【安装系列】Ubuntu 16.04/Ubuntu 18.04安装MetaPhlAn 3.0

开始介绍安装之前，先说一下，本文是基于Linux系统Ubuntu 16.04 和Ubuntu 18.04 两个版本为基础进行的，因此还烦请大家对号入座。

另外，关于安装方案本文将介绍两种，分别是在线安装和本地安装（主要是说依赖数据库的在线和本地下载后安装），其中在线安装方案简单但是需要访问国外网址（访问不太稳定），本地安装步骤稍微复杂但是基本不用考虑网络问题。

OK，下面开始安装。

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在线安装

Step1：安装conda环境

已安装Anaconda的同学请自行跳过该小节。

关于conda安装，本人推荐安装集成了python环境以及各大软件库的Anaconda，这也是业界比较常见的安装方案。主要是简单省事还不易出错。

这里提供国内常见的Anaconda清华源下载地址：【清华源-Anaconda-传送门】，筒子们选择版本自行下载。本人安装的是【Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh】版本。

下载后添加执行权限chmod +x Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh

然后通过执行命令bash Anaconda3-2019.10-Linux-x86_64.sh即可进入安装，具体步骤就不赘述了，请参考【梦dancing的文章Ubuntu18.04 安装 Anaconda3】

Step2：添加bioconda通道

添加bioconda通道，便于从此通道下载及安装MetaPhlAn 3.0：

conda config --add channels bioconda

Step3：利用bioconda安装MetaPhlAn 3.0

执行如下命令行，将会安装MetaPhlAn 3.0：

conda install -c bioconda metaphlan

Step4：安装MetaPhlAn 3.0依赖数据库

执行安装命令metaphlan --install，此时会在线下载依赖数据库文件【mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.tar】

执行结果如下图所示：

当屏幕出现“The database is installed”时则表示安装完成。需要测试使用效果可以参考文末【测试MetaPhlAn 3.0】。

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本地安装

关于本地安装，前面三个步骤均与在线安装一致，因此 step1-2 请参看【在线安装】

Step3: 通过pip安装MetaPhlAn 3.0

执行如下命令行，将会在当前python环境中安装MetaPhlAn 3.0

pip install metaphlan

安装之后，可以通过pip show metaphlan查看当前安装的版本，类似如下图所示图片，此时表示MetaPhlAn 3.0基础包安装完成。

Step4：下载并拷贝MetaPhlAn 3.0依赖数据库到安装目录

官方下载MetaPhlAn 3.0依赖数据库比较慢，因此此处本人提供了百度网盘下载地址，大家自行获取：

百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1t1Ch7L8HwiWDwRvrW6NH-g

提取码: adej

在上一步中可以看到Location内容为MetaPhlAn 3.0的安装位置，将当前下载的依赖数据库文件拷贝到 MetaPhlAn 3.0的metaphlan/metaphlan_databases目录下【对应上一步的全路径为 /home/devshilei/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases】。

拷贝命令如下：

cp mpa_v30_CHOCOPhlAn_201901.tar /home/devshilei/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/metaphlan/metaphlan_databases

然后执行安装命令metaphlan --install。

当屏幕出现“The database is installed”时则表示安装完成。需要测试使用效果可以参考下面的【测试MetaPhlAn 3.0】。

测试MetaPhlAn 3.0

Step1：下载测试文件

在此，提供了百度网盘的链接，用者自取：

百度网盘链接: https://pan.baidu.com/s/1AydfwzvEVd0ZQYbgiRSfxw

提取码: j9gc

Step2：执行测试脚本

进入下载上一步文件目录，执行如下命令：

metaphlan SRS014476-Supragingival_plaque.fasta.gz --input_type fasta > SRS014476-Supragingival_plaque_profile.txt

当看到类似如下图所示内容，则表示MetaPhlAn 3.0以及安装完成并且可以正常运行。

OK，至此MetaPhlAn 3.0就安装完成了，祝你使用顺利。

接下来将会编写详细的MetaPhlAn 3.0详细的参数说明以及可视化效果。敬请期待。

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