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原创 易基因|干货:m6A RNA甲基化MeRIP-seq测序分析实验全流程解析

本期,我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。

2022-06-24 10:44:44 7263 2

原创 易基因|一文看懂:ChIP实验和qPCR定量分析怎么做

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。染色质免疫共沉淀(Chromatin Immunoprecipitation,ChIP),是研究体内蛋白质与DNA相互作用的经典方法。想要获得理想的ChIP结果,选择适合的抗体固然很关键,ChIP 流程中所有步骤也很重要。本文对ChIP实验之前的准备、获得理想ChIP结果步骤、ChIP的qPCR定量分析和ChIP案例分析进行总结,希望帮助到正在做ChIP实验和qPCR定量分析的您。开始 ChIP 之前要考虑三件事(1)为您

2022-03-23 11:59:50 12213

原创 易基因:JAR/IF13:南京医科大学黄伯贤教授团队多组学构建胎儿组织的RNA m5C甲基化图谱并揭示早期发育的表观调控新机制

人类胎儿组织的RNA m5C调控图谱揭示了Nsun2/Jarid2/Alyref轴活性

2025-12-12 10:14:22 760

原创 易基因:Genome Biol/IF10.1:华南师范大学冯启理/牛康康团队多组学揭示5mC甲基化抑制基因组DNA高级结构形成|项目文章

DNA甲基化直接抑制基因组G4结构形成并调控基因转录 华南师范大学团队在《Genome Biology》(IF 10.1)发表研究,通过多组学技术(WGBS、CUT&Tag、ATAC-seq、RNA-seq)揭示DNA 5mC甲基化直接抑制基因组G-四链体(G4)结构的形成,且不依赖染色质开放状态。研究发现: 负相关性:基因组甲基化水平与G4丰度显著负相关,低甲基化区域G4信号更强。 因果验证:甲基化抑制剂处理或DNMT1敲除降低甲基化后,G4丰度显著增加,且可通过DNMT1过表达逆转。 直接作用:

2025-12-11 10:49:25 705

原创 易基因:Nat Immunol/IF27.6:多组学分析揭示DNA低甲基化定义人组织调节性T细胞的表观遗传适应性程序及其血液再循环对应物

DNA低甲基化表征定义了皮肤组织中的人类调节性T细胞,并鉴定出其血液再循环对应物

2025-12-05 09:35:49 608

原创 易基因:山东大学基础医学院李雷教授团队微量WGBS揭示DNA甲基化调控斑马鱼造血干细胞发育的表观遗传机制|项目文章

研究团队进一步在诱导多能干细胞(iPSC)来源的人造血分化体系中验证了DNMT3B功能的高度保守性,揭示了"Dnmt3ba-Integrin-Akt-Mdm2-P53"轴作为调控EHT的关键表观遗传-信号转导耦合机制。具体而言,研究团队以斑马鱼为模型,结合微量全基因组亚硫酸盐测序(WGBS)和转录组测序(RNA-seq)技术,系统解析了DNA甲基转移酶Dnmt3ba在造血内皮细胞(HECs)向HSPCs转化(EHT)过程中的核心作用。主要发生在胞嘧啶的CpG位点,也可以在非CpG位点和CpG岛中发生。

2025-12-03 13:57:03 586

原创 易基因:Adv Sci/IF14.1:中科院动物所郭帆团队等表观多组学揭示克隆胚胎DNA羟甲基化动态及功能 解析体细胞重编程障碍机制

安徽医科大学和中国科学院合作团队首次绘制了小鼠体细胞核移植胚胎全基因组5hmC动态图谱,揭示了5hmC异常在克隆胚胎发育障碍中的关键作用。研究发现克隆胚胎呈现"类精子但减弱"的5hmC分布模式,X染色体5hmC沉积不足,且TET3过表达会阻碍发育。该研究为提升克隆效率提供了新靶点,成果发表于《Advanced Science》(IF14.1)。

2025-11-28 10:10:29 788

原创 易基因:Blood/IF23.1:徐州医科大学牛铭山团队揭示多发性骨髓瘤免疫逃逸介导CAR-T耐药的遗传与表观遗传调控双重机制|项目文章

在7例WGS未检出GPRC5D基因突变的复发患者中,WGBS分析结果显示5例MM复发患者存在GPRC5D调控区域高甲基化,靶向甲基化测序(Target-BS)分析结果显示多个CpG位点甲基化水平与GPRC5D表达负相关,揭示表观遗传重编程是主要逃逸机制。分析全基因组甲基化水平差异,比较复发组MM细胞、未接受GPRC5D治疗的对照MM细胞及正常浆细胞的甲基化图谱,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化位点(DMLs),筛选候选基因GPRC5D转录调控元件(启动子、增强子及基因间区)的CpG甲基化水平。

2025-11-26 17:26:50 938

原创 易基因|Nat Rev Genet/IF52:RNA甲基化最全综述!RNA修饰的生理和病理功能及其潜在临床应用

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。2023年09月15日,来自德国癌症研究中心(Deutsches Krebsforschungszentrum,DKFZ) 的Michaela Frye团队在《Nature Reviews Genetics》(IF52/Q1)期刊发表题为“RNA modifications in physiology anddisease: towards clinical applications”的重磅综述,系统阐述了RNA修饰在生理功能、疾病机制及临床应用

2025-11-21 10:38:20 755

原创 易基因:J Hazard Mater(IF11.3):安徽农大任大龙团队ChIP-seq等揭示微塑料暴露介导中性粒细胞免疫毒性的调控机制

具体而言,MPs暴露导致乳酸化标记(H3K18la、Pan-Kla)上调约50%,ROS水平升高1.4倍,通过"乳酸化激活duox→ROS生成→ROS促进乳酸化"的自我放大环路,持续驱动中性粒细胞炎症。这些结果表明,微塑料通过诱导氧化应激,扰乱了中性粒细胞的正常迁移功能。此研究利用活体斑马鱼模型,结合成像技术和ChIP-seq技术,首次实现了对微塑料暴露下中性粒细胞迁移全过程的可视化追踪,并揭示了其背后的ROS-H3K18乳酸化正反馈调控环路,这一发现为理解微塑料的免疫毒性机制提供了重要的理论依据。

2025-11-19 09:51:51 818

原创 易基因:CC(IF24.9):重庆医科大学罗浩军/柳满然团队利用ChIP-seq等揭示循环肿瘤细胞簇存活与转移的表观调控机制|项目文章

未折叠蛋白应答激酶PERK通过SAM合成和H3K4me3依赖性PDGFB信号支持循环肿瘤细胞簇的存活和转移

2025-11-18 10:52:38 971

原创 易基因:郑州大学第一附属医院孙同文教授团队利用表观多组学揭示二甲双胍通过DNA甲基化和羟甲基化双向调控减轻肝损伤的保护机制|项目文章

深圳易基因为本研究提供RRBS+oxRRBS+RNA-seq技术服务支持,助力揭示二甲双胍通过DNA甲基化/羟甲基化双向调控逆转脓毒症相关肝损伤的新机制。

2025-11-14 11:10:22 724

原创 易基因:J Hazard Mater(IF11.3):安徽医科大学公卫学院徐德祥教授团队ACE等揭示产前重金属暴露通过改变表观遗传修饰调控胎盘血管生成及胎儿发育机制

研究人员分析了中国合肥“通过多点暴露监测改善母婴健康(TIMFEM)”出生队列中的样本,评估了母体尿液砷浓度与胎盘基因组甲基化和羟甲基化水平、胎盘PDGFB含量及出生体重之间的关联。有趣的是,在病例对照研究中,母体血清α-KG含量和胎盘PDGFB含量与尿液砷浓度呈负相关,而胎盘PDGFB含量与出生体重呈正相关。基因的三个片段的甲基化水平无差异。通过UPLC-MS/MS检测细胞和胎盘中的代谢物含量,特别是α-KG TCA循环相关代谢物,揭示砷暴露对细胞代谢的影响,以及这些代谢变化如何影响表观遗传修饰。

2025-11-11 16:46:03 1025

原创 易基因:中国海洋大学隋正红团队揭示m6A修饰调控植物生长和光合作用的表观转录机制|项目文章

与此同时,研究者通过检测促进生长光强范围内的m6A修饰水平,并揭示了其与生长指标的相关性,结果发现,光强增加,m6A修饰水平降低,且与μmax、Fv/Fm、NPQ和细胞大小存在相关性。随后,研究者鉴定并表征了m6A修饰上游关键调控因子成员,涵盖m6A“writers”(MT-A70、WTAP)、“erasers”(ALKBH1/3/5/6/8)和“readers”(YTH、eIF3C/D/G、hnRNPA2B1/C)。总之,不同光强条件下的m6A修饰可能对亚历山大藻的生长发挥重要的调控作用。

2025-11-07 17:08:13 683

原创 易基因:Cel Rep:山东省肿瘤医院陈大卫/于金明揭示肠-肺轴介导的m6A修饰调控肿瘤抑制与免疫调节新机制|项目文章

B. animalis在两种NSCLC小鼠模型和NSCLC细胞系中均能抑制肿瘤进展,研究整合代谢组学进一步揭示,吲哚-3-乙酸(IAA) 是B. animalis的关键代谢物,存在显著抗NSCLC活性。代谢组学分析发现,Ba-CM中吲哚类代谢物显著富集,其中IAA是B. animalis的关键产物。通过RNA-seq测序和m6A测序(MeRIP-seq),研究发现B. animalis和IAA处理的NSCLC细胞中METTL3表达下调,m6A修饰减少,特别是STAT3 mRNA的m6A修饰显著降低。

2025-11-07 14:31:11 756

原创 易基因:EP/7.3:浙江大学王玮课题组DNA(羟)甲基化+转录组分析揭示新型污染物诱导的表观遗传变化与癌症发生相关|项目文章

此外研究还发现,HBQs处理组中存在显著差异甲基化位点(DMCs)和差异羟甲基化位点(DhMCs)。研究通过结合简化基因组甲基化测序(Reduced Representation Bisulfite Sequencing,RRBS)和羟甲基化测序(Oxidative Reduced Representation Bisulfite Sequencing,oxRRBS)以及对应的转录组测序(RNA-seq)联合分析,系统揭示了HBQs通过改变DNA甲基化和羟甲基化模式来影响基因表达,进而引发膀胱癌的可能性。

2025-11-04 10:50:57 786

原创 易基因:WGBS+Smart-seq2整合分析揭示抑制卵母细胞CpG高甲基化可保障胚胎正常发:Dev Cell

在Kdm2a/Kdm2b双敲除的卵母细胞中,CGI上的H3K36me2水平显著增加,且与H3K4me3水平较低的CGI启动子相关(图5C),表明组合序列和染色质特征在定义CGI上的异常H3K36me2沉积中发挥关键作用。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

2025-10-30 13:34:13 674

原创 易基因: NG (IF29):颠覆认知!深圳仙湖植物园刘阳团队WGBS及超级泛基因组分析揭示苔藓植物基因家族比维管植物更丰富|项目文章

此外,P.patens和M.polymorpha中特有基因家族中的基因通常表达水平低于附属和核心家族中的基因,这与水稻中观察到的新基因表达模式一致。在链藻植物的祖先中发生最显著的HGT爆发,有115个HGT事件,其次是胚胎植物祖先中的90个HGT事件,单个苔藓植物物种平均获得的水平转移基因比维管植物更多(229 vs. 163),并且对苔藓植物基因组的全面系统发育分析表明,物种特异性的HGT事件数量更多,这表明HGT可能是苔藓植物演化过程中持续存在的特征,与维管植物多样化过程中观察到的模式不同。

2025-10-28 15:45:12 956

原创 易基因:JAR (IF13):西农陈玉林团队多组学分析揭示绵羊早期胚胎发育的分子与表观遗传调控机制|项目文章

具体而言,通过整合绵羊胚胎发育各阶段的多组学数据(包括Smart-seq2、ATAC-seq和WGBS),系统描绘了绵羊早期胚胎发育和ESCs多能性状态的转录组与表观遗传特征。此外,这些基因编辑后的细胞仍保持多能性。Smart-seq2技术有较好的覆盖范围,可检测到稀有转录本,无需额外的专业设备,应用范围较广,可以解决传统 RNA 定量技术在早期胚胎发育、干细胞、癌症、免疫等研究领域中存在的样品量极低或细胞异质性的问题,是在单细胞水平研究基因表达强有力的工具,极大地拓展了RNA-seq 的应用范围。

2025-10-23 10:22:18 868

原创 易基因:剑桥大学团队利用微量WGBS等揭示DNMT3L在胎盘发育中的DNA甲基化调控机制:CSC(IF20.5)

展示primed hESCs(n=1)、naive hESCs(n=1)、tdhTSCs(n=2)、BT-hTSCs(n=1)、CT-hTSCs(n=1)、低氧条件下2D培养的hTSCs(n=2)、TOM(2D TOM)中的hTSCs(n=2)、hTSC-Org(n=2)以及低氧条件下的hTSC-Orgs(n=2)、对照hTSCs(n=3实验重复)和DNMT3L-OE hTSCs(n=3实验重复)的平均值。这一结果表明,DNMT3L的持续表达可能影响hTSCs的分化能力,特别是在STBs的形成过程中。

2025-10-22 10:54:37 675

原创 易基因:华农王应祥/杨存义ChIP-seq等揭示大豆开花时间调控及区域适应性的表观分子机制|NC(IF15.7)

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。近日,华南农业大学生命科学学院王应祥课题组和华南农业大学农学院杨存义课题组合作探究了大豆开花进程的调控机制,特别是组蛋白去甲基化酶GmLDL2(Lysine-specific demethylase like 2)在大豆适应低纬度地区中的作用。

2025-10-21 09:54:27 720

原创 易基因:植物作为表观遗传学研究理想模型 如何把握研究思路与应用探索|项目解析

植物表观遗传学研究新进展:从胁迫记忆到育种应用 植物因其独特的生物学特性成为研究表观遗传的理想模型。最新研究表明,植物遭遇环境胁迫时,不仅能通过表观修饰激活防御基因,还能将这种"胁迫记忆"传递给后代。易基因团队在桃树需冷量调控、玉米RNA m6A修饰与DNA甲基化互作、刺槐不定根再生机制等方面取得重要突破,为作物改良提供了新思路。这些研究揭示了表观遗传在植物生长发育和环境适应中的关键作用,为应对气候变化和粮食安全挑战提供了理论依据和技术支撑。

2025-10-13 09:56:16 385

原创 易基因:Nat Rev Genet (IF52) 重磅综述深度解读:植物的表观基因组重塑之力——从细胞内部到跨物种交流

拟南芥根不同类型细胞的甲基组比较显示,大多数根细胞类型的甲基组大体相似,但根冠细胞的甲基组与其他根细胞类型显著不同,表现出全基因组范围的mCHH甲基化(主要在转座子中),表明该细胞类型中RNA指导的DNA甲基化(RdDM)上调。例如,拟南芥在感染真菌病原体Fusarium oxysporum时,需要通过DNA去甲基化来进行正常防御,表明要么DNA去甲基化需要用于活性防御基因表达程序,要么主动去甲基化需要维持甲基组状态以实现正常功能,因此DNA甲基化的动态变化对于植物的免疫反应至关重要。

2025-10-11 10:56:32 978

原创 易基因:JEM(IF10.6):单细胞转录组测序(scRNA-seq)揭示过敏性肺部疾病的调控网络|项目文章

研究发现,IL-17D通过调控单核细胞(monocyte)招募,抑制过敏性炎症,揭示了纤毛细胞在肺部免疫反应中的重要保护作用。在HDM诱导的过敏性哮喘模型中,Il17d-/-小鼠表现出更严重的过敏反应,包括肺部和支气管肺泡灌洗液(BALF)中CD45+免疫细胞和嗜酸性粒细胞(eosinophils)的显著增加、血清中HDM特异性IgG1水平升高、肺组织H&E染色显示血管周围炎症加剧、Th2细胞(IL-5+、IL-13+)在引流淋巴结(dLNs)中增多,表明IL-17D抑制2型免疫应答中发挥重要作用。

2025-10-10 10:00:11 877

原创 易基因:Nat Rev Genet/IF90.2 DNA甲基化在哺乳动物胚胎发育和疾病中的多种重要作用|深度综述

本文深入剖析了DNA甲基化在哺乳动物发育与疾病中的多重角色,为表观遗传学领域提供了前沿且全面的视角。不仅阐释了DNA甲基化在基因调控、转座元件沉默及基因组稳定性中的关键作用,还揭示了其在胚胎发育、生殖细胞系分化等过程中的时序性变化与复杂机制力。此外,对表观遗传基因突变与复杂疾病关系(包括理解衰老的发生机制)的解读,为临床诊断与治疗提供了理论基础。

2025-10-09 10:31:15 624

原创 易基因:Cell Res/IF25.9:童明汉/蓝斐/汤富酬合作利用ChIP-seq及多组学分析揭示精子发生的表观遗传调控机制

SETD1B介导的broad H3K4me3通过调控基因表达和转录时序性以调控精子细胞发育

2025-09-28 18:00:52 1160

原创 易基因:Nat Rev Drug Discov/IF101.8:何川团队顶刊综述RNA修饰系统作为疾病治疗靶点的研究进展

大家好,这里是专注表观组学十余年,领跑多组学科研服务的易基因。近日,芝加哥大学华人科学家何川教授团队在国际顶刊《Nature Reviews Drug Discovery》(IF=101.8) 发表题为 “RNA modification systems as therapeutic targets” 的综述文章,全景式阐述了 RNA 修饰系统作为治疗靶点的前沿进展。文章系统梳理了 RNA 修饰调控蛋白的细胞功能与疾病关联,重点聚焦 N6 - 甲基腺苷(m6A)通路,详解了靶向 YTH reader 蛋白等

2025-09-25 11:09:03 1029

原创 易基因:Cell Rep:华农任文凯团队利用ChIP-seq及多组学解析过敏性疾病的关键调控机制|项目文章

深圳易基因科技为本研究提供ChIP-seq技术支撑,助力揭示表观遗传调控机制

2025-09-23 10:29:34 1032

原创 技术推介|Olink超微量精准蛋白组学解决方案

产出的基础数据为NPX file数据文件,为项目的原始下机数据,可直接用于后续的数据分析,如火山,热图,箱线图,ROC曲线等分析以及文章发表的原始数据上传。xtension Assay),可以同时兼顾高通量、特异性、灵敏度和动态范围,满足当下精准医学对检测技术的新要求:更灵敏,更稳定,更准确,通量更高,用量更少,耗时更短!检测批量样品中的96,384,768,1,152, 1,536或3072种蛋白,覆盖100%主要信号通路;得益于核心专利技术:邻位延伸技术(每个样品分别仅需不到1,2,3,4或8微升;

2025-09-19 11:23:54 1027

原创 易基因:多组学整合分析揭示DNA甲基化与基因组改变在肿瘤进化中的协同驱动机制|Nat Genet/IF29重磅

此外,研究还发现肿瘤内甲基化距离(ITMD)指标,定量分析同一肿瘤不同区域的甲基化差异,结果显示肿瘤的ITMD值比正常组织高25倍,且与拷贝数变异异质性(SCNA-ITH)显著正相关,表明甲基化异质性与基因组不稳定性共同促进肿瘤克隆演化。研究团队开发了MR/MN指标,类比基因进化中的“dN/dS”(非同义突变与同义突变比值),通过比较基因启动子区调控性CpG位点(甲基化后影响基因表达)与非调控性CpG位点(甲基化不影响表达)的甲基化率,评估基因是否受DNA甲基化驱动的正选择。评分与其他异质性指标的相关性;

2025-09-19 09:29:21 794

原创 易基因:Nat Genet/IF29:董朝斌团队ChIP-seq等揭示作物株型穗型发育调控新机制 助力表观遗传育种驯化改良(顶刊佳作)

本研究通过染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)和全基因组关联分析(GWAS)的整合研究,鉴定出关键发育调控因子tasselsheath4(tsh4),参与调控营养生长和花序发育两阶段性状,且处于多个已知驯化位点的上游。该研究鉴定出新的玉米驯化关键基因tasselsheath4(tsh4),并揭示tsh4位于传统玉米株型穗型驯化调控网络上游,阐明了驯化过程中玉米不同发育时期、不同性状的分子调控机理,为进一步开展玉米株型和穗型的遗传改良提供重要理论指导。tsh4的第一个内含子显示出最强的选择信号。

2025-09-16 09:35:15 711

原创 易基因:Cell封面:中国科学家杨学勇/黄三文m6A-seq等揭示同义突变通过表观转录调控机制决定生物性状|顶刊突破

在今后类似的研究中,m6A-seq技术有望得到更广泛的应用。此外,m6A-seq技术还可应用于研究发育生物学、疾病发生机制等领域,通过分析不同发育阶段或疾病状态下m6A修饰的动态变化,寻找潜在的调控靶点和生物标志物,为疾病的诊断和治疗提供新的策略。本研究通过遗传定位、基因克隆、基因编辑、m6A-seq分析等多种方法,揭示了黄瓜果实长度驯化性状的遗传调控机制,即ACS2基因中的1287位C>T同义突变通过改变m6A修饰和mRNA结构构象,调控ACS2蛋白的翻译效率,进而影响黄瓜果实长度。

2025-09-12 09:55:11 1037

原创 易基因:安医大陈飞虎团队揭示METTL3介导m6A甲基化在炎症性疾病发病机制中的表观调控作用:IJBM|项目文章

METTL3通过m6A-IGF2BP2依赖性方式增强SLC7A11 mRNA稳定性,提高铁死亡抗性,从而促进类风湿关节炎滑膜成纤维细胞的肿瘤样特性

2025-09-09 10:11:05 647

原创 易基因:中国科学家方磊/谷晓峰团队通过群体DNA甲基化多态性分析 揭示表观遗传育种在作物改良中的巨大潜力(国人佳作) :Cell Res/IF25.9

摘要: 浙江大学联合团队通过对207份棉花材料进行多组学分析(WGBS、RNA-seq、WGS),揭示了DNA甲基化多态性(SMPs)在纤维发育中的关键作用。研究发现SMPs数量是SNPs的100倍,且独立于遗传变异调控36.39%的基因表达。通过EWAS鉴定出1715个与农艺性状相关的表观位点,仅2.1%与GWAS位点重叠。研究构建了深度学习模型DeepFDML预测功能性甲基化位点(准确率0.82),并通过基因编辑验证了关键基因GhCIPK10的功能。该成果发表于《Cell Research》(IF=25

2025-09-04 11:02:15 1025

原创 易基因:复旦中山医院沈英皓利用ChIP-seq及多组学解析肝癌仑伐替尼耐药机制(国人佳作) :Hepatology/IF15.8|项目文章

应激激活的STK24调控MASTL/YBX1/PAK4轴介导肝细胞癌仑伐替尼耐药和肿瘤进展

2025-09-02 09:52:56 877

原创 易基因:中科院石建涛等利用WGBS绘制11种实体瘤DNA甲基化单体图谱 揭示癌症调控新机制|Cell Rep

中科院与瑞金医院团队利用WGBS技术绘制11种常见实体瘤DNA甲基化单体图谱,鉴定出81,567个癌症特异性甲基化单体区块(MHBs)。研究发现MHBs富集于基因调控区,与致癌通路相关且能独立预测基因表达。通过单细胞验证和多组学整合,证实MHBs可作为新型癌症标志物,在液体活检中展现出优于传统方法的检测性能(AUC达0.79-0.97)。该研究为理解肿瘤表观遗传调控提供了新视角,相关成果发表于《Cell Reports》(IF=6.9)。易基因作为表观组学服务商,提供WGBS等技术支持此类前沿研究。

2025-08-28 09:52:59 799

原创 易基因:DNA甲基化与转录组联合分析助力揭示花青素生物合成调控柑橘果实品质的表观新机制|项目文章

此外,在所有CG、CHG和CHH甲基化中,与CK样本相比,在5-aza处理样本中,基因的5'和3'区域(±2K序列)的DNA甲基化水平降低,尤其是在基因启动子和基因体区域。所有在WT和MT间差异表达的转录因子(TFs)被分类到不同模块中,蓝色模块在三个阶段中差异表达的TFs数量最多,且在三个阶段中鉴定出的五个TFs均位于蓝色模块中,表明蓝色模块中的某些DEGs可能是导致WT和MT果实花青素差异积累的关键因子。在分子水平上,研究人员鉴定出多个与花青素合成相关的差异表达基因、转录因子和甲基化相关基因,并通过。

2025-08-26 10:05:02 608

原创 易基因:Nat Commun/IF15.7:多组学研究揭示UHRF2在原始生殖细胞DNA甲基化重编程中的抗性调控机制

DNA甲基化缺失,而体细胞中的DNA甲基化则不受影响。目前,易基因科技有限公司在DNA甲基化修饰等表观遗传检测领域,积累了一系列国际先进技术,可对高通量单细胞甲基化组学研究,微量DNA甲基化测序,ctDNA、FFPE等严重降解痕量DNA甲基化检测等,提供多种有效解决方案。本研究通过多种实验方法,包括小鼠模型构建、微量单细胞DNA甲基化测序、流式细胞分选、RNA测序(RNA-seq)、免疫荧光实验、组织学分析和生殖能力测试,全面揭示了UHRF2在PGCs中维持特定DNA甲基化模式中的关键作用。

2025-08-22 17:55:36 843

原创 易基因:常见生信分析图细节解析(第一期)

火山图、柱状堆叠图、山峦图、GSEA富集分析图、deeptools热图、IGV信号图、UMAP、PLS-DA图、tsNE、相关性热图干货满满,建议收藏反复观看哦

2025-08-19 11:00:05 328

原创 易基因:基于三代ONT长读长测序和二代短读长测序的DNA甲基化检测方法系统比较|Genome Biol/IF10

此外,研究还纳入了50个SMRT测序样本基因组的甲基化检测结果和oxBS测序的结果,与ONT测序进行横向比较研究阐明了每种测序方法的优势和局限性,并为使用长读长测序进行基因组规模的碱基修饰检测工具的标准化和评估提出了建议。研究将CpG位点分为未甲基化(0–0.15)、低甲基化(0.15–0.5)、中等甲基化(0.5–0.85)和高甲基化(0.85–1)四个类别,通过比较ONT测序和oxBS的结果显示,Nanopore测序在未甲基化和高甲基化CpG单元上的预测准确性最高,分别为86%和77%。

2025-08-18 15:05:04 1031

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