Metabo Analyst使用教程-Pathway Analysis模块

最新推荐文章于 2021-03-01 20:15:54 发布
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hds-metabo:metabo repo 的工作示例
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【标题】"hds-metabo:metabo repo 的工作示例" 提供了一个关于代谢组学（Metabolomics）数据存储的项目实例，而这个项目是基于 hds（Hierarchical Data Storage）框架构建的。hds 是一个专门用于管理和处理大量科学...
metaboanalyst-statistic解析-满满干货！
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代谢组学的相关分析数据库，MetaboAnalyst 5.0 使用指南
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目前组学的数据越来越多。其中代谢组学也是其中一个热点。关于代谢组学的相关分析目前用的最多的还是MetaboAnalyst。之前这个数据库一直都是4.0版本。最近刚刚更新了5.0的版本。趁着刚刚更新，我们也就来顺带的介绍这个数据库吧。 PS: 从18到现在被引次数就到了1700。可见这个数据库的权威以及研究代谢的人多呀 关于MetaboAnalyst。其主要是基于作者开放的一个R语言包MetaboAnalystR来进行分析了。如果有相关R语言操作基础的。也是可以使用这个包进行分析的。 ...
怎么让热图显示基因名_热图使用指南（下）| 云课堂(23)
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一直关注联川公众号的小伙伴们都知道，联川云平台已于2018年12月6日正式上线(http://www.lc-bio.cn/index.html)；还没使用过的小伙伴，赶紧点开大显身手一番~使用指南详情请戳此链接：联川生物云平台使用指南；联川云平台包含FAQ/SOP和云平台双重功能：丰富的FAQ/SOP，助你快速上手入门，更有详尽的分析技能小技巧等你来学习；云平台中包含科研中经常用到的分析...
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技术贴 | MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级
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本文主要通过生信人-SangerBox；EXCEL（2010版以上）和AI三个软件进行绘制Heatmap相关性热图。 sangerbox下载地址（免费）：http://sangerbox.com/；sangerbox官网：https://shengxin.ren/，学习软件使用及其他视频教学（部分收费）。 相关性分析批量计算： 准备数据及表格规范化：横表头为样品编号，纵坐标为环境因子。注意两个...
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gsea分析方法对标准化后的数据集进行kegg和go分析,metabolic pathways and metabo
最新发布
01-26
GSEA（基因集富集分析）是一种常用的生物信息学分析方法，用于对基因表达数据进行高级功能和通路分析。对于标准化后的数据集进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）和GO（Gene Ontology）分析，可以进一步理解基因在代谢途径和代谢方式中的功能和相互作用关系。 KEGG分析是通过对基因的富集和显著性分析，找出某一特定代谢途径或功能模块中的关键基因集合。通过GSEA分析方法，我们可以将标准化后的数据集中的基因按照其表达水平有无进行排序，然后利用先验知识库（KEGG数据库）来计算在每个基因集中的基因上或下调的富集得分。这样，我们可以快速找到在代谢途径中显著富集的基因集合，从而识别出对该代谢途径有重要影响的基因。 GO分析是常用的基因功能注释和分类系统，涵盖分子功能、细胞组分和生物过程。与KEGG类似，通过GSEA分析方法，我们可以将标准化后的数据集中的基因按照其表达水平进行排序，然后利用GO数据库来计算在每个基因集中的基因上或下调的富集得分。这样，我们可以快速找到在不同的GO功能分类中显著富集的基因集合，从而了解基因在不同功能和生物过程中的作用。 综上所述，通过GSEA分析方法对标准化后的数据集进行KEGG和GO分析，可以帮助我们深入探索代谢途径和代谢方式中的关键基因及其相互作用关系。这种方法有效地扩展了我们对基因在生物学过程中的功能和相互关系的理解，为我们进一步研究代谢相关疾病的发生机制提供了有力的支持。

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