【GWAS文献】基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆相关基因

Resequencing 302 wild and cultivated accessions identifies genes related to domestication and improvement in soybean

中文名：基于GWAS与群体进化分析挖掘大豆驯化及改良相关基因

发表期刊杂志：nature biotechnology
影响因子：41.514
发表时间：2015年2月
发表单位：中科院遗传与发育生物学研究所
 

一、      研究取材
62株野生大豆、130株地方种和110个驯化品种构建的一个自然群体

二、      方法流程
Illumina HiSeq 2000 测序平台，测序文库300bp,样本平均测序深度达到11X

三、      生物信息学分析
群体结构分析、选择清除分析、重要性状的全基因组关联分析

四、      研究结果
1）使用BWA软件将原始数据与参考基因组进行比对，使用samtools将sam格式转化为bam,使用picard软件去掉Duplicated reads。

2）SNP calling使用GATK和samtools,取两者结果的交集。对于GATK参数设置：-stand_call_conf 30。MAF设置为0.01。

3） Indel calling类似于SNP calling,使用GATK的UnifiedGenotyper程序，起参数设置为-glm I