Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean
中文名:基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因
发表期刊杂志:nature biotechnology
影响因子:41.514
发表时间:2015年2月
发表单位:中科院遗传与发育生物学研究所
一、 研究取材
62株野生大豆、130株地方种和110个驯化品种构建的一个自然群体
二、 方法流程
Illumina HiSeq 2000 测序平台,测序文库300bp,样本平均测序深度达到11X
三、 生物信息学分析
群体结构分析、选择清除分析、重要性状的全基因组关联分析
四、 研究结果
1)使用BWA软件将原始数据与参考基因组进行比对,使用samtools将sam格式转化为bam,使用picard软件去掉Duplicated reads。
2)SNP calling使用GATK和samtools,取两者结果的交集。对于GATK参数设置:-stand_call_conf 30。MAF设置为0.01。
3) Indel calling类似于SNP calling,使用GATK的UnifiedGenotyper程序,起参数设置为-glm I