转： Annovar 软件注释流程介绍

第一步：下载Annovar

上Annovar官网下载（http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/download/），现在要邮件注册后才能下载。邮件注册后会给你最新版软件下载地址，

下载后文件为annovar.latest.tar.gz。

第二步：安装Annovar

linux系统下用该命令解压

tar zxvf annovar.latest.tar.gz

解压后生成annovar文件夹，里面有6个perl脚本程序和两个文件夹，其中一个是example文件夹，另一个是已经建立好的hg19或者GRCh37的humandb的数据库文件夹，可用于人的注释。

第三步：使用Annovar

人的注释方法，官网介绍的很详细，但仅仅有人的数据库肯定是满足不了大家的需求。

下面以小鼠mm9为例子，介绍如何自己构建一个mousedb数据库。

先在annovar文件夹里面创建mousedb文件夹（名字可自取），命令

mkdir mousedb

然后使用annovar文件夹下的perl程序annotate_variation.pl