础程序,通过网络通信来控制推送服务开闭,从而来判断是否需要接收后端推送消息。

2023-07-05 18:33:25 1717

原创 【AI论文】Transformers in Time Series: A Survey

最近由于Transformer在深度学习方面的创新和其在自然语言处理、计算机视觉、语音处理和其他学科方面优秀的性能,为其带来了极大的关注。在过去的几年里,许多Transformer的变体已经被提出,以显著地推进各种任务的最先进的性能。有相当多来自不同方面的文献综述,包括NLP应用、CV应用、高性能Transformer以及Attention模型等。Transformer在连续数据中的随机依赖和交互方面显示出了强大的建模能力,以这种方式对时序数据建模应该很合适。

2023-03-28 18:44:26 1315

原创 【多模态AI】关于数据 OSF 多模态分心数据集介绍

该数据集包含多个68个被试,88套数据在四种不同条件下驾驶同一条高速公路的数据。

2023-03-28 18:36:48 252

原创 【AI探索】我问了ChatGPT几个终极问题

如果自动化达到一定程度,人类在不需要工作的情况下可以保证衣食无忧,那个时候需要做的是什么?你对人类所涉及到的学科有了解吗?你认为在哪些方面与人类是相当或者超过人类的了?有没有什么你感兴趣的问题?你认为OpenAI或者微软公司会把你带到什么方向去?你有哪些好奇的地方吗?你是在持续学习的吗?你认为人类面对AI当务之急应该做的有哪些?你认为AI会对人类产生哪些方面的影响?你认为有哪些工作是可以交给你来做?你认为利用AI有什么好的创业方向?你认为学习的本质是什么?你认为教育的本质是什么?人类为什么需要工作?

2023-03-24 15:37:36 5738 2

原创 【技术笔记】anaconda、pip常见国内源绑定

anaconda、pip常见国内源绑定。

2023-03-03 17:09:07 91

翻译 【深度学习】AMDET文章翻译及个人感悟

情感计算是人工智能的一个重要子领域,随着脑机接口技术的快速发展,基于脑电图信号的情感识别得到了广泛的关注。尽管有大量的深度学习方法,但有效地探索脑电图数据中的多维信息仍然是一个巨大的挑战。在本文中,我们提出了一种基于注意的多维脑电Transformer(AMDET),该模型可以利用多维全局注意机制利用脑电数据频谱时空特征之间的互补性。我们将原始脑电图数据转换为三维时间-频谱-空间表示,然后AMDET使用频谱-空间转换编码器层提取脑电图信号的有效特征,集中于具有时间注意层的关键时间帧。

2023-03-03 13:56:07 620 2

原创 【笔试总结】经典二分查找

通过Java实现经典二分查找。

2023-02-15 16:20:17 69

原创 【快速开始】vuejs环境搭建&第一个项目

本篇包含vuejs环境安装以及通过vue客户端快速创建运行第一个项目。包含:一、安装nodejs;二、配置国内源加速;三、安装vue客户端;四、创建第一个应用。

2023-02-02 17:21:30 359

原创 【跳坑日记】CentOS 5.x 添加NTFS支持

前情提要在开发过程中会发现很多老版本的Linux 系统对于文件系统的支持性不太好,例如本文提及的CentOS 5.x 的版本。在网上搜罗了一些相关文章和资源,因为系统版本久远,因此很多资源比较难找,另外找到的CSDN资源又存在费用较高的情况,因此在这分享一下本人找到的资源以及添加CentOS支持的过程。处理过程Step1:下载NTFS支持包首先,感谢aburrido同学的文章【centos 5.6 挂载ntfs】,其中提到了如何找到相关文件系统支持包以及如何挂载NTFS支持,只是文中所提及的URL已

2021-07-06 11:50:51 110

原创 【安装系列】Ubuntu 16.04/Ubuntu 18.04安装MetaPhlAn 3.0

开始介绍安装之前,先说一下,本文是基于Linux系统Ubuntu 16.04 和Ubuntu 18.04 两个版本为基础进行的,因此还烦请大家对号入座。另外,关于安装方案本文将介绍两种,分别是**在线安装和本地安装**(主要是说依赖数据库的在线和本地下载后安装),其中在线安装方案简单但是需要访问国外网址(访问不太稳定),本地安装步骤稍微复杂但是基本不用考虑网络问题。OK,下面开始安装。在线安装Step1:安装conda环境已安装Anaconda的同学请自行跳过该小节。关于conda安装,本人推

2021-07-05 19:40:37 895 3

原创 【创业笔记】读奇绩创坛《如何评估你的创业想法?》

三大块问题解决方案洞察与见解1、问题1.1、当前要做的事情是在解决受众什么痛点??考虑六因素:受众广度增长空间是否紧迫解决难度(成本)政策法规使用频次1.2、行为公式行为 = 动机 + 能力 + 触发点2、解决方案SISP (Solution in search of a problem) ,个人解释:从问题中找解决方案3、洞察与见解时刻考虑怎样建立优势,拓展优势,具体包括五方面:1、创始人(专家否?专利否?稀缺否?);2、增长率是否足够高;

2021-06-12 15:34:51 170

原创 【技术笔记】Ubuntu 18.04 安装 mariadb 10.4 笔记

1. 前提说明:首先介绍一下安装环境以及mariadb说明:系统版本为Ubuntu 18.04 64位桌面版本【亲测64位Ubuntu 16.04 服务器版本同样可用】,不过本人是通过命令行,利用apt 进行安装的,因此不同环境的同学请依据自己系统情况及要求版本进行变更,附录部分尽量列出不同版本另外,本笔记基本依据【官方指导手册】进行,因此可靠性基本可以得到保证OK,闲话少说,开始安装。2. 安装步骤:2.1 添加 apt 支持添加添加apt支持秘钥:curl -sS https

2021-03-09 15:35:51 964 2

原创 【技术笔记】利用Selenium构建服务器无界面爬虫

说在前面在日常爬虫代码中,我们可以将各大云厂商购买到廉价服务器用来做分发爬虫任务。在一些反爬虫比较厉害的网站,我们一般可以选用Selenium来进行网站爬取。因为它模拟的就是我们平时在浏览器上的操作过程。但是这将会存在一个问题,Selenium 依赖的是具有图形界面的操作,而我们在云平台购买的服务器一般都没有图形界面的(预装Windows系统的除外)。那有没有让它在后台就可以运行的办法呢。答案是有的。下面就介绍一种常见的后台通过Selenium完成爬虫操作的过程。1:安装浏览器(Google Chr

2020-12-24 19:24:36 914 11

原创 【技术笔记】给neo4j节点加索引

为对应的节点属性加上索引,语句如下:create index on:Disease(name);create index on:Symptom(name);create index on:Department(name);create index on:Examination(name);create index on:Drug(name);create index on:Operation(name);create index on:Part(name);create index on:T

2020-12-21 17:33:28 967

原创 【技术笔记】Python调用neo4j接口实现数据操作

在知识图谱工作处理中,难免会接触到图数据库,而neo4j在这个领域排名领先的厂商,因此在这里整理一些自己在工作中常见的数据处理函数。此处主要针对Python开发语言的同仁们。

2020-12-16 14:06:25 1231

原创 【技术笔记】neo4j 数据导入导出

最近频繁使用neo4j,提纯数据等操作。在此记录一下常见命令之neo4j数据导入。注明一下:本人系统采用Linux系统,版本是Ubuntu 16.04/18.04,neo4j版本:社区版 3.5.16/3.5.19。另外注明的是本人也不是在线备份,因此可以暂时关闭服务。请需要具备实时性的同学自行忽略此博文。OK,环境说明完毕,以下是具体导出导入步骤:首先,也是导入导出共同的部分就是需要先停止neo4j服务,具体命令如下:sudo neo4j stop1. 导出以下是导出命令:# 此处请.

2020-12-16 10:05:16 3477

原创 【生物医学】读《肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展》整理关于宏基因组的图谱

最近研究关于宏基因组肠道菌群与妊娠期糖尿病相关的项目,找到《肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展》,以下是个人整理的关于阅读此文的知识图谱,与大家分享。文章处于2018年,可能在某些方面又有了新的进展,后续读到更新论文再行修改。或者大家发现更新内容也可提醒小编,在此谢过!...

2020-11-26 18:33:50 207

原创 【生物医学】蛋白数据库UniProt综述及结构图谱

本文主要分享蛋白数据库UniProt的基本综述的图谱,包含数据库的基本介绍以及组成部分两大块内容,方便大家对这个库能够快速了解。图谱来源主要出自博客【全球蛋白资源数据库UniProt】一文,在此表示感谢。关于本图谱,请从此【传送门】进入下载。...

2020-10-27 17:30:54 2414

原创 【安装系列】Ubuntu 16.04 安装 neo4j 3.5+版本

本博文在于分享如何在 Ubuntu 16.04 系统中通过命令行安装 neo4j 社区版软件,并完成基本操作(例如启动、修改基本配置等)。

2020-09-16 20:36:21 985

原创 【医学影像】MRI检查技术之:脊柱与脊髓

最近参考了鼎湖影像的公众号文章,以下为本人根据文章整理的MR影像技术应用在脊柱与脊髓的知识图谱,主要包含五个部分:颈椎颈丛、臂丛神经根胸椎腰椎骶尾椎图谱如图:后续有时间将追加对应的影像信息等相关知识以及其他部分为的相关知识,欢迎指正。参考鼎湖影像公众号文章:MRI检查技术专家共识 | 脊柱及脊髓...

2020-08-05 16:39:40 1067

原创 【安装系列】Tensorflow 生态环境各种框架兼容性汇总

Tensorflow 与 GPU CUDA cuDNN 版本兼容性一览官方网址:https://tensorflow.google.cn/install/source当前版本支持一览:Tensorflow 与 Keras 兼容性一览网址:https://docs.floydhub.com/guides/environments/当前版本支持一览:...

2020-07-17 23:42:48 430

原创 【安装系列】Tensorflow 2 环境搭建(Ubuntu 16.04)

文档说明:本文根据【官方文档】结合自身实践而成,针对常见安装步骤略有删减(主要是官方会考虑各种安装环境,本文主要限定在Ubuntu 16.04)。系统要求Python 3.5-3.7;pip 19.0 或更高版本(需要 manylinux2010 支持);Ubuntu 16.04 或更高版本(64 位)/ Windows 7 或更高版本(64 位)(仅支持 Python 3);GPU 支持需要使用支持 CUDA® 的显卡(适用于 Ubuntu 和 Windows),Tensorflow2 NVI

2020-06-04 23:29:02 784

原创 Neo4j 常见问题汇总

neo4j数据库最大支持多少个节点,多少条边?目前累积统计它有34.4亿个节点,344亿的关系,和6870亿条属性。neo4j数据库支持的最复杂的连接是什么?(比如每个节点都与其他任何一个节点相连)可以从上面的数字得出理论的极限:它基本上就产生了262144节点和34359607296的关系图。我们从来没有见过这种使用情况。在数据库中,读/写性能跟节点/边的数量有关吗?这个问题...

2020-04-29 16:02:29 2660 5

原创 【生物医学】关于石蜡切片的处理流程

记录学习石蜡切片学习笔记:石蜡切片常见于病理学切片中,在此梳理以下其操作流程,后续跟进其他相关知识。

2020-04-08 14:07:26 560

原创 【生物医学】关于生物医疗网站NCBI所包含内容汇总

以下是关于NCBI网站结构的分解以及翻译,Mark以下。

2020-04-01 15:54:14 511

原创 【自然语言处理】自然语言处理常见预处理词典问题汇总【持续更新】

在自然语言处理中常见的工作就是词汇的提取,以下是本人在海量生物医疗英文数据中提取的处理经验,在解析统计完词频之后存在高频与低频词情况,在此总结如下图所示:标题...

2020-04-01 15:48:48 367

原创 【跳坑日记】Ubuntu 16.04安装 Ruby2.7.0遇到的坑:cannot load such file -- openssl (LoadError)

出错描述运行环境操作系统:Ubuntu 16.04 64位Ruby版本:2.7.0错误描述通过源码安装Ruby 2.7.0版本时报错,内容:ruby-2.7.0/lib/rubygems/core_ext/kernel_require.rb:92:in 'require': cannot load such file -- openssl (LoadError)处理过程前情提要...

2020-01-10 20:43:39 9741 1

翻译 【深度学习】BioBERT文章翻译及个人感悟

本文主要通过阅读BioBERT论文(该论文主要借助BERT以及生物医疗相关数据完成与训练得到超过BERT模型的结果)翻译,一方面学习论文内容(因本人热衷与生物医疗领域),另一方面与大家分享一下学习心得。

2020-01-10 02:04:23 11574 8

原创 torch one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operation

训练Pytorch编写网络时,程序总爆出如下错误:RuntimeError: one of the variables needed for gradient computation has been modified by an inplace operation: [torch.FloatTensor [8, 5]], which is output 0 of LogsumexpBackw...

2019-12-21 01:01:01 816

原创 【读书笔记】《程序员的数学》第二章:逻辑——是判断,是集合,也是算无遗漏的思维

闲言碎语逻辑表达式在程序员眼里是再常见不过的了。除了正常的业务逻辑处理之外,还有各种异常需要我们去捕获。当然,能够尽量做到考虑所有可能情况是自然要满足的。也就应对了本书逻辑这一章节着重提出的“兼顾完整性和排他性”。当然,要做到这些,有各种数学表达方式和图像法来辅助我们完善程序的健壮性。那么下面针对具体的图表以及表达式做具体总结。关键内容图示表达方式关于逻辑的表达方式主要可以通过逻辑表达式...

2019-10-01 00:27:32 302

原创 【读书笔记】《程序员的数学》第一章:0的故事

闲言碎语关于0的意义,起初最早理解是作为占位符号使用以及“无”的一种抽象表达。另外就是因计算机中0和1常用来作为开关被二进制使用。在阅读完本章节之后,更加加深了一些关于0,或者说数字的认知。具体表现在做按位计算模块以及指数计算推算模块。下面对章节做一下几点汇总笔记:1. 进制及转换其实在计算机领域,对于十进制、二进制、十六进制这些名词是再熟悉不过的,其中的推算方法也都已经烂熟于心了。在此笔记...

2019-09-25 23:10:03 482

多模态生理数据预测状态-飞行员

对应文章https://blog.csdn.net/devshilei/article/details/135049559中的图片以及logo

2023-12-17

多模态生理数据预测飞行员状态

原文:Classification of pilots’ mental states using a multimodal deep learning network 主要介绍了如何采集并通过多模态生理(脑电EEG、心电ECG、皮电EDA、呼吸)数据对飞行员负荷、疲劳与分心类别进行分类的步骤。包含了实验设计,数据采集与处理,网络选择以及Baseline介绍,以及最终训练效果。

2023-12-17

经典算法- 贝叶斯定理(中文维基)

【经典算法】- 贝叶斯定理(中文维基)。常见关于概率方面的经典算法。开创了贝叶斯学派。

2023-02-15

biopython学习文档

biopython框架英文学习文档,适合做生物研究方面学习使用。

2023-02-15

维基百科:核糖核酸【中文版】

定义核糖核酸(RNA),以及其分子结构,组成、合成与修饰、分类等内容。

2021-06-12

维基百科:核糖【中文版】

核糖定义及其分子结构

2021-06-12

维基百科:1型糖尿病(中文版)

定义什么是1型糖尿病以及病因、诊断、预防、治疗和管理等内容。

2021-06-12

微生物扩增子数据库.xmind

1、整理的关于微生物扩增子方面的数据库,包括常用的Silva、GreenGene、RDP以及ITS库UNITE; 2、抗体、病原体相关数据库。

2021-05-08

维基百科:16S_核糖体RNA.pdf

维基百科关于16S RNA的中文解释,因维基百科被和谐,在此分享。

2021-03-29

维基百科:FASTQ格式

来自维基百科中文版本的FASTQ文件格式介绍。由于维基百科被和谐了,特在此分享。

2021-03-22

宏基因组 metagenome_知识图谱.xmind

本图谱根据《肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展》一文进行整理,主要有宏基因组的介绍、肠道菌群分类、功能以及应用层面介绍了关于如何通过检测发现肠道菌群与糖尿病、妊娠糖尿病以及肥胖和免疫之间的关系。不过对于庞大的宏基因组而言只此也仅为冰山一角,因此后续将不断迭代更新。欢迎下载及提意见。

2020-11-26

肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展(标注版本).pdf

本资源提供的是基于北大一秦胜堂与杨慧霞老师编写的《肠道菌群与妊娠期糖尿病相关性的研究进展》进行标注的版本。

2020-11-26

UniProt综述.xmind

本资源主要介绍蛋白数据库UniPort的基本内容,包括基本介绍与数据库组成部分及其介绍两大块内容,欢迎下载传播。

2020-10-27

VCF Variant call file 突变识别文件.xmind

介绍了vcf包含的主要的9大元素以及各个元素的意思,包括【CHROM,POS,ID,REF,ALT,QUAL,FILTER,INFO,FORMAT】。

2020-09-25

蛋白组学技术.xmind

整理蛋白组学包含的知识点及技术,包括全蛋白组与修饰蛋白组包含的标记策略以及常用数据库、定量软件以及分析策略等。

2020-09-25

石蜡切片知识点总结.xmind

总结病理学常见的石蜡切片相关知识结构,目前包括石蜡切片操作流程(重点包括各个步骤使用试剂以及化学反应相关的图例等),后续补充其他知识图谱内容。

2020-04-08

NCBI网站结构说明图.xmind

该资源对照网址https://blog.csdn.net/devshilei/article/details/105247898,主要包含NCBI网站结构所包含的各个模块资源介绍的知识图谱文件。

2020-04-02

DICOM-RT 协议在 AI 集成中的价值.pdf

Dicom RT Struct 标准解读与案例分享,介绍深度学习、图像处理算法之后医学影像回传至PACS或者以标准化保存目标物体、分割等信息的文档方案。

2019-08-09

空空如也

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