MIT6_0002F16_ProblemSet4

MIT6_0002F16_ProblemSet4

实验内容：

本次实验旨在设计并实现一个细菌种群动态的随机模拟模型，并根据模拟结果得出各种治疗方案如何影响细菌的传播的结论。

实验流程：

阅读实验pdf，可知实验具体要求，按照要求一步一步解决。

Problem 1: Implementing a Simple Simulation

该部分为最简易的细菌模拟，不添加抗生素，简单模拟细菌的种群增长情况。

主要任务是填写 SimpleBacteria类和Patient类。SimpleBacteria 类表示单个细菌的状态。Patient维护与病人相关的细菌种群的状态。

代码如下:(根据提示较易完成)

class SimpleBacteria(object):
    def __init__(self, birth_prob, death_prob):
        #max出生概率
        self.birth_prob=birth_prob
        #max死亡概率
        self.death_prob=death_prob

    def is_killed(self):
        #利用随机的办法判断是否死亡
        return random.random() <= self.death_prob 

    def reproduce(self, pop_density):
        #利用随机的办法判断是否将繁殖，繁殖可能性为self.birth_prob * (1 - pop_density).
        if random.random() < (self.birth_prob * (1 - pop_density)):
            return SimpleBacteria(self.birth_prob, self.death_prob)
        else:
            raise NoChildException

class Patient(object):
    def __init__(self, bacteria, max_pop):
        #病人身上的细菌
        self.bacteria=bacteria
        #最大的细菌种群大小
        self.max_pop=max_pop
    def get_total_pop(self):
        #返回细菌数目
        return len(self.bacteria)
    def update(self):
        #根据提示即可完成
        #判断一下细菌是否死亡或者产生新的细菌
        surviving_bacteria = []
        for bacterium in self.bacteria:
            if not bacterium.is_killed():
                surviving_bacteria.append(bacterium) 
        #计算当前种群密度，用细菌数/菌落数 
        pop_density = len(surviving_bacteria) / self.max_pop
        #判断存活细菌是否将产生新细菌
        child_bacteria = []
        for bacterium in surviving_bacteria:
            try:
                child_bacteria.append(bacterium.reproduce(pop_density))
            except NoChildException:
                pass
        self.bacteria = surviving_bacteria + child_bacteria
        return len(self.bacteria)

Problem 2: Running and Analyzing a Simple Simulation (No