Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷

                                                               Amber和Gaussian联用计算RESP原子电荷

                                                       First release：2018-03-17  Last update: 2018-07-22

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原子电荷，顾名思义就是位于原子中心点的电荷，是对体系中电荷分布最为简单的描述。原子电荷可以帮助化学研究者们考察分子的性质，预测反应位点等。另外，原子电荷对于计算化学工作者来讲也非常重要，如计算分子描述符建立虚拟筛选模型，在分子动力学模拟中考察静电相互作用等等。

既然原子电荷对于计算化学和非计算化学工作者来讲都很重要，那么有哪些原子电荷呢？这个可以参考sobereva老师的文章《原子电荷计算方法的对比》，其中am1-bcc和resp电荷计算方法在很多计算方法中有一定的优势，但是读者切不可盲目，应根据自己研究的实际情况来选择原子电荷计算方法，否则得不偿失。

 

1、构建分子的结构文件，并存为.mol2文件

 

2、采用gaussian优化结构

关键词如下：

#p HF/6-31G* SCF Pop=MK iop(6/33=2) iop(6/42=6) iop(6/50=1) opt

并在坐标的末尾输入两行，分别是“ligand_ini.gesp”和“ligand.gesp”，保存为ligand.gjf文件

用Gaussian计算ligand.gjf文件，g09 ligand.gjf ，计算完成后得到ligand.out文件（不同分子耗时不同）

 

3、采用amber拟合resp电荷

antechamber -i ligand.out -fi gout -o ligand_resp.mol2 -fo mol2 -pf y -c resp

计算完成后得到ligand_resp.mol2文件中即包含了所有原子的resp电荷。

 

 

如果后续要做分子动力学，则需要将该ligand_resp.mol2文件转换为小分子的力场文件，计算过程如下：

antechamber -i ligand_resp.mol2 -fi mol2 -o ligand_resp.prep -fo prepi

parmchk -i ligand_resp.prep -f prepi -o ligand_resp.frcmod