dibiao4034-CSDN博客

转载献给初学者：常用的细胞凋亡检测方法

http://paper.dxy.cn/article/513299转载于:https://www.cnblogs.com/zkkaka/p/10019818.html

2018-11-26 13:32:00 139

转载 Picard报错“MAPQ should be 0 for unmapped read”的解决方法

picard对bwa生成的sam文件进行reorder时，报错如下：Getting Help Exception in thread "main" htsjdk.samtools. SAM Format Exception: Error parsing text SAM file. MAPQ should be 0 for unmapped read.; File B2.sam; L...

2016-12-22 16:52:00 637

转载 samtools常用命令详解

samtools的说明文档：http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍1. viewview命令的主要功能是：将sam文件转换成bam文件；然后对bam文件进行各种操作，比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对bam文...

2016-12-12 10:29:00 345

转载群体结构图形三剑客——PCA图

重测序便宜了，群体的测序和分析也多了起来。群体结构分析，是重测序最常见的分析内容。群体结构分析应用十分广泛，首先其本身是群体进化关系分析里面最基础的分析内容，其次在进行GWAS分析的时候，本身也需要使用PCA或structure分析的结果作为协变量，来校正群体结构对关联分析带来的假阳性。我们之所以冠以 “群体结构三剑客”的称呼，那是因为这三张图（或者说三项分析）几乎总是在一篇文章中一起出...

2016-12-11 23:02:00 2597

转载 SAM/BAM文件处理

当测序得到的fastq文件map到基因组之后，我们通常会得到一个sam或者bam为扩展名的文件。SAM的全称是sequence alignment/map format。而BAM就是SAM的二进制文件(B取自binary)。那么SAM文件的格式是什么样子的呢？如果你想真实地了解SAM文件，可以查看它的说明文档。SAM由头文件和map结果组成。头文件由一行行以@起始的注释构成。而map结...

2016-12-11 19:46:00 508

转载【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因发表期刊杂志：nature biotechnology影响因子：41.514发表时间：2...

2016-12-09 15:25:00 1093

转载【GWAS文献解读】疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析

英文名：Genetic architecture of artemisinin-resistant Plasmodium falciparum中文名：疟原虫青蒿素抗药性的全基因组关联分析期刊：Nature Genetics影响因子：29.352一、研究背景以青蒿素为主的联合疗法一直以来都是治疗疟疾的有效方法，值得关注的是横跨亚洲到非洲都出现了对一线药物的抗药性。阻止出现更高水平的...

2016-12-08 20:30:00 297

转载 fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些clean_data是否真的“clean”呢？首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。（1）去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具)：...

2016-12-08 20:22:00 1873

转载 fastx_toolkit软件使用说明

高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，我们都了解高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端，去除N较多的reads等，而针对高通量测序数据的质控软件也有很多，在这里给大家介绍一款“老牌子”的质控工具fastx_toolkit，它是一个软件包，包含了多个质控命令，下面我们就逐个...

2016-12-08 20:07:00 629

转载转：bwa的使用方法

bwa的使用需要两中输入文件： Reference genome data（fasta格式 .fa, .fasta, .fna） Short reads data (fastaq格式 .fastaq, .fq)step 1: 建立 Index根据reference genome data(e.g. reference.fa) 建立 Index File bwa inde...

2016-12-08 19:45:00 246

转载转： Annovar 软件注释流程介绍

第一步：下载Annovar上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址，下载后文件为annovar.latest.tar.gz。第二步：安装Annovarlinux系统下用该命令解压tar...

2016-12-08 19:23:00 823

转载转：linux下bwa和samtools的安装与使用

bwa的安装流程安装本软体总共需要完成以下两个软体的安装工作：1) BWA2) Samtools1.BWA的安装a.下载BWA (download from BWA Source Forge )http://bio-bwa.sourceforge.net/bwa.shtmlb.安装BWA$ tar -jxvf bwa-*.tar.bz2c.编译BWA$ make2.Samtools的...

2016-12-08 09:41:00 324

转载 GFF3格式

GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性，分为9列，以TAB分开。依次是：1. reference sequence：参照序列指出注释的对象。如一个染色体，克隆或片段。可以有多个参照序列。该id的取名不能以’>’开头，不能包含空格。2. source：来源注释的来源。如果未知，则用点（.）代替。3. type...

2016-12-07 20:31:00 629

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