生信入门 | Win10自带子系统Ubuntu 20.04安装

从0开始的生信学习

这里是生信初学者的学习记录,如果你恰好有相同的问题,欢迎阅读交流(●’◡’●)

注意事项*

  1. 本文写给和我一样没有接触过Linux的新手
  2. Ubuntu是当今最流行的Linux操作系统,一些生信软件需要基于Linux运行,安装是生信教学要求。
  3. 安装方式多种多样,你可以选择虚拟机/双系统,本文选择最省内存的方式。
  4. 版本号很重要,请找与自己安装Ubuntu版本相符的教程。

大纲

安装过程导图
请记住 sudo -i 等基础命令哦

一、Ubuntu的安装

1、进入开发人员模式

设置——开发者选项——开发人员模式

开发人员模式

2、启用子系统功能

控制面板——程序和功能——启用或关闭Windows功能——勾上“适用于Linux的Windows子系统”->点击确定,重启电脑。
控制面板在这里插入图片描述

3、应用商店下载ubuntu

打开Microsoft store——搜索 Ubuntu——挑选一款下载
应用商店
Ubuntu
我选的第一个,下载下来就是20.04版本。

4、点击启动,等待安装
5、注册用户。按提示输入用户名和密码,(输入密码的时候不会显示字符),密码会让输入两次。输入完回车。

用户名

6、安装成功

二、更换源

ubuntu的源是国外的,下载东西慢,需要我们换成国内的源。我使用的是中科大的,也推荐清华、阿里。

1、查看版本号

如果没有记住,可以用下面的命令行,回车,查看系统版本号(我的是20.04)
终端执行

lsb_release -a
2、备案源

终端执行

sudo cp /etc/apt/sources.list /etc/apt/sources.list.bak
3、修改源文件
sudo vim /etc/apt/sources.list

按i键入编辑模式,将当前内容全部删除,或者在红色行的最前面加上#注释掉,做完之后不要关闭,
打开网址,中科大源,(也可以使用阿里、清华源),找到对应的ubuntu版本,复制全部内容,粘贴到ubuntu。
中科大源
如图,把框框里的内容全部复制到Ubuntu中。
粘贴完成之后,在最后一行的末尾按一下回车,进入一个新行
按“Esc”关闭编辑模式。

4、更新源

在刚刚换到的新的一行,手写 :wq,然后回车(英文冒号)

:wq

终端执行

sudo apt update
5、更新源软件
sudo apt upgrade -y

三、汉化

1、终端执行下列命令

安装中文语言包

sudo apt install language-pack-zh-han* -y

更换默认语言为中文

sudo locale-gen zh_CN.GB18030 && sudo locale-gen zh_CN.GB2312 && sudo locale-gen zh_CN.UTF8

安装字体管理

sudo apt install fontconfig -y
sudo apt install ttf-mscorefonts-installer -y
2、进入紫色界面

使用键盘上的右方向键→,选中OK,按回车确认
07
按←键,选中YES,回车确认

3、终端执行 安装字体

安装微软雅黑

sudo apt install -y --force-yes --no-install-recommends fonts-wqy-microhei
sudo apt install -y --force-yes --no-install-recommends ttf-wqy-zenhei
4、切换语言和编码

终端执行

sudo dpkg-reconfigure locales

进入菜单,选择zh_CN UTF.8 UTF.8,通过下方向键,z开头,在最下面的地方
按空格选中,回车
菜单
选择zh CN.UTF-8,右方向键选择OK,回车
菜单

5、汉化完成,关闭

右方向键选择OK,回车

四、安装图形化界面

1、终端执行下列命令

安装xfce4图形界面

sudo apt install xfce4 tightvncserver -y

安装

安装xrdp服务

sudo apt install xrdp -y

设置远程端口为:3390端口

sudo sed -i 's/port=3389/port=3390/g' /etc/xrdp/xrdp.ini

向xsession中写入xfce4信息

sudo echo xfce4-session >~/.xsession

重启xrdp服务

sudo service xrdp restart

启动xrdp服务

sudo service xrdp start
2、关闭Ubuntu,打开远程桌面连接

设置远程桌面连接,本机的默认IP地址是127.0.01,端口设置为了3390,所以地址就是:127.0.0.1:3390。
点击显示选项
输入自己的用户名
点击连接
远程连接

3、安装成功

会出现一个询问窗口,点击是,输入密码进入。
启动后效果如图
启动成功
注意,图形化界面并不意味着一劳永逸,想要启动图形化界面,需要在命令行启动xrdp服务,才能远程连接。
退出时选择注销,在Ubuntu命令行输入exit。强行退出没准会出现其他问题。

五、参考文档

[1] win10自带ubuntu安装
[2] win10子系统ubuntu 20.04,桌面设置,详细版

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配置生信环境需要安装一些必要的工具和软件,以下是在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤: 1. 更新系统 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt update sudo apt upgrade ``` 这将更新系统中已安装的所有软件包。 2. 安装常用工具 在终端中输入以下命令: ``` sudo apt install build-essential wget curl git unzip ``` 这将安装一些常用工具,如编译器、下载工具、版本控制工具等。 3. 安装Anaconda 在终端中输入以下命令: ``` wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh bash Anaconda3-2021.11-Linux-x86_64.sh ``` 这将下载并安装Anaconda。安装过程中需要按照提示进行配置。 4. 创建conda环境 在终端中输入以下命令: ``` conda create -n bioinfo python=3.9 conda activate bioinfo ``` 这将创建一个名为bioinfo的conda环境,并激活该环境。 5. 安装常用Python包 在bioinfo环境中,输入以下命令安装常用的Python包: ``` conda install numpy pandas matplotlib seaborn scipy jupyter notebook ``` 这将安装一些常用的Python包,如数据处理、数据可视化、科学计算等。 6. 安装生物信息学软件 在bioinfo环境中,输入以下命令安装一些常用的生物信息学软件: ``` conda install -c bioconda samtools bowtie2 hisat2 bedtools blast bioawk fastqc ``` 这将安装一些常用的生物信息学软件,如序列比对、序列处理、序列分析等。 7. 配置环境变量 在bioinfo环境中,输入以下命令配置环境变量: ``` echo 'export PATH="$PATH:/path/to/anaconda3/envs/bioinfo/bin"' >> ~/.bashrc source ~/.bashrc ``` 将/path/to/anaconda3替换为你的Anaconda安装路径。 至此,在双系统Ubuntu 22.04中配置生信环境的步骤就完成了。你可以在bioinfo环境中运行生物信息学软件和Python脚本了。

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