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原创 伍泳彰 致我的基因测序十年纪念日

伍泳彰 致我的基因测序十年纪念日

原创 【googletrans包】Python谷歌翻译

Python3 googletrans谷歌翻译‘

原创 2022年【总目录】

pandas用法语录

原创 2016年-2021年【总目录】

分类1【linux系统】0001-【linux系统】-用于生物信息分析该如何安装ubuntu系统？0002-【linux系统】-虚拟机如何安装ubuntu系统增强工具安装？0003-【linux系统】-虚拟机如何的快照与克隆备份0004-【linux系统】-虚拟机的网络配置与xshell登录0004-【linux系统】-美化linux命令行窗口字体颜色配置0005-【linux系统】-xshell快捷键及配置0006-【linux系统】-vim编辑器安装及配置0007-【linux系统】-

原创 0115-【Python可视化】-Plotly Express逐步演练

文章目录参考文章参考官网1. 散点图画散点图通过染色进行分类通过大小分类分面动态横纵坐标柱状图梯形图提琴图边界图参考文章Python 可视化神器：Plotly Express 入门之路http://liyangbit.com/pythonvisualization/Plotly-Express-introduction-cn/#可视化分布参考官网Plotly Express: a Wa...

原创 0114-【Python系统】-Pycharm软件远程连接Linux进行编程开发设置教程

文章目录参考文章设置开始1. 查看linux主机IP信息2. 选择Tools--Deployment--Configuration配置远程linux的python查看主机名查看linux端的python的路径，要保持一致查看linux的tmp目录再设置一次linux的远程目录参考文章pycharm远程linux开发和调试代码http://www.cnblogs.com/zhaof/p/75...

原创 0113-【Python系统】-Pycharm软件专业版安装、激活、汉化

文章目录参考文章下载完成，点击安装更改安装路径选择环境变量路径安装完成开始根据文章，进行破解1.修改hosts文件2. 粘贴注册码为了更快适应Pycharm的菜单，使用，下一步对Pycharm进行汉化。1.汉化前准备工作2.下载汉化包3.将下载的jar放入安装目录的lib目录下修改字体大小参考文章PyCharm2019文章https://blog.csdn.net/u014044812/a...

原创 0112-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第15章-NumPy数组

文章目录15.1 Numpy简介15.2 NumPy数组组成15.2.1 生成一般数组15.1.2 生成特殊类型数组15.2.3 生成随机数组15.3 NumPy数组的基本属性15.4 NumPy数组的数据选取15.4.1 一维数组选取15.4.2 多维数据选取15.5 NumPy数组的数据预处理15.5.1 NumPy数组的类型转换15.5.2 Numpy 数组的缺失值处理15.5.3 Nump...

原创 0111-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第14章-典型数据分析案例

文章目录14.1 利用Python实现报表自动化14.1.1 为什么要进行报表自动化14.1.3 如何实现报表自动化14.1 利用Python实现报表自动化14.1.1 为什么要进行报表自动化要衡量变为自动化的时间与手动的时间对象是否成熟，固定14.1.3 如何实现报表自动化导入数据源import pandas as pdimport numpy as npfrom datet...

原创 0110-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第13章-菜品摆放——数据可视化

文章目录13.1 数据可视化是什么13.2 数据可视化的基本流程13.2.1整理数据13.2.2 明确目的13.3 图表的基本组成元素13.1 数据可视化是什么13.2 数据可视化的基本流程13.2.1整理数据13.2.2 明确目的13.3 图表的基本组成元素由于matplotlib包的语法繁琐，记忆点多，不便于日后使用打算使用 plotnine包，来代替，，是超新星包。画图语法由...

原创 0108-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第11章-多表拼接

文章目录11. 1 表的横向拼接11.1.1 连接表的类型11.1.2 连接键的类型11.1.3 连接方式11.2 表的纵向连接11.2.1 普通合并11.2.2 索引设置11.2.3 重叠数据合并11. 1 表的横向拼接11.1.1 连接表的类型测试数据import pandas as pdimport numpy as npdf = pd.read_csv(r"C:\Users...

原创 0107-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第10章-数据分组/数据透视表

文章目录10.1 数据分组10.1 分组键是列名10.1.2 分组键是Series10.1.3 神奇的aggregate方法10.1.4 对分组后的结果重置索引10.2 数据透视表10.1 数据分组10.1 分组键是列名import pandas as pdimport numpy as npdf = pd.read_csv(r"C:\Users\leadi\Python\01.py...

原创 0106-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第9章-炒菜计时器——时间序列

文章目录9.1 获取当前时刻的时间9.1.1 返回当前时刻的日期和时间9.1.2 分别返回当前时刻的年、月、日9.1.3 返回当前时刻的周数9.2 指定日期和时间格式9.3 字符串和时间格式互转9.3.1 将时间格式转换为字符串格式9.3.2 将字符串格式转换为时间格式9.4 时间索引9.5 时间运算9.5.1 两个时间之差9.5.2 时间偏移9.1 获取当前时刻的时间9.1.1 返回当前时...

原创 0105-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第8章-开始烹调——数据运算

文章目录8.1 算术运算8.2 比较运算8.3 汇总运算8.3.1 count非空值计数8.3.2 sum求和8.3.3 mean求均值8.3.4 求最大值8.3.5 求最小值8.3.6 median 求中位数8.3.7 mode求众数8.3.8 var求方差8.3.9 std求标准差8.3.10 quantile 求分位数8.4 相关性运算8.1 算术运算import pandas as ...

原创 0109-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第12章——盛菜装盘——结果导出

文章目录12.1 导出为.xlsx文件12.1.1 设置文件导出路径12.1.2 设置Sheet名称12.1.3 设置索引12.1.4 设置要导出的列12.1.5 设置编码格式12.1.6 缺失值处理12.1.7 无穷值处理12.2 导出为.cvs文件12.2.1 设置文件路径12.2.2 设置索引12.2.3 设置导出的列12.2.4 设置分隔符号12.2.5 缺失值处理12.2.6 设置编码格...

原创 0104-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第7章-切配菜品——数值操作

文章目录7.1 数值替换7.1.1 一对一替换7.1.2 多对一替换7.1.3 多对多替换7.2 数值排序7.2.1 按照一列数值进行排序7.2.2 按照缺失值的列进行排序7.2.3 按照多列数值进行排序7.3 数值排名7.4 数值删除7.4.1 删除列7.4.2 删除行7.4.3 删除特定行7.5 数值计算7.6 唯一值获取7.7 数值查找7.8 区间划分7.9 插入新的行或列7. 10 行列...

原创 0103-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第6章-菜品挑选——数据选择

文章目录6.1 列选择6.1.1 选择某一列/某几列6.1.2 选择连续的某吉列6.2 行选择6.2.1 选择某一行/某几行6.2.2 选择连续的某几行6.2.3 选择满足条件的行6.3 行列同时选择6.3.1 普通索引+ 普通索引选择指定的行或列6.3.2 位置索引 + 位置索引选择指定的行或列6.3.3 布尔索引+普通索引选择指定的行和列6.3.4 切片索引+ 切片索引选择指定的行和列6.3....

原创 0102-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第5章-淘米洗菜——数据预处理

文章目录5.1 缺失值处理5.1.2 缺失值删除5.1.3 缺失值填充5.2 重复值处理5.1 缺失值处理NaN代表缺失值df = pd.read_csv(r"C:\Users\leadi\Python\01.python\input\train-pivot.csv",encoding="gbk")df# 查看df.info(0# 判断是否缺失df.isnull()5...

原创 0101-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第4章-准备食材——获取数据源

数据下载地址对比Excel，轻松学习Python数据分析http://www.broadview.com.cn/book/5981

原创 0100-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第3章-Pandas数据结构

习惯导入方法import pandas as pdimport numpy as npimport matplotlib.pyplot as plt3.1 Series数据结构3.1.1 Series是什么一维数组3.1.2 创建一个Seriesimport pandas as pd# 出入一个列表pd.Series([1,2,3])# 指定索引pd.Series...

原创 0099-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第2章-熟悉锅——python基础知识

文章目录2.1 Python是什么2.2 Python的下载与安装2.2.1 安装教程2.2.2 IDE 与IDLE2.3 介绍Jupyter Notebook2.3.1 新建Jupyter Notebook文件2.3.2 运行你的第一段代码2.3.3 重命名Jupyter Notebook文件报存Jupyter Notebook文件2.3.5 导入本地Jupyter Notebook文件2.3....

原创 0098-【课程实战】-Python数据分析炒菜-第1章-数据分析基础

文章目录第一章 数据分析基础1.1 数据分析是什么1.2 为什么要做数据分析1.3 数据分析究竟在分析什么1. 4 数据分析的常规流程第一章 数据分析基础1.1 数据分析是什么1.2 为什么要做数据分析现状分析原因分析预测分析1.3 数据分析究竟在分析什么总体概览指标对比性指标集中趋势指标离散程度指标相关性指标相关关系与因果关系1. 4 数据分析的常规流程数...

原创 0097-【Linux工具】-Vim-教程快捷模式

课程目录python部落视频课程https://python.freelycode.com/train/vim/indexVIM教程第一课：VIM入门了解Vim的三种模式了解三种模式下的常用操作第二课：VIM进阶视觉范围选择单词操作高级移动及查找分屏及标签页编码常用技巧第三课：部落推荐VIM配置部落提供的VIM配置配置使用的讲解第四课：VIM的优越感...

原创 0096-【Python包】-modin-多核心加速pandas

快速提示-使用Modin加速Pandashttps://python.freelycode.com/contribution/detail/1454githubhttps://github.com/modin-project/modin说明手册https://modin.readthedocs.io/en/latest/pandas_supported.html#list-of-othe...

原创 0095-【Win系统】-PDF解密方式

对于PDF加密后的文件，没有密码，则不能进行内容的编辑，提取。刚好碰到这个文件，页数非常多，需要创建书签目录。但加密了，无法操作。需要解密。参考一下而文章进行测试。百度经验：PDF文件加密后如何才能打印、编辑的一种方法https://jingyan.baidu.com/article/aa6a2c149336310d4d19c47e.html1. 原文件属性2. 登录工具网站Smal...

原创 0094-【linux系统】-Vim增强工具设置

Vim增强工具设置操作准备：vim ~/.vimrc1. 缩进 & 制表符使 Vim 在创建新行的时候使用与上一行同样的缩进：set autoindent2. 设置文件里的制表符 (TAB) 的宽度（以空格的数量表示）：set tabstop=43. 设置移位操作 >> 或 << 的缩进长度（以空格的数量表示）：set shiftwidth=4...

原创 0093-【linux系统】-命令行增强版

命令行增强版参考文章：CLI: improvedhttps://remysharp.com/2018/08/23/cli-improvedbat > catcat 用于打印文件的内容，如果你平时用命令行很多的话，例如语法高亮之类的功能会非常有用。我首先发现了 ccat[1] 这个有语法高亮功能的工具，然后我发现了 bat[2]，它的功能有语法高亮、分页、行号和 git 集成。ba...

原创 0093-【Linux系统】-Vim增强工具设置

Vim增强工具设置操作准备：vim ~/.vimrc1. 缩进 & 制表符使 Vim 在创建新行的时候使用与上一行同样的缩进：set autoindent2. 设置文件里的制表符 (TAB) 的宽度（以空格的数量表示）：set tabstop=43. 设置移位操作 >> 或 << 的缩进长度（以空格的数量表示）：set shiftwidth=4...

原创 0092-【Python包】-Reportlab-报告制作

原创 0091-【Python系统】-Python 资源大全中文版

我想很多程序员应该记得 GitHub 上有一个 Awesome - XXX 系列的资源整理。awesome-python 是 vinta 发起维护的 Python 资源列表，内容包括：Web 框架、网络爬虫、网络内容提取、模板引擎、数据库、数据可视化、图片处理、文本处理、自然语言处理、机器学习、日志、代码分析等。由伯乐在线持续更新。Awesome 系列虽然挺全，但基本只对收录的资源做了极为简要的...

原创 0090-【Linux-Shell】-xargs使用方法

xargsxargs 是给命令传递参数的一个过滤器，也是组合多个命令的一个工具。xargs 可以将管道或标准输入（stdin）数据转换成命令行参数，也能够从文件的输出中读取数据。xargs 也可以将单行或多行文本输入转换为其他格式，例如多行变单行，单行变多行。xargs 默认的命令是 echo，这意味着通过管道传递给 xargs 的输入将会包含换行和空白，不过通过 xargs 的处理，换行...

原创 0089-【生物软件】-ANNOVAR基因变异注释

参考文章ANNOVAR 注释软件https://zhengzexin.com/2016/04/28/annovar-zhu-shi-ruan-jian/生物信息文件夹-annovarhttps://pzweuj.github.io/2017/09/22/annovar.html

原创 0088-【生物软件】-GATK4如何使用idx和tbi索引

gatk数据库下载使用路径：https://software.broadinstitute.org/gatk/download/bundle数据库下载后，hg19的vcf为gz结尾压缩格式，idx索引后缀。hg38的vcf为gz结尾压缩格式，tbi索引。运行命令使用数据库下载后的vcf文件，直接用户跑命令。发现报错，说没有读到index索引。/opt/conda/bin/gatk -...

原创 0087-【Python系统】-python的导入语法2

python导入案例1 python的导入包中的函数目录├── package_runoob│ ├── __init__.py│ ├── __pycache__│ │ ├── __init__.cpython-36.pyc│ │ ├── runoob1.cpython-36.pyc│ │ └── runoob2.cpython-36.pyc│ ...

转载 0086-【Python系统】-python的导入语法1

导入：Python能对模块module和包package进行导入。当你在一个模块中写的代码需要使用到其他模块或者包的代码要怎么办？导入它！Python模块实际上就是一个文件，它的文件格式为.py。一个Python包就是一个文件夹folder，里面含有模块文件（在Python 2中，这个文件夹要有一个__init__.py文件）工作原理但是这个导入到底是如何工作的呢？假如你导入了一个...

原创 0085-【Win系统】-wor2016特殊字符输入

word2016中输入特殊字符希腊语和科普特语数字形式

原创 0084-【生信软件】-ANNOVAR-使用

文章目录ANNOVAR的程序模块ANNOVAR的输入文件ANNOVAR输入文件的格式转换ANNOVAR注释功能下载数据库Annotate_variation.plAnnotate_variation.pl 实例Region-based annotationFilter-based annotation下面给大家介绍常用的两种过滤注释dbSNP annotationsANNOVAR的程序模块(A...

原创 084-【生信软件】-ANNOVAR软件帮助文档

文章目录安装包含的perl脚本humandbgff文件exampleREADME说明软件帮助文档annotate_variation.plconvert2annovar.pltable_annovar.pl安装log in之后才能download，使用教育机构后缀的邮箱即可注册。http://www.openbioinformatics.org/annovar/annovar_downloa...

原创 0083-【Linux-Shell】-date命令格式

获得当天的日期date +%Y-%m-%d输出： 2011-07-28date1=$(date --date='1 days ago +%Y%m%d') #前一天的日期date1=$(date --date='2 days ago +%Y%m%d') #前l两天的日期将当前日期赋值给DATE变量DATE=$(date +%Y%m%d)有时候我们需要使用今天之前或者往后的日期...

原创 0082-【Linux-Shell】-标准输入标准输出

标准输入标准输出标准错误command > filename 把把标准输出重定向到一个新文件中command >> filename 把把标准输出重定向到一个文件中(追加)command 1 > fielname 把把标准输出重定向到一个文件中command > filename 2>&1 把把标准输出和标准错误一起重定向到一个文件中...