fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads

高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些clean_data是否真的“clean”呢？
首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。

（1）去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具)：
 

Usage: fastx_clipper [-h] [-a ADAPTER] [-D] [-l N] [-n] [-d N] [-c] [-C] [-o] [-v] [-z] [-i INFILE] [-o OUTFILE]  #去掉接头序列

 [-a ADAPTER] =接头序列（默认为CCTTAAGG）

 [-l N]       = 忽略那些碱基数目少于N的reads，默认为5

 [-d N]       = 保留接头序列后的N个碱基默认  -d 0

 [-c]         = 放弃那些没有接头的序列.

 [-C]         = 只保留没有接头的序列.

 [-k]         = 报告只有接头的序列.

 [-n]         = 保留有N多序列，默认不保留

 [-v]         =详细-报告序列编号

 [-z]         =压缩输出.

 [-D]       = 输出调试结果.

 [-M N]   =要求最小能匹配到接头的长度N，如果和接头匹配的长度小于N不修剪