批量下载Zinc数据库中小分子的方法

批量下载Zinc数据库中小分子的方法

First release：2017-01-31  Last update: 2018-01-31

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Zinc数据库不用多说，大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”，但是真正使用过的人却很少，本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分子的方法，为做药物筛选的初学者提供帮助。

1、打开Zinc数据库网站：http://zinc.docking.org/

2、点击Download，进入下载页面，有不同形式的分类和相关信息，选择自己感兴趣的分类方式：

3、选择Windows下，用脚本下载数据，本文下载了Lead-Like的mol2格式文件：

4、用文本编辑器查看usual.mol2.bat的内容，是一些简单的语句，但是需要用到wget这个命令，但是Windows 系统中一般没有这个命令，因此，我们需要安装 wget  模块；

5、下载wget编译好的文件：http://www.interlog.com/~tcharron/wgetwin.html ，如果打不开，可以下载网盘上的https://pan.baidu.com/s/1pLZb7E7

6、解压到某个路径即可，设置环境变量Path，如解压路径是D:\program files\wget\wgetwin-1_5_3_1-binary，将此路径添加到Path即可，如果不懂怎么设置环境变量，可以参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090704.html  的内容

7、最后就可以运行批量下载.bat脚本了，一般根据分子数量不同，所耗时间也不一样

最后就可以开始愉快的虚拟筛选过程了！

 

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