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RSS订阅原创 CellMarker | 人骨骼肌组织细胞Marker大全！~（强烈建议火速收藏！）
让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2024-05-06 22:01:34
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原创 MendelianRandomization | 孟德尔随机化神包更新啦！~（一）（小试牛刀）
这里需要说明一下哦，不是所有的参数都需要填的，这个需要根据你后面用到的方法。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-12-30 16:06:11
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原创 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（五）（差异分析之聚类比较与模块鉴定）
为了研究哪些基因在不同的簇中表达不同，我们可以使用之前介绍的回归分析工具。这里可以看到神经元有许多亚型，所以也许不同的神经元簇对应着不同的亚型。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！还是前面一套老操作，具体的就不讲述了，不清楚的翻看之前的教程吧。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-12-02 11:46:05
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原创 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（三）（建立单细胞轨迹）
比如，对感染的反应时，固有免疫细胞和基质细胞会有非常不同的初始转录组，对感染的反应也很不同，所以它们应该是同一轨迹的一部分。单细胞转录组、蛋白组、表观组学等单细胞技术的发展为研究细胞周期、细胞分化等细胞动态过程提供了新的机会。）的方法可以根据测序的细胞之间表达模式的相似性对单细胞沿着轨迹进行排序，模拟细胞动态变化的过程。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~
2023-11-04 15:51:51
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原创 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（二）（寻找marker及注释细胞）
昨天又是不睡觉的一天，晚上还被家属讲了一通，理由是我去急诊了，没有在办公室待着，他老公疼没人去看。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！好的，说完家属就暴雷了，“这么大的医院就安排一个大夫值班吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！这个文件你也可以进一步的加工一下，根据你的生物学背景等。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~然后我们进行一下手动注释，其实手动注释是最准的。
2023-10-28 17:13:25
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原创 Monocle 3 | 太牛了！单细胞必学R包！~（一）（预处理与降维聚类）
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！这周的手术真的是做到崩溃，2天的手术都过点了。给结果排个序，这个就根据你自己的需要好了。
2023-10-20 23:07:32
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原创 CCPlotR | 轻松拿捏单细胞分析之细胞交互！~
让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-10-14 16:50:04
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原创 ggkegg | 用这个神包玩转kegg数据库吧！~（一）
好久没更了，实在是太忙了，值班真的是根本不不睡觉啊，一忙一整天，忙到怀疑人生。🤣 chatPDF | 别再自己读文献了！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
2023-10-07 22:02:21
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原创 Slingshot | 细胞分化轨迹的这样做比较简单哦！~（二）
群是同一群细胞，只是处于不同的分化状态而已，两者之间并没有明显的差异。，两者之间存在一个平滑的过渡，通过逐渐的转录组变化来改变细胞状态。🤨 Google | 谷歌翻译崩了我们怎么办！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！最近自己的确不太在状态，做事情有极强的拖延症，要振奋起来啦，🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~这样做是有一定的好处的，可以防止已知的细胞阶段被归类为。上次有小伙伴问做这个分析有什么用？
2023-08-20 17:34:53
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原创 Slingshot | 细胞分化轨迹的这样做比较简单哦！~（一）
让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！来确定轨迹，我们都需要一种方法来确定新细胞沿着先前构建的轨迹的位置。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！可能有时候，我们只想使用细胞的一个子集或者新的。
2023-08-19 22:08:57
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原创 Wordcloud | 风中有朵雨做的‘词云‘哦！~
搞好了，不得不说🏥里手握生杀大权的人，都在自己的能力范围内尽可能的难为你。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！）教程，大家都说简单，但实际操作起来又有一些难度，一起试试吧。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~函数类似，但返回的是一个简化的对象，例如向量或矩阵。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-08-16 22:34:02
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原创 Chord diagram | 啧啧啧！~人人必会的Chord diagram你不来学一学吗！？
是一种用于表示图形的矩阵，其中每个元素表示两个节点之间是否存在边。在邻接矩阵中，行和列分别表示图形中的节点，矩阵的元素表示相应节点之间是否存在边。它是一种常用的图形表示方法，可以方便地进行各种图形算法和分析。了，完全搞不懂这些东西的初衷和理由，感觉自己的🍚里米又要少一些了。的同时也希望让我们按时上下班，周末双休，取消夜班，至于米少就少吧。这里就只讲一个小的修饰吧，也是大家常用的，比如修改配色。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~在无向图中，邻接矩阵是对称的，因为如果有一条从节点。
2023-08-12 16:12:55
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原创 ggrisk | 高分文章必备的三图联动就这样轻松搞定哦！~（附完整教程）
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！各位小伙伴的暑假是怎么度过的呀，欢迎分享图片给我，也让我看下。🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！终于有时间更新了，忙碌的一周也是告一段落了。中还是比较多见的，可以相对直观的观察。
2023-08-04 23:33:04
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原创 Dendrogram | 今天是人见人爱、花见花开的环形Dendrogram！~（附完整代码）
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2023-07-29 13:55:08
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原创 Circular lollipop | 哇咔咔！！！环形棒棒糖图好吃又好玩！~
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~，包含为确实难以破解的密码放置标签所需的所有信息。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！添加到所有时间，为圆圈内的标签留下所需的额外空间。吧各位~ ✐.ɴɪᴄᴇ ᴅᴀʏ 〰
2023-07-16 19:00:39
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原创 superheat | 超级简单的热图绘制解决方案！~（二）（聚类和注释图的添加~）
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！默认情况下，在聚类时，相应的标签会分组到聚类名称中（通常为。🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！常用的类型有以下几种，我们一起看看吧。
2023-07-14 20:00:34
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原创 superheat | 超级简单的热图绘制解决方案！~（手把手教学~）（一）
画热图一直是一件既简单又复杂的事情，想画个普通的热图还是挺简单的，但是复杂热图就要费事的多了。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 LASSO | 不来看看怎么美化你的LASSO结果吗！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~，还是比较好用的，但是最近发现了一个更简单的解决方案，🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-07-09 23:10:35
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原创 Barplot | 平平无奇的环形Barplot你掌握了吗！？~（附完整代码）
也越来越明白，为什么大家会说希望家里人身体都健健康康的，这个真的是最重要的事情了。不知道是不是人到中年了，事情也特别的多，能静下心来思考的时间越来越少了。让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！，颜值还是蛮高的，大家试试吧！
2023-07-02 20:52:33
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原创 GeSciLiVis | 想知道你感兴趣的基因有多少人在研究吗！？用这个包来解决吧！！！~
毕竟工欲善其事，必先利其器，好的工具可以极大地提高效率，降低你的疲劳感，哈哈哈哈哈哈哈。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。不知道各位小伙伴那里的温度怎么样，端午临近，各位有假期吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-06-18 14:00:59
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原创 Same Symbol | 哇咔咔！！！盘点一下表达矩阵中重复基因的处理方法！~
这个问题的处理起来也简单也复杂，你可以随机取一个，可以都去掉，可以取最大值，可以取均值，仁者见仁，智者见智吧。动不动就问我们对医院的福利满意吗，对自己的收入满意吗，觉不觉得工作负荷太重了？这里需要注意一下哦，对于相同的基因，应该挑选行平均值大的一整行，而不应该打乱。接着是今天的正文，盘点一下我个人常用的几种处理重复基因的方法！，但实际上是挑选了平均值最大的一行，我个人也是比较喜欢这种方法。时经常遇到的一个小问题，就是重复基因名或者探针名的问题。再看一下重复的基因去掉了没有，好的，任务完成。
2023-06-11 13:57:41
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原创 Limma | 三个组的差异分析怎么分析做呢！？~
高考结束了，不知道各位考生考的怎么样，这种时候总是几家欢喜几家忧，但这也是实现阶级流动的最佳机会。真的劝各位学子，尽可能避免这类专业，如果有机会的话去看看外面的世界吧，还是和我们以为的差太多了。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！最近在做多组的差异分析，分享一下我的。个，我们认为的进行一下分组吧，分成。
2023-06-10 23:21:31
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原创 # WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（四）（共识网络分析-第四步-共识模块与性状相关联）
让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！在这里，我们先和之前一样提取一下我们的数据集个数，后面会用到。🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！有的时候你会发现坏事不一定是坏事，塞翁失马，焉知非福啊！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-06-09 19:33:17
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原创 WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（三）（共识网络分析-第三步-共识模块与特异模块相关联）
不过生信分析本来就有其固有缺陷，最终还是需要实验来验证你的结果，所以分析方法的话仁者见仁，智者见智吧。让chatGPT来帮你读吧！🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！不知道大家还记不记得单纯在雌性小鼠中构建的网络和模块，这里我们需要再次。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~在一起，一起构建网络、确定模块的方式有什么区别呢！其实区别还是挺大的，这种方式可以找到特异的模块，只属于。
2023-06-05 00:16:01
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原创 WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（二）（共识网络分析-第二步-构建网络与模块-Blockwise）
OK，今天的教程是超大数据集的网络构建与模块识别，当然如果你的电脑或者服务器够好的话，可以跳过这期。想问问小伙伴们有什么想看的教程吗，可以给我留言，如果合适的话可以做上几期。临床工作越来越忙了，更新的频率也开始降低了，希望各位小伙伴可以理解一下。让chatGPT来帮你读吧！发售了，真的是想买一个，但想想根本没有时间去玩，买回来只能吃灰。来提高共表达相似度，进一步计算邻接度，趋近一个无尺度的拓扑结构。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~设置一下一会可视化出图的参数，提高颜值，嘿嘿！
2023-05-26 21:39:08
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原创 Excel | 基因名都被Excel篡改了怎么办呢！？~（附3种解决方案）
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！问题还是比较严重的，说不定你的目的基因就是这些被改掉名字的基因哦。再提供一个在线网站，上传后等待转换即可，也是很方便的，地址在这里:👇。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~表格，为被篡改过后的名，大家可以看到都变成了日期。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！
2023-05-20 20:17:12
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原创 WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（二）（共识网络分析-第二步-构建网络与模块-分步法）
中的解释，如果这个基因在两个数据集中差异都很大，这个时候我们才认为它是一个变化差异大的。不知道各位最近过得怎么样，昨天去修了脚🦶，感觉自己马上就要迈入油腻中年人的行列了。今天介绍的是分步法创建网络与识别模块，这种比较适合有个性化需求的人使用，如果你是。网络构建首先需要使用软阈值计算各个数据集中的邻接关系，前面计算的。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~我们还是和之前一样，把之前清洗好的输入数据拿出来吧。首先和之前一样提取一下我们的数据集个数，后面会用到。
2023-05-17 06:59:30
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原创 WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（二）（共识网络分析-第二步-构建网络与模块-一步法）
万万没想到，术后都2天了还是没去献血，无论是问病人还是问家属，都说家里没有一个人适合献血的。用别人的血就天经地义、理所当然，让你去献血就是大夫在害你了，我也是没得话讲，为了让病人做上手术，求了输血科半天才给备了血，家属也答应去献血。🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。
2023-05-11 11:20:48
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原创 WGCNA | 不止一个组的WGCNA怎么分析嘞！？~（一）（共识网络分析-第一步-数据整理）
最近又是忙碌的一米，做不完的手术，收不完的病人，前途堪忧，收入更是不堪入目。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。初步处理完了数据我们就保存一下吧，毕竟辛辛苦苦清理好了数据。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。的表型数据分析，只有一组，相对简单。
2023-05-07 23:55:56
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原创 Nomogram | 盘点一下绘制列线图的几个R包！~（二）
是一种将L1和L2正则化同时应用于线性回归的损失函数的方法，以后再具体介绍吧。中提取多项式方程，用来计算每个变量的点数和总点数对应的生存概率。功能非常强大，我们以后再介绍它的具体用法吧，今天就只介绍一下绘制。🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！不知道各位小伙伴的五一假期过的在怎么样，可怜的我感冒了。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~的，但还是和大家介绍一下吧，还是比较有用的。
2023-05-02 11:30:42
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原创 Scillus | 来吧！它可以大大简化你的Seurat分析流程哦！~（二）（高级可视化）
不知道大家那里天气热了没有，苦逼的我虽然“享受”着医院的恒温，但也并没有什么卵用，毕竟我只是个不可以生锈的“小螺丝”。~（一）（数据预处理）本期我们继续吧，介绍其主要的一些高级功能吧，包括降维，统计，热图和富集分析等等。在热图中，每一行代表一个基因，每一列代表一种细胞，默认绘制每种细胞的前。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！包的基本功能，如何进行数据的预处理及其可视化。
2023-04-22 16:10:10
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原创 Scillus | 来吧！它可以大大简化你的Seurat分析流程哦！~（一）（数据预处理）
🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！🤗 boxjitter | 完美复刻Nature上的高颜值统计图。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！对象进行多种类型的图形展示，如热图、聚类图、基因表达图等。🤩 RColorBrewer | 再多的配色也能轻松搞定！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~🤩 CMplot | 完美复刻Nature上的曼哈顿图。🤩 WGCNA | 值得你深入学习的生信分析方法！中的其他列做为分组条件。
2023-04-21 15:09:27
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原创 Nomogram | 盘点一下绘制列线图的几个R包！~（一）
的系数，给每个影响因素的不同取值赋分，然后将各个分数相加得到总分，再根据总分和结局事件发生概率的转换关系，计算出预测值。），是一种用于预测模型的可视化工具，它可以将多个影响因素和结局事件的关系展示在同一平面上。的概念，用于快速计算复杂公式的图形表示法，曾经在工程和科学领域广泛使用，直到被计算机取代。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！的确很好用，但是很难计算出所有项目的总分和概率，这里可以用。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~，不过个人觉得不是特别好用。
2023-04-08 19:47:49
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原创 OpenChatPaper | 你值得拥有的论文阅读小助手！~（粉丝投稿）
是一个开源的PDF解析器，我们会在本地启动它用来解析输入的pdf。旅游的人越来越多了，多到早上去吃个馄饨都要排队了，不过总得来说一个城市还是要有人间烟火气啊。让chatGPT来帮你读吧！创建一个Python的环境（推荐使用anaconda，关于如何安装请查阅。🤥 ComplexHeatmap | 你的热图注释还挤在一起看不清吗！最近开始天气转暖了，不知道大家那里的树有没有绿，花有没有开。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~
2023-04-02 18:29:49
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原创 Seurat V5 | 最火的单细胞测序分析工具重磅更新啦！~
的分析方法，将大型数据集的代表性子样本存储在内存中以实现快速和迭代分析，而完整数据集仍可通过磁盘存储访问。更新后，作者引入了新方法来分析、解释和探索跨越数百万个细胞的数据集，即使它们无法完全加载到内存中。这种方法利用了单独的多组学数据集作为分子“桥梁”，在低维空间中进行整合，并返回一个目标降维（例如。不断更新和改进，增加了许多新功能，包括对空间转录组数据的分析和可视化，以及对多组学数据的整合。等）的空间数据集分析技术都具有独特的优势，需要根据实际情况选择分析方法。~🤩（左右滑动哦，亲）
2023-04-01 11:41:19
1858
原创 ChatHub | 卧龙和凤雏！同时对话ChatGPT和新Bing！~
集成了丰富的多媒体内容，包括图像、视频和音频等，让用户可以更全面地了解所搜索的内容。大家结合着用两者吧，毕竟卧龙和凤雏的建议还需要你这个主公来权衡。支持自然语言搜索，让用户可以更直接地提出问题，获得更准确的答案。与微软的人工智能技术相结合，提供更加个性化的搜索结果和推荐。深入骨髓的用户很不舒服，在网上找了很多教程，都不是很好用。🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~提供了更加安全的搜索体验，可以帮助用户过滤掉不良内容。，就可以让它帮你写论文了，大佬们早就想到了这个问题。
2023-03-26 16:25:14
9490
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原创 chatPDF | 别再自己读文献了！让chatGPT来帮你读吧！~
接口，方便开发者快速上手使用，并提供了灵活的参数设置，以便根据实际需求调整模型的行为。，它可以执行各种自然语言处理任务，例如对话生成、文本摘要、自动翻译、情感分析等。，其他类型的文件，如合同、报表、小说等等都可以交给它，这里最多支持。🤩 ComplexHeatmap | 颜狗写的高颜值热图代码！🤣 NetworkD3 | 让我们一起画个动态的桑基图吧~了，它甚至准备了3个问题给你，实在是太贴心了。开放的工具，简直是读文献的绝对生产力啊！了，如果你想要读取更多页数，可以自己申请一个。
2023-03-11 21:10:58
58129
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原创 funkyheatmap | 用这个包来完美复刻Nature Biotechnology的高颜值神图吧！~
1写在前面天气开始暖和了☀️，发现旅游的人好多啊！~🥲不知道自己什么时候能有时间出去看看外面的世界，实在是太忙了。😷最近用到的有个包感觉很不错，分享给大家，funkyheatmap包。😘完美可视化数据，包括字符型和数值型。🤩这个包是出自Nature Biotechnology中，文章在这里：👇Saelens, W., Cannoodt, R., Todorov, H. et al. A comparison of single-cell trajectory inference methods
2023-03-09 11:53:51
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原创 simplifyEnrichment | 让我来做你的富集结果的瘦身教练吧！~
1写在前面最近真是烦心啊，事事不顺，找个日子我要找大师算一卦。😂大家基本都会做富集分析，但有时候terms实在太多，读起来真是累，也搞不清到底谁是其中相对重要的。🥲之前有一些R包通过计算基因集的overlap，进行term合并，效果也还可以。🥰今天跟大家介绍的是simplifyEnrichment包，通过计算语义相似性矩阵来合并terms，效果也是要比计算基因overlap要好的多（这可不是我空口说的，这是原文比较的结果）。🤩2用到的包library(tidyverse)library(simp
2023-03-02 14:39:11
701
原创 SE | 哇哦！让人不断感叹真香的数据格式！~
1写在前面最近在用的包经常涉及到SummarizedExperiment格式的文件，不知道大家有没有遇到过。🤒一开始觉得这种格式真麻烦，后面搞懂了之后发现真是香啊，爱不释手！~😜2什么是SummarizedExperiment这种class主要包括了以下几个内容：👇assay(), 包含一个或多个矩阵, 如行为基因名, 列为样本;colData(), 对列的注释，格式为DataFrame, 如样本信息的描述;rowData() 和（或）rowRanges(), 对列的注释，如rowRanges
2023-02-25 17:32:23
741
原创 GSEAmining | 来看看你的GSEA结果是不是需要瘦身啦！~
1写在前面最近真是累的不行，今天抽空写一下新的教程，关于人人都会做的GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）。但有时候我们做完GSEA后结果实在太多，无法确定其中重要的生物学意义，难以解释。🤨本期我们介绍一下GSEAmining包，对我们的GSEA结果做一个瘦身吧，基本原理是：👇1️⃣ 对参与类似生物过程的基因集应该有共同的基因。2️⃣ 对拥有一定数量的共同基因的相似基因集进行功能聚类。2用到的包rm(list = ls())# if (!requireName
2023-02-23 23:22:49
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