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分子对接,分子动力学模拟技术学习、分享和交流
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分子间相互作用——偶极作用dipolar-dopolar interaction
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Linux中快速创建大量文件夹的命令
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AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用
AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用 First release:2018-07-22 Last update: 2018-07-22 四川魔...原创 2019-07-08 17:08:48 · 1573 阅读 · 0 评论 -
Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷
Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷 First release:2018-03-17 Last update: 2018-07-22 ...原创 2019-07-08 17:06:13 · 3633 阅读 · 0 评论 -
批量下载Zinc数据库中小分子的方法
批量下载Zinc数据库中小分子的方法First release:2017-01-31 Last update: 2018-01-31四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!Zinc数据库不用多说,大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”,但是真正使用过的人却很少,本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分子的方法,为做药物筛选...原创 2018-10-28 09:41:51 · 15802 阅读 · 0 评论 -
AutoDock进行柔性分子对接教程
Autodock 柔性分子对接教程First release:2018-9-22 Last update: 2018-9-22四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!Autodock是一款分子对接软件包,开源且免费,官方网址是http://autodock.scripps.edu/,目前最新的版本是AutoDock 4....原创 2018-10-28 09:39:49 · 12908 阅读 · 0 评论 -
用Amber进行能量分解和计算结合自由能——MMPBSA工具
用Amber进行能量分解和计算结合自由能First release:2018-01-13 Last update: 2018-03-17四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!Amber是一款适用于生物大分子的动力学模拟的软件,其官方网站是http://ambermd.org/index.html,目前最新版本为A...原创 2018-10-28 09:36:13 · 10634 阅读 · 0 评论 -
如何做出漂亮的序列比对图——ENDscript/ESPript
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!大家经常在文献中看到非常好看的序列比对图,现在笔者将目前见过的最好看的序列比对图的作图方法作分享,希望对大家的科研工作有所帮助,效果图如下:1、在蛋白质数据、Genbank、Uniprot等数据库搜索得到蛋白质...原创 2017-12-16 21:35:49 · 65229 阅读 · 0 评论 -
计算表面静电势_APBS工具
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询! APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具,目前在多个软件中均有APBS的插件,如VMD、PyMOL等,但是笔者都使用过这些工具,发现Chimera软件的APBS工具是最方便的,效果图如下所示,适合于初学者,下面我...原创 2017-12-14 20:50:51 · 9611 阅读 · 2 评论 -
采用Modeller进行同源建模_单模板建模
以下所有内容均属于个人学习过程中的总结,如有错误,欢迎批评指正!四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询! Modeller是一款比较优秀的同源建模软件,包括单模板和多模板建模,Discovery Studio软件中就是采用的Modeller建模模块。Modeller目前最新的版本是9.19,下载网址为http...原创 2017-12-12 21:55:12 · 13666 阅读 · 1 评论 -
用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接
四川魔德科技有限公司(www.modekeji.cn),专业从事分子模拟,量子化学等计算服务,欢迎咨询!Autodock分子对接教程Autodock是一款分子对接软件包,开源且免费,官方网址是http://autodock.scripps.edu/,目前最新的版本是AutoDock4.2.6,包括AutoDock和AutoGrid两个模块,AutoDock软件包下载地址为http:...原创 2017-12-20 21:14:42 · 45452 阅读 · 7 评论