批量下载Zinc数据库中小分子的方法

批量下载Zinc数据库中小分子的方法

First release:2017-01-31  Last update: 2018-01-31

Zinc数据库不用多说,大多数化学研究的工作者都“如雷贯耳”,但是真正使用过的人却很少,本文为大家介绍下载Zinc数据库中的小分子的方法,为做药物筛选的初学者提供帮助。

1、打开Zinc数据库网站:http://zinc.docking.org/

2、点击Download,进入下载页面,有不同形式的分类和相关信息,选择自己感兴趣的分类方式:

3、选择Windows下,用脚本下载数据,本文下载了Lead-Like的mol2格式文件:

4、用文本编辑器查看usual.mol2.bat的内容,是一些简单的语句,但是需要用到wget这个命令,但是Windows 系统中一般没有这个命令,因此,我们需要安装 wget  模块;

5、下载wget编译好的文件:http://www.interlog.com/~tcharron/wgetwin.html ,如果打不开,可以下载网盘上的https://pan.baidu.com/s/1pLZb7E7

6、解压到某个路径即可,设置环境变量Path,如解压路径是D:\program files\wget\wgetwin-1_5_3_1-binary,将此路径添加到Path即可,如果不懂怎么设置环境变量,可以参考http://blog.sciencenet.cn/blog-3373966-1090704.html  的内容

7、最后就可以运行批量下载.bat脚本了,一般根据分子数量不同,所耗时间也不一样

最后就可以开始愉快的虚拟筛选过程了!

 

最后,如果你对分子模拟、量子化学感兴趣,或者对文章有什么问题,欢迎加入我们的交流群:

   qq群 580744615

展开阅读全文

没有更多推荐了,返回首页