计算表面静电势_APBS工具

以下所有内容均属于个人学习过程中的总结，如有错误，欢迎批评指正！

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     APBS工具是一种可以绘制表面静电势的工具，目前在多个软件中均有APBS的插件，如VMD、PyMOL等，但是笔者都使用过这些工具，发现Chimera软件的APBS工具是最方便的，效果图如下所示，适合于初学者，下面我把用Chimera绘制表面静电势的流程总结如下，希望对学习APBS的初学者有所帮助。

1、下载安装Chimera软件，这是下载地址，笔者用的是1.11.2版本，Windows7平台

2、打开对应的结构，如下图所示，点击Tools——Structure Editing——AddH，为蛋白质结构进行加氢处理，这步也可以通过PDB2PQR网站进行加氢处理

3、为蛋白质结构加电荷，点击Tool——Structure Edit——Add Charge，可以选择应用的蛋白质氨基酸的力场，点击OK即可，

4、进行APBS计算，点击Tool——Surface/Binding Analysis——APBS，设置输出路径以及文件名，点击OK，开始计算，根据体系大小的不同，计算时间不等，该体系在笔记本上计算了约20分钟

5、计算完成之后，会弹出如下的对话框，同时需要点击Actions——Surface——show，显示出surface模式，在图中对话框中的Color Surface中选择MSMS main surface of test，再点击color按钮，即可将计算得到的.dx文件应用到surface；

6、对得到的图进行修饰：点击color后得到的表面静电势图区分可能并不明显，如下图所示，需要手动调节色彩范围，默认的是红色为-10，白色为0，蓝色为+10

点击对话框中的Options，可以选择色彩的个数，本例中选择5个，并手动调节静电势数值对应的颜色，如下图所示，就可以做出漂亮的表面静电势图了。

做完之后别忘记保存哦，点击File——Save Image，选择路径，即可保存漂亮的图片，还可以修改图片长和宽的分辨率（Image width/height）。如果觉得黑色背景不好看，可以手动调整背景为白色，操作步骤为Presets——Add Custom Preset，在category中选择background，再将background color改为白色即可。

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