AMBER中mdout_analyzer.py和ambpdb的使用
First release:2018-07-22 Last update: 2018-07-22
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本文内容基于Amber最新版本Amber18
mdout_analyzer.py 是快速分析sander和pmemd计算得到的out文件中的能量的脚本,需要安装numpy和matplotlib包。使用方法如下:
mdout_analyzer.py <mdout1> <mdout2> <mdout3> ... <mdoutN>
所有的mdout文件将组合到一起。会打开一个GUI窗口,按钮中包含了所有的能量组分,可以对每种数据进行单独的分析。
这种方法看起来很简单,其实有点复杂。可以用另一个脚本代替:
process_mdout.perl md1.out md2.out ... mdn.out
process_mdout.perl 是amber进行能量分析的perl脚本,能够从mdout文件中提取出所有信息,包括温度、压力、势能、密度、体积等。
ambpdb是将amber中的坐标文件转换成pdb文件的工具,其用法如下:
ambpdb -p prmtop -c md1.rst > 1.pdb
其中-p表示参考拓扑文件prmtop中的原子名称信息,-c表示载入模拟的坐标,可以读取所有cpptraj能够识别的文件。也可以加上-mol2,输出包含所有原子成键信息的mol2文件。