VSCode远程连接服务器使用R语言

服务器中可以下载安装R环境使用RStudio Server来进行开发，有一个弊端是超过一段时间会断开连接并且所使用的服务器安装单细胞处理的一些包安装不上比如最基本的Seurat。

接下来介绍使用VSCode远程开发R语言。

一、配置远程环境

插件安装

前提是已经下载好了vscode，需要安装Remote - SSH，点击扩展然后输入并搜索安装即可。

 安装后需要进行配置，先点击远程管理，选择ssh targets，点击设置，然后进行配置管理，依次是链接名cn，服务器IP地址，服务器用户名，服务器端口号，私钥所在的位置

还需要对插件修改一些设置，设置如下图

 

 

 

 

远程连接。

按照图中的步骤，先点击左侧的远程资源管理，然后点击＋号新建链接，点击完+后上测会出现ssh配置输入ssh ***.**.**.**:*****（服务器IP地址和端口号） 然后回车，出现下图

 点后点击第一个，这个是配置的路径很重要。点击完成后左侧就会出现我们配置的链接了，然后点击设置，进行进一步的配置，先点击链接里的设置，然后点击配置所在的路径第一个，点击完成后就会打开配置文件。

 打开的配置文件如下图（上一步中安装插件时有配置过）

这里面包含了你建立的所有链接的设置，下面那个是我以前建立好的连接，然后对刚刚建立的 链接进行配置，按照如下配置即可，配置完成后保存。

Host con     #连接的名字自己随便设置
  HostName ***.**.**.**   #服务器的IP
  User ******           #服务器的用户名
  Port 1000*              #服务器的端口号
  IdentityFile "C:\Users\**\.ssh\id_rsa"  #私钥在的位置，如果有设置密码可以写密码，密码和私钥二选一即可

接下来就是进行测试连接了

可以直接点击小图标在新的窗口连接

也可以右键点击链接名称进行连接

 

或者点击下面的ssh进行连接

 连接后可以打开服务器中的文件夹

二、R语言所需插件安装

需要在服务器中安装R在VSCode中安装插件

在服务器中安装R及所需环境

都是在Linux环境下
conda create -n renv   创建环境
source activate renv   激活环境
conda deactivate       退出环境
conda install r-base   安装R

 为了能够连接远程的R环境，还需要在远程服务器上安装languageserver和radian

 

conda install -c conda-forge r-languageserver
pip install radian

在vscode中安装插件

在扩展里搜索R并安装，现在只需要安装这一个插件就可以

 需要对插件R进行设置，一点要选择在远程里设置！！！

 

 

 

三、使用

 

source activate renv #激活环境
radian      #进入R

激活环境之后终端如下图，可以在终端里输入也可以通过VSCODE在服务器终端上建立R文件来进行操作

 

若是新建R文件如下图，使用和rstudio没什么区别，ctrl+enter为运行

四、使用SFTP进行远端本地文件传输

 在vscode中安装插件SFTP，然后ctrl+shift+p打开命令窗口输入sftp进行配置

右键点击选择所需要操作即可

 

关于怎么将本地文件传输到服务器、怎么让R读取本地文件还没找到方法，待更新